Досега разгледахме само тази селекция (независимо дали съзнателна или не), която са осъществявали древните фермери и в резултат на нея някои диви и своенравни растения са се преобразили в благопристойни земеделски култури. Но има още един много важен фактор. Казахме, че в началото древните земеделци са подбирали семената на някои точно определени диви растения, засявали са ги в градините си, а след това са избирали най-продуктивните от тях, за да ги засеят и на следващата година. Да, но една немалка част от тази трансформация (която обикновено наричаме „култивиране“) се е дължала и на селекцията, осъществявана от самите растения. Дарвиновият термин „естествен подбор“ се отнася за онези отделни представители на даден вид, които са оцелявали по-често в естествени условия и са се възпроизвеждали по-успешно от своите конкуренти (т.е. другите представители на същия вид). Ето че в този случай някои естествени процеси — поединичното оцеляване и възпроизводството — извършват и самия подбор. Но ако условията се променят, започват да оцеляват по-други типове индивиди или просто започват да се възпроизвеждат по-ефикасно, с което на свой ред се превръщат в „естествено подбрани“, а това пък означава, че самата популация е претърпяла еволюционна промяна. Класически пример в това отношение е развитието на своеобразен „индустриален меланизъм“ в британските молци: по-тъмните екземпляри са започнали да надвишават по брой по-светлите си събратя, тъй като през XIX в. покрай промишленото развитие е станала по-мръсна и околната им среда. Казано най-просто, по-тъмните (т.е. по-мръсни) дървета са можели вече да приютяват само по-тъмни молци, а по-бледите им събратя са се откроявали на този фон и затова по-лесно са привличали вниманието на своите естествени врагове.
И както индустриалната революция в Англия е променила естествената среда на молците, така и земеделието е променяло околната среда на растенията. Редовно прекопаваните, наторявани, напоявани и оплевявани площи („градините“) са предлагали условия, рязко по-различни от тези на сухите и необработвани баири. Много от промените в култивираните растения са се дължали и на подобни промени в околната среда, което се е отразявало и на предпочитанията на самите градинари. Например, ако фермерът засее по-нагъсто семената в своята градина, между тях избухва яростна конкуренция. Естествено по-големите се възползват от ситуацията и започват да покълват по-бързо, което ги прави и по-предпочитани пред по-малките, които дотогава са били засявани на сухи и ненаторявани баири, където са разполагали с по-голямо лично пространство и не им се е налагало да се конкурират. И тази все по-ожесточена вътрешна конкуренция в рамките на самата земеделска култура е отговорна не само за по-големия размер на семената, но и за много други промени, случили се при трансформацията на дивите растения в културни сортове.
Как да си обясним другите по-съществени разлики между подходящите за доместикация растения? Защо например някои от тях са култивирани още в дълбока древност, други — чак през Средновековието, а трети и досега си остават имунизирани срещу подобни действия? Можем да извлечем по дедуктивен път повечето отговори, като разгледаме отдавна установената последователност, в която са се появили отделните земеделски култури в Плодородния полумесец.