В создаваемой Духовной Академии Филарету было поручено чтение курсов, по которым не имелось учебных пособий. Ему пришлось составлять их на основе сочинений западных авторов и трудов православных отцов Церкви. Он сознавал необходимость использования западной богословской мысли и в своем «Обозрении богословских наук» рекомендовал по каждой части богословия католические и протестантские сочинения. А в то время в русском дворянском обществе получили еще большее распространение идеи масонства, мистического «внутреннего христианства», доходившие до отрицания всего строя церковной жизни. Все это требовало осмысления, поисков путей выхода из духовной смуты и выработки для ожидающих верных слов верующих мирян православного понимания – в условиях Нового времени – самой Церкви Христовой и ее учения.
Выходят в свет подготовленные им труды богословские – «Записки на Книгу Бытия», апологетические – «Разговоры между испытующим и уверенным о православии Восточной Греко-Российской Церкви» и исторические – «Начертания Церковно-Библейской истории». Автора обвиняли в сильном влиянии на его «Начертание истории» церковно-исторического сочинения лютеранского богослова Буддея, но сам он и не скрывал этого. Заслугой Филарета стало, однако, не просто введение в учебный курс полезного сочинения, но творческое переосмысление идей западного автора. Труды западноевропейских богословов становились для святителя Филарета побудительным толчком для развития собственных идей на основе святоотеческой мысли, на основе наследия святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого.
В 1823 году выходит составленный Филаретом Катехизис, изложение основ православной веры, в работе над которым автор использовал не только давно известные в России Катехизисы митрополита Петра (Могилы) и митрополита Платона (Левшина), но и опыт католического катехизиса, изданного по указанию католического епископа Монпелье Шарля-Иоахима Кольбера.
Обращение к европейским авторам в этом и иных случаях было вызвано тем обстоятельством, что в Новое время, в условиях вестернизированной культуры ответ на духовные запросы русского дворянского общества уже не мог быть дан только по святым отцам «Добротолюбия». Обращение к западному опыту началось в петровскую эпоху с Духовного регламента архиепископа Феофана Прокоповича и трудов митрополита Стефана Яворского, испытавших влияние один – протестантизма, другой – католицизма. Но и ранее влияние западного схоластического богословия испытал митрополит Петр (Могила), а позднее и святитель Тихон Задонский использовал в своих трудах сочинение лютеранского пастора Иоганна Арндта «Об истинном христианстве». Однако в России западный ответ не просто предлагался верующим, а поверялся и очищался опытом православной церковности, сохранявшей конфессиональную и национальную самобытность. Христианская система ценностей оставалась основой и для формирующейся русской культуры.
Заслугой святителя Филарета в развитии «школьного богословия» стала разработка новой, глубоко продуманной системы богословских дисциплин, основанной на истории: «История первее системы. Откровение дано в живой истории…». Он первый стал поощрять самостоятельное творчество преподавателей духовных учебных заведений, предлагая им не довольствоваться повторением учебника. Правда, его требовательность к составляемым преподавателями «запискам» подчас вызывала у тех недовольство.
Не менее примечательно его внимание к языку преподавания, которым долгое время была латынь. Лишь в 1819 году Комиссия духовных училищ по докладу архиепископа Филарета разрешила преподавание богословия «и на российском языке по усмотрению ректора». Церковные консерваторы этому воспротивились, и в 1825 году Святейший Синод принял решение о возврате к латыни; по выражению святителя Филарета, «начался обратный ход, от общевразумительного учения к схоластицизму» (180, т. 2, с. 210). Тем не менее святитель не отказался от своей принципиальной позиции. В своем отчете о ревизии Московской духовной академии архиепископ Филарет написал, что «богословие догматическое и преподано и в конспекте означено, и на испытании представлено, сначала на русском языке, а далее на латинском. Предложенное на русском преимуществует порядком и ясностию изложения. Предложенное на латинском, вероятно по действию классической книги, более ознаменовано сухим и маловразумительным языком школы, нежели силою истины общевразумительной и полезной» (180, т. 2, с. 141–142).