В столице Сибири Аввакум был принят необыкновенно ласково. Местный архиепископ Сибирский и Тобольский Симеон, будучи земляком Аввакума и сторонником идей ревнителей благочестия, к опальному протопопу «тогда добр был» и не спешил насаждать в своей епархии никоновские новины. Перед своим отъездом в Москву на Собор 1654 года архиепископ Симеон устроил Аввакума «к месту», назначив его протопопом Вознесенского собора. Это была вторая после кафедрального Софийского собора протопопская должность в сибирской столице. Тем самым ссыльный протопоп занял по местным меркам достаточно высокое положение. К тому же он пользовался покровительством тобольского «большого» воеводы князя Василия Ивановича Хилкова.
Однако и в ссылке Аввакум продолжал выступать против Никоновых новин. «В далёкую Сибирь с ним впервые проникала весть о волнениях, происшедших в среде русской церкви, и в его устах она принимала, конечно, характер извещения и предупреждения о появившейся ереси, соединённого с резким её обличением, — пишет историк. — Последнее и само по себе могло уже произвести своё действие на общество, строившее своё мировоззрение по преимуществу на религиозных началах, но это действие ещё усиливалось благодаря личности проповедника. Его несокрушимая стойкость духа, навлёкшая на него ссылку и помогавшая выносить все страдания последней, и строго подвижническая жизнь приобретали для него славу человека высоконравственного или, что считалось тем же самым, религиозного, и такой ореол подвижничества, окружавший проповедника, в значительной мере переносился и на его учение. При таких условиях горячая проповедь Аввакума действительно многих привлекла к нему, вооружая их против деятельности Никона, как направляемой стремлением ввести новшества в русскую церковь и исказить чистоту её правоверия» (Мякотин).
Вместе с тем, отстаивая старое русское православие, Аввакум продолжил на новом месте борьбу за нравственную чистоту своих прихожан, последовательно проводя в жизнь идеи кружка боголюбцев и ревностно заботясь о церковном благочинии. Более всего его удручало в сибирской столице бесчинство церковнослужителей и прихожан во время службы.
«Отрадние, чадо, — вспоминал впоследствии Аввакум о своём пребывании в Тобольске, — Лоту в Содоме и Гоморе житие бысть, нежели мне в волокитах тех. Беспрестанно душевное плавание и неусыпныя наветы и беды. Яко со зверьми, по человеку со искусители брахся. Вне убо страх, а внутрь такожде боязнь. И во церковь иду, а тово и гляжу, как нападут. А в церкве стою, паки внутренняя беда: бесчинства в ней не могу претерпеть. Беспрестанно ратуюся с попами пьяными и с крылошаны, и с прихожанами. Малая чадь, робята, в церкви играют, и те душу мою возмущают. Иное хощу и промолчать, и но невозможное дело: горит во утробе моей, яко пламя палит. И плачю, и ратуюся. А егда в литоргею нищия по церкве бродят, и не могу их унять, и я им кланяюся, и денег посулю, велю на одном месте стоять, а после обедни и заплачю. А которые бродят и мятежат людьми, не послушают совета моего, с теми ратуюся, понеже совесть нудит, претерпеть не могу».
Однажды, часу в пятом или шестом ночи, когда Аввакум со своим семейством стоял на молитве, пришёл к нему «искуситель», пьяный монах, известный всему Тобольску своим буйством и необузданностью, и стал кричать под окнами: «Учителю, учителю, дай мне скоро Царство Небесное!» — Впустив монаха в избу, Аввакум спросил его: «Чего просишь?» — «Хочу Царства Небеснаго скоро, скоро», — отвечал тот. «Можеши ли пити чашу, ея же ти поднесу?» — снова спросил Аввакум. Монах изъявил своё полное согласие. Далее произошло нечто, что не только протрезвило пьяного чернеца, но и заставило навсегда позабыть о «зелёном змие».
«Аз же приказал пономарю, — вспоминает Аввакум, — стул посреде избы поставить и топор мясной на стул положить: вершить черньца хощу. Еще же конатной толстый шелеп приказал сделать. Взявше книгу, отходную стал ему говорити и со всеми прощаца. Он же задумался. Таже на стул велел ему главу возложити, и шелепом пономарь по шее. Он же закричал: “государь, виноват! Пощади, помилуй!” И пьянство отскочило. Ослабили ему. Пал предо мною. Аз же дал ему чотки в руки, полтораста поклонов пред Богом за епитимию велел класть. Поставил его пономарь в одной свитке, мантию и клабук снял и на гвоздь повесил. Я, став предо образ Господень, вслух Исусову молитву говоря, на колени поклонюся. А он последуя, стоя за мною, также на колени. А пономарь шелепом по спине. Да уже насилу дышать стал, так ево употчивал пономарь-ет! Вижю я, яко довлеет благодати Господни; в сени ево отпустили отдохнуть, и дверь не затворили. Бросился он из сеней, да и чрез забор, да и бегом. Пономарь-ет кричит во след: “отче, отче, мантию и клобук возьми!” Он же отвеща: “горите вы и со всем! Не до манатьи! ” С месец времяни минув, пришел в день к окошку, молитву искусно творит и чинно. А я чту книгу Библею. “Пойди, — реку, — Библею слушать в избу”. И он: “не смею-де, государь, и гледеть на тебя. Прости, согрешил!” Я простил ево со Христом и велел манатью отдать. Потом издали мне в землю кланяется. И архимарита и братию стал почитать, и воеводы мне ж бьют челом. А до тово никто с ним не смел говорить».