Последние меры были положены уже при новом церковном управлении: в 1721 году Петр объявил, что, восприяв попечение о исправлении чина духовного, не видит лучшего к тому способа, кроме соборного правительства, вследствие чего и учреждалась духовная коллегия (Синод), вместе с тем заведование церковных имений взято было из светских рук в Монастырском приказе и отдано Синоду. Сенат и Синод нередко собирались вместе для совещаний, иногда при этих общих заседаниях присутствовал и государь. В одном из этих заседаний было постановлено: родителей жениха и невесты приводить к присяге, что брак заключается по согласию их детей. Тут же постановлен был вопрос о мерах, какие должно было принять против притеснения православных в польских областях, и Петр отвечал, что надобно сделать уже известное нам распоряжение, послать комиссара.
Главными обязанностями новоучрежденного Синода были: устройство духовенства, преимущественно черного, противодействие расколу, преследование суеверий и распространение религиозно-нравственного просвещения в народе. После долгих дум относительно монашества Петр определил для него две цели: 1) служение страждущему человечеству; 2) образование из себя просвещенных властей церковных; мужские монастыри становятся инвалидными домами; монахини также должны служить престарелым и больным своего пола, кроме того, заниматься воспитанием сирот, для какой цели отделяется несколько монастырей, в других монахини занимаются рукоделием, а монахи — хлебопашеством.
Нечто подобное ходу преобразований в высшем церковном управлении мы видим в ходе преобразований относительно Малороссии. Эта страна с переворота, произведенного в ней Богданом Хмельницким, находилась в долгом междоумочном, переходном состоянии, условливавшем, как обыкновенно бывает, сильные смуты.
Не могши быть самостоятельною, она хотела поддержать свою полусамостоятельность, но эти полусостояния, ни то ни сё, приводят всегда к печальным явлениям.
Малороссия представляла хаос, борьбу элементов (discordia semina rerum): гетман, ставши из войсковых, казацких начальников правителем целой страны, стремился к усилению своей власти; старшина и полковники хотели быть также полновластными господами, жаловать и казнить кого хотят, стремились стать богатыми землевладельцами и земли свои населить крепостными крестьянами, в которых обращали вольных казаков; последние волновались, особенно подущаемые из Запорожья; города жаловались на притеснения полковников. Все были недовольны, все слали жалобы, доносили друг на друга в Москву, а когда государь, вняв этим жалобам, предпринимал какие-нибудь меры, то поднимались опять вопли: зачем Москва вмешивается? Особенно вопли усиливались, когда Москва поднимала вопрос о финансах малороссийских, ибо все сильные люди в Малороссии хотели доходы страны брать себе, не давая ничего государству, которое, таким образом, получало только обязанность тратиться людьми и деньгами на защиту Малороссии.
Все были недовольны и действительно имели причины на то, но не умели сознать, что эти причины были внутри, во внутреннем хаосе, в кулачном праве; искали улучшения во внешних условиях; поддавшись русскому государю, бросались то к полякам, то к туркам; это колебание, шатость, междоумочность вредно действовали на характер народонаселения, особенно высших слоев.
После Богд[ана] Хмельницкого не было гетмана, который бы не изменил или не был обвинен в измене своими же: интригам, доносам не было конца. Гетман Мазепа, облеченный полною доверенностию Петра, изменил ему в самую решительную, тяжкую минуту. Сносить далее такое положение дел было невозможно для государства, потому что смута продолжалась, злоупотребления знатных относительно массы народонаселения становились все сильнее, а Петр знал, что эта масса не изменила ему при измене Мазепы, и потому считал своею обязанностию поддерживать, защищать эту массу от насилий старшины, привыкшей к шатости. По смерти гетмана Скоропадского Петр остановил выборы нового гетмана, объявив, что не знает надежного человека, и ввел свое любимое коллегиальное управление; члены коллегии наполовину были малороссияне и наполовину великороссияне.
И после Ништадтского мира Петр не мог посвятить всего своего времени внутренним преобразованиям. Деятельность Петра была чужда односторонности.