И така, всички тези етапи от еволюцията на дивите растения в земеделски култури са имали и своите характеристики, които ранните фермери е нямало как да не забележат — например големината на плода, горчивината, месестността, маслеността или дължината на влакната. Когато са подбирали само такива растения, които са притежавали и най-много от желаните от тях качества, древните несъзнателно са ги разсаждали и по този начин са ги подготвяли и за бъдещата им роля — тоест да поемат по пътя на култивацията.
Наред с това обаче е имало поне четири други основни типа промени, но те нямат отношение към очебийните критерии, с които си служат берачите на боровинки. В такива случаи берачите са предизвиквали промени, като са обирали плодчетата на познатите им растения, а други упорито са пренебрегвали (защото с нищо не са привличали погледа им), или пък са променяли селективно средата, в която са виреели тези растения.
Първата от тези промени е оказала въздействие върху самите механизми за разпръсване на семената. Много растения имат специални защитни механизми (които не позволяват на хората да оберат наведнъж всичките им семена). Това би могло да се случи само със семената на някой мутант, който е лишен от такива защитни механизми. Това пък предопределя и избора му за прототип на бъдеща земеделска култура.
В това отношение е особено показателен примерът с граха, чиито семена (граховите зърна, които ядем) са затворени в шушулка. И ако на дивото грахче му се прииска да пусне кълн, преди това то трябва да се изсули от своята шушулка. За целта граховите растения са развили еволюционно един специален ген, който кара шушулката да се разпуква и да изръсва зрънцата си на земята. В един момент обаче се появява и някой мутант, чиито шушулки упорито не щат да се разпукат. В дивата природа едно такова мутирало грахово зрънце ще си умре, зазидано в собствената си шушулка и от него няма да остане никаква следа, защото само разпукващите се екземпляри могат да предават по-нататък своите гени. Да, но единствените шушулки, които тогавашните хора са можели да оберат от растенията, са били именно неразпукнатите. Това означава, че още от момента, в който хората са започнали да берат див грах, за да го ядат в домовете си, те са пристъпили и към селекцията на този едногенен мутант. По същия начин са подходили и към лещата, лена и мака, сред които също се появяват такива мутанти.
Само че вместо в шушулка, семената на дивата пшеница и ечемика се развиват под формата на клас, на върха на стъблото, което пък най-спонтанно се отръсква и ги изсипва на земята, за да могат да покълнат. Но ето че отново някой ген мутира, вследствие на което стъблото губи способността си да се отръсква. В дивата природа подобни мутации са гибелни за самото растение, защото семената му остават увиснали между небето и земята и нямат възможност да покълнат и пуснат коренчета (както си му е редът). Затова пък класовете на такива мутанти са много удобни за жънене и транспортиране. А когато хората са започнали впоследствие да засаждат семената от ожънатите класове на тези мутанти, следващата реколта семена също е изчаквала търпеливо момента на жътвата, докато по-нормалните им (т.е. немутирали) събратя са изсипвали съдържанието на плодовете си на земята, откъдето е нямало как да ги съберат. Ето как първобитните фермери са преобърнали на 180 градуса посоката на естествения подбор: „животворните“ дотогава гени изведнъж са станали смъртоносни, а смъртоносните — животворни. И тази несъзнателна селекция на „неотръскващи“ се екземпляри, осъществена още преди десет хилядолетия, най-вероятно е и първото по-сериозно човешко „подобрение“, внесено в представител на земната флора. Точно тази промяна бележи и началото на земеделието в Плодородния полумесец.
Вторият тип промяна е била дори още по-неосезаема за древните берачи. Тъй като са виреели в зона с доста непредсказуем климат, едногодишните растения са рискували да изчезнат като видове, ако семената им покълват прекалено бързо и едновременно. В такъв случай е можело всички посеви да бъдат унищожени от сушата или студа, без да оставят семена за продължение на вида. Ето защо много едногодишни растения са развили и специални кълнови предпазители (или герминационни инхибитори), с които да регулират възпроизводството си, а първоначално „спящите“ или дормантни семена вече да покълват в рамките не на една, а на няколко години. По този начин, дори и повечето кълнове да са били съсипани от влошилите се климатични условия, все са щели да останат някои семена, които да покълнат по-късно (когато времето се оправи).