Толстой не ограничился одной лишь теоретической, логической и практической критикой догматов церковного богословия. Для Толстого первостепенное значение имел также вопрос о том, какой практический повод «заставил церковь исповедовать этот бессмысленный догмат и так старательно подбирать вымышленные доказательства его».
Исследование этого вопроса приводит Толстого к заключению, что церковное понимание догматов имеет два основания. Первое из них состоит попросту в грубости и примитивности свойственного церковным писателям понимания текстов писания, которыми обосновываются догматы. «Выписки из писания, — разъяснил Толстой, — показывают, что утверждение этих бессмыслиц происходит не произвольно, но вытекает… из ложного, большей частью просто грубого понимания слов писания».
Второе, по Толстому, основание церковного понимания догматов состоит в утверждаемой церковью непогрешимости собственных учений. В свою очередь собственную непогрешимость церковь выводит из непогрешимости церковной иерархии, понятием которой в богословии незаметно подменяется понятие церкви.
В конечном счете все учение церкви, как его преподает богословие, «всё основано на том, чтобы, установив понятие церкви как единой истинной хранительницы божеской истины, подменить под это понятие — понятие одной известной, определенной иерархии».
Но этого мало. В системе догматов и учений богословия Толстой обнаруживает, кроме грубости понимания текстов писания и кроме гордости и самомнения иерархии, отождествившей себя с церковью, а свои учения — с самой истиной, еще и прямую практическую цель — стремление внушать верующим такие представления и верования, которые связаны с корыстными — материальными — интересами иерархии. Так, например, чрезвычайно важное для всей системы богословия учение о благодати «есть, с одной стороны, неизбежное следствие ложной посылки, что Христос искуплением изменил мир, а с другой стороны, оно же и есть основа тех жреческих обрядов, которые нужны для верующих, чтобы отводить им глаза, а для иерархии — чтобы пользоваться выгодами жреческого звания».
Это учение о благодати, цель которого — отвести глаза верующих от неисполнения обещаний искупления и приобретения доходов духовенству, «носит в себе тот ужасный зачаток безнравственности, который извратил нравственно поколения, исповедующие это учение». Обманное учение церкви о том, что человек всегда порочен и бессилен и что все его личные стремления к добру бесполезны до тех пор, пока он не усвоит благодати, — учение это «под корень подсекает всё, что есть лучшего в природе человека».
Введение безнравственного учения о благодати с логической неизбежностью повлекло за собой введение целого ряда еще более безнравственных и грубых учений. За признанием благодати последовало учение, сводящее веру к доверию ко всему, о чем учит иерархия, и к послушанию, за учением о вере как о послушании — учение о механическом действии таинств: крещения, миропомазания, причащения и т. д. В свою очередь необходимость побуждать людей к исполнению отправляемых иерархами таинств привело к учению о мздовоздаянии, то есть о загробном наказании богом тех, кто при жизни не исполнял таинств. Дойдя до такого результата, учение это выразилось «в ужасающем безобразии»: согласно этому учению, из того, что бог для спасения людей отдал своего сына на казнь, «выходит то, что если поп с причастием опоздает, когда я буду умирать, я пойду если не прямо в ад, то все-таки мне будет худо, много хуже, чем тому, кто награбил много денег и нанял попа и попов так, чтобы они всегда при нем были».
Итогом исследования Толстого, посвященного догматическому богословию, стало полное отрицание церкви как установления и такое же полное отрицание ее учений. «Как же я могу, — спрашивает Толстой, — верить этой церкви и верить ей тогда, когда на глубочайшие вопросы человека о своей душе она отвечает жалкими обманами, нелепостями и еще утверждает, что иначе отвечать на эти вопросы никто не должен сметь, что во всем том, что составляет самое драгоценное в моей жизни, я не должен сметь руководиться не чем иным, как только ее указанием». «Цвет панталон я могу выбрать, жену могу выбрать по своему вкусу, но остальное, то самое, в чем я чувствую себя человеком, во всем этом я должен спроситься у них — у этих праздных, обманывающих и невежественных людей».