На 3 февраля находившийся в Петербурге Чертков был вызван по неизвестному ему поводу к министру внутренних дел Горемыкину и готовился итти к нему с сообщением о духоборах. Однако с утра 2 февраля в занимаемое Чертковым помещение, в Галерной гавани, нагрянули с длительным обыском. Протокола этого обыска Чертков не подписал, Горемыкина же известил письмом, что после происшедшего в квартире его, Черткова, «нападения и ограбления» он не поедет к нему. На следующий день Горемыкин приехал к Е. И. Чертковой, чтобы сообщить ей, что Комитет Министров, признавая сына ее виновным в пропаганде и незаконном вмешательстве в дела о сектантах, постановил сослать его в Сибирь, но так как императрица-мать, узнав об этом, просила Николая II смягчить это решение в память дружбы ее и Александра III к его родителям, то В. Г. Черткову предоставляется выбрать между высылкой под надзор полиции в Прибалтийский край или, на неопределенный срок, за границу. Запрошенный матерью, Чертков ответил, что предпочитает уехать за границу. Одновременно с Чертковым были высланы, в Прибалтийский край, Бирюков и Трегубов. 13 февраля 1897 г. Чертковы уехали в Англию, проведя перед тем несколько дней с Толстым, который, узнав об их высылке, поспешил приехать проститься с ними в Петербург.
Чертковы прожили в Англии около одиннадцати лет, шире прежнего развертывая ту деятельность, которая была прекращена в России. По приезде в Лондон, Чертков издал там вышеуказанную брошюру, написанную им вместе с Бирюковым, — «Положение духоборов на Кавказе». В том же году он написал и напечатал посвященную духоборам брошюру на английском языке «Christian martyrdom in Russia» со статьей Толстого. В 1898 г., поселившись близ городка Пэрлей, в Эссексе, он выпустил небольшую книжку свою, под заглавием «Где брат твой? Об отношении русского правительства к людям, не могущим становиться убийцами». Но положение духоборов, продолжающее волновать Толстого и всех близких ему, требовало и чисто практической помощи: значительная часть их была выселена в Якутскую область, другая часть погибала на Кавказе, но в начале 1898 г. им удалось выхлопотать, через императрицу-мать, разрешение на выезд за границу. Необходимо было отыскать земли, куда можно было бы поселить до 7000 людей, и собрать средства для их переселения. Об этом Толстой писал Черткову в марте 1898 г. В то время как сам он занялся изысканием и собиранием этих средств, живя в России, Черткову удалось заинтересовать данным вопросом английских квакеров, которые были близки духоборам по религиозным убеждениям и имели постоянную организацию для помощи гонимым за религиозные убеждения в разных странах. Для переселения духоборов квакеры образовали особый Комитет с участием Черткова. Часть духоборов была временно поселена на острове Кипре, а затем для них были отысканы более подходящие земли в Канаде, куда они и были, наконец, перевезены.
Деятельность Черткова по переселению духоборов продолжалась два года. Одновременно он продолжал собирать, путем письменных и личных сношений, материалы, касающиеся других течений в русском сектантстве, образовав специальный архив по сектантскому движению, заключавший в себе к 1902 г. уже около 4000 документов.
Но главным делом Черткова в Англии было распространение запрещенных в России сочинений Толстого и общих с ним идей христианского анархизма. Уже в 1897 г. им были изданы отдельными брошюрами на русском языке несколько произведений Толстого, написанных в 1896 г.: «Как читать Евангелие и в чем его сущность», «Приближение конца», «Христианское учение», «Об отношении к государству» (три письма), а также более ранний труд его «Царство Божие внутри вас». Всё вновь написанное Толстым немедленно пересылалось Черткову в подлинниках или копиях и немедленно издавалось и тотчас же переводилось для издания на английском языке — самим Чертковым, по большей части вместе с английской писательницей И. Ф. Мэйо или А. К. Файфильдом, который сделался помощником Черткова в основанном им английском издательстве под фирмой «Free Age Press». За время пребывания Черткова в Англии это издательство выпустило в свет, считая небольшое число повторных изданий, свыше 60 номеров крупных и мелких произведений Толстого и некоторых близких к нему авторов, причем на каждом выпуске значилось, что перепечатка его разрешается безвозмездно всем желающим. Большая часть их действительно перепечатывалась. С 1899 г., со времени напечатания романа «Воскресенье», Чертков сделался уполномоченным Толстого в отношении всех лиц, желавших переводить его произведения и издавать их на иностранных языках.