Казанские попы, видя, что перегнули палку, попытались сгладить ситуацию: «Не кручинься, вашего (то есть левого. — К. К.) крылоса будет чреда — понедельник, среда, пяток — тогда ты первую статью чти и разсуждай у всех, а у нашего крылоса Петр, а во иную неделю тебе отдадим первенство». Тем самым казанские попы хотели показать, что в отсутствие Иоанна Неронова они все равны и следует соблюдать очерёдность, поскольку в субботу, воскресенье, вторник и четверг ведущим был правый клирос, а в понедельник, среду и пятницу — левый.
Аввакум был глубоко оскорблён и вышел из церкви вместе со своим земляком, священником Семёном Трофимовичем. Они объявили народу, что у Аввакума в церкви попы отняли книгу, а самого его выгнали. Аввакум пошёл в придел Казанского собора, освящённый во имя святого чудотворца Аверкия, епископа Иерапольского. Этот придел, пристроенный в 1637 году, представлял собой как бы отдельную церковь и был посвящён редкому святому, чья память совершалась 22 октября, то есть приходилась как раз на день освобождения Москвы от поляков в 1612 году. В приделе святого Аверкия Аввакум начал служить полунощницу ещё до прихода здешнего попа Амвросия, но и отсюда он вынужден был уйти.
Поняв, что все казанские попы сговорились между собой и не дадут ему служить спокойно, Аввакум решается на беспрецедентный поступок. Облачённый в священническую епитрахиль, он продолжает служение всенощной в «сушиле» (то есть сарае для сена) во дворе расположенного неподалеку дома Иоанна Неронова. «Ибо в иную пору, — говорит он, — и конюшня лучше церкви бывает». Вслед за Аввакумом переходит из Казанского собора значительная часть его паствы; говорили, что набралось до ста человек. По сути, сушило во дворе Иоанна Неронова стало первой старообрядческой моленной — без алтаря и без «внешних оказательств» — такой же моленной, в каких на протяжении последующих трёхсот лет придётся молиться староверам, изгнанным из древних, намоленных их благочестивыми предками храмов.
Но и в сушиле Аввакуму не дали дослужить всенощную до конца. Иоанн Данилов незамедлительно донёс о случившемся патриарху, и во время чтения статьи из «Бесед» Иоанна Златоуста Аввакум был взят под стражу Борисом Нелединским со стрельцами. Его стали избивать прямо в епитрахили и волочить за волосы. «Ризы на мне изодрали и святое Евангелие, с налоя сбив, затоптали; и посадя на телегу с чепью, по улицам, ростяня мои руки, не в одну пору возили». Затем его доставили на Патриарший двор, где посадили на цепь. Вместе с Аввакумом были арестованы ещё 33 человека, присутствовавшие на «сушильном богослужении», а также 40 человек, подписавших челобитную в защиту Иоанна Неронова.
В письме к Неронову от 14 сентября 1653 года протопоп Аввакум так описывал произошедшие события: «Не пустили попы у Казанские в церкву и ис придела выбили, по приказу архидьяконову, сказывают. И я, грешник, помянул изгнание великаго светила Златоустаго, и собрался з братиею о Господе в дому твоем в сушиле, после тебя в первое воскресение побдети… И в то время прииде дух от пустыни, обыдоша нас пси мнози, и сонм лукавых обступиша ны, и вскочиша в молитвенный дом Борис Нелединский со стрелцами и книги попраша, а меня почали бить взашей и за волосы драть в патрахели, а братью також перехватали, человек с сорок и болши».
Всех арестованных продержали в тюрьме семь дней и затем отлучили от церкви. Никон «наутрее их проклинал; оне же мужествовав многия ему в глаза плевали. Он же тех безвестно изгубил». Самого Аввакума, закованного в цепи, на рассвете 14 августа, в воскресенье, отвезли в Андроньев Спасов монастырь, что на Яузе, где он находился четыре недели. Здесь его держали в земляной тюрьме, жестоко избивали и морили голодом. «И тут на чепи кинули в темную полатку, ушла в землю, и сидел три дни, ни ел, ни пил; во тьме сидя, кланялся на чепи, не знаю — на восток, не знаю — на запад. Никто ко мне не приходил, токмо мыши, и тараканы, и сверчки кричат, и блох довольно». В Прянишниковском списке «Жития» излагаются ещё более страшные подробности пребывания Аввакума в темнице: «…а меня (Никон) бил по ногам четыре недели по вся дни без милости, от перваго часа до девятаго. И блаженныя памяти Стефан протопоп деньги ему за меня давал за откуп, и на всяк день, зря из ног моих полны голенища крови, плакал, но бесчеловечный он, волк, не умилился, — денег у него не взял. И возил, на чепи посадя на телегу, по Пожару (Красной площади. — К.К.) и по улицам града, растеня мои руки, яко распятова, волочили…».