Запрещенная книга была впервые напечатана М. К. Элпидиным в Женеве в 1884 к. под заглавием: «Исповедь графа Л. Н. Толстого. Вступление к ненапечатанному сочинению».
К 1885 г. относится также новая попытка издания «Исповеди». С. А. Толстая решила в двенадцатом томе, издаваемого ею собрания сочинений Л. Н. Толстого поместить «Исповедь», «В чем моя вера?» (под новым заглавием: «Как я понял учение Христа») и «Так что же нам делать?». С. А. Толстая предприняла это издание по совету либерального священника А. М Иванцова-Платонова, который взялся снабдить книгу примечаниями, содержащими возражения против наиболее сильных антицерковных утверждений Толстого. Но примечания эти не спасли книгу. Светская цензура передала книгу в духовную цензуру. Духовная цензура, не решаясь сама пропустить или запретить книгу, обратилась в Синод. 5 июля 1886 г. из Московского духовного цензурного комитета на имя С. А. Толстой было отправлено следующее уведомление:
«Ее сиятельству графине Софье Андреевне Толстой. Святейший Синод, принимая во внимание, что в присланных Вами в Московский духовный цензурный комитет сочинениях графа Льва Николаевича Толстого под названиями «Исповедь» и «Как я понял учение Христа» по местам излагаются мысли и суждения, несогласные с учением православной церкви, определяет: не разрешать к печати означенные сочинения и представленные Вами корректурные листы сих сочинений хранить в синодальном архиве.[222] Член комитета протоиерей Платон Капустин».
За границей после первого издания Элпидина «Исповедь» перепечатывалась неоднократно: 2-е изд. Элпидина, Женева, 1889; 3-е изд. его же 1895 г. и под тем же номером новое издание 1900 г.; без года, изд. И. Рэда; изд. «Свободное слово» В. и А. Чертковых, Christchurch, 1901, под заглавием: «Вступление к критике догматического богословия и исследованию христианского учения» («Исповедь») и др.
В России довольно значительные выдержки из «Исповеди» были напечатаны в последних главах статьи М. С. Громеки «Последние произведения гр. Л. Н. Толстого» («Русская мысль» 1884, 11; отдельно 1-е изд. — М. 1885. 6-е и последнее— «Посредник», М. 1914); в статье В. Вогезского «Беседы с гр. Л. Н. Толстым» («Неделя» 1885, 44, 46); в статье М. Остроумова «Наши новые «философы и богословы» («Вера и разум» 1885, 20–23; 1886. 22, 23;.1887, 2, 4, 5, 6; отдельно под заглавием «Гр. Л.Н.Толстой», Харьков 1887) и в статье проф. Казанской духовной академии А. Ф. Гусева «Исповедь графа Л. Н. Толстого и его мнимо-новая вера» («Православное обозрение» 1886, 1–6, 9,10; отдельно — М. 1890). Разумеется, все самые антицерковные места статьи в этих изданиях не перепечатывались.
Полностью первое законченное критическое по отношению к церкви и государству произведение Л. Н. Толстого было напечатано в России лишь в 1906 г. в № 1 журнала «Всемирный вестник», после чего неоднократно перепечатывалось многими издательствами (отдельное изд. «Всемирного вестника» 1906, Ефимова 1906, издательства «Народ» 1906, «Донская речь» (без указания года), Аскарханова 1906, «Всеобщая библиотека» 1906, «Посредник» 1907, Коха 1911, Холмушина 1911 и 1912, трудовой общины «Трезвая жизнь» 1919 и др.) и вошло в полные собрания сочинений Толстого: изд. С. А. Толстой 1911 (т. 13) и т-ва И. Д. Сытина 1913 (т. 11 издания в 20 томах и т. 15 издания в 24 томах) и в другие собрания сочинений Толстого.