Хотя многие в душе были с Никоном и несогласны, в том числе как минимум четыре видных представителя епископата — Макарий Новгородский, Маркел Вологодский, Симеон Тобольский и Александр Вятский, — последовать примеру епископа Павла и открыто протестовать против новшеств никто из епископов Русской Церкви не решился. Иерархия, покорно пошедшая за Никоном и царём, начала утрачивать свой авторитет. Инициатива в борьбе за старую веру и духовный авторитет почти сразу перешли к простым священникам, а после физического уничтожения большинства из них — к избранным мирянам.
Ситуация в Русской Церкви середины XVII века в определённой мере напоминала ситуацию в Греческой Церкви после Флорентийской унии. Флорентийская уния — соединение Западной и Восточной Церквей — была оформлена на именуемом католиками Восьмом Вселенском соборе во Флоренции в 1439 году. Тогда акт соединения Церквей был подписан с византийской стороны императором Иоанном VIII и представителями восточных патриархов. Присутствовавший на соборе Константинопольский патриарх Иосиф подписать этот акт не успел, поскольку скоропостижно скончался незадолго до завершения собора, но и сам он, и его преемник патриарх Митрофан были сторонниками унии. Через 12 лет, в 1451 году, унию подтвердил преемник Иоанна VIII последний византийский император Константин XI. Тем самым высшая церковная и светская власть в Константинополе подчинилась Риму, желая ценой отступничества от православия получить помощь Запада в борьбе против турок. Однако церковный народ Византии унии не признал, и юридический документ, подписанный во Флоренции, по сути, превратился в ничего не значащую бумажку. Византийское сопротивление сконцентрировалось вокруг единственного епископа, не признавшего унию, — митрополита Эфесского Марка Евгеника. Аналогичную ситуацию мы видим и в России: единственный епископ, открыто выступивший против подготовленной иезуитами никоновской реформы, — Павел Коломенский — возглавил русское сопротивление. Различный исход двух этих православных народных движений во многом был предопределён различной судьбой их вождей-архиереев: если митрополиту Марку Эфесскому удалось уцелеть, то епископа Павла Коломенского ожидала совсем иная участь.
Епископ Павел не поставил себе преемника, поскольку, руководствуясь православными церковными канонами, считал это невозможным в своём нынешнем положении архиерея, лишённого кафедры. Не нужно забывать, что в Русской Церкви до раскола существовала практика повторной епископской хиротонии при переводе архиерея на новую кафедру, то есть архиерея ставили не в сан, а на определённую кафедру, и не могло быть архиерея без епархии. Павел Коломенский заповедовал не принимать от реформированной новообрядческой церкви никаких таинств и священнодействий, приходящих от неё новокрещённых крестить, не принимать новопоставленных в ней священников, утверждал, что не только священноиноки, но и простые благочестивые мужи могут совершать некоторые таинства и удовлетворять других в духовных нуждах.
После завершения беззаконного собора, 2 мая 1654 года Иоанн Неронов написал из Спасо-Каменного монастыря послание царице Марии Ильиничне. В послании он говорил, что епископ Павел Коломенский, протопопы Даниил Костромской, Аввакум, Логин Муромский и прочие страдают несправедливо и осуждены «мирским судом» незаконно. Их действия «ради проповеди закона и ради учения» он уподобил подвигу Самого Христа, который также безвинно «пострада от жидов». Неронов просил царицу похлопотать за осуждённых перед царём и предсказывал несчастье стране, если невинно пострадавшие не будут возвращены из ссылок и заточения. Этим пророчествам вскоре суждено будет сбыться.