В то время в России, после падения Византийской империи, ослабли связи с православными корнями на Востоке, отчасти были забыты или искажены святоотеческие традиции преподобного Нила Сорского; вследствие подчинения по воле Петра I Церкви государству (после секуляризации церковных владений Екатериной II) монашеская жизнь и внешне приходит в упадок. Сознавая это, преподобный Паисий устраивает в своем монастыре монашеский уклад по образцу устава святого Василия Великого: все было общее, трапеза совместная, все работы в монастыре исполнялись монахами. Богослужение совершалось по Афонскому уставу на русском и молдавском языках. Главными добродетелями считались отречение от собственной воли и самостоятельного мнения, послушание, смирение, терпение, доброе отношение к другим. Во всех аскетических добродетелях сам настоятель был первым примером.
Но, быть может, более важным, чем устроение обители по Афонскому образцу и обновление монашества в России, стали иные его дела: перевод и издание трудов святых Отцов Церкви. До него имелись переводы некоторых аскетических творений, но источник монашеского просвещения был очень слаб. Его усилиями появились церковнославянские переводы творений святых Антония Великого, Макария Великого, преподобного аввы Исаийи, Марка подвижника, Феодора Студита, Симеона Нового Богослова, Григория Паламы и многих других, позже напечатанные стараниями митрополита Гавриила (Петрова). Последние годы жизни старец Паисий провел в большом Нямецком монастыре. И там он, желая передать монашеству «мед, истекающий из уст святых отцов», днями и ночами продолжал работу над переводом, сличая различные привезенные с Афона списки древних текстов. Из его переводов и составились настольные книги каждого инока: «Добротолюбие», многотомное собрание изречений и поучений великих Отцов Церкви IV–XIV веков, «Лествица» аввы Дорофея и «Поучения» преподобного Исаака Сирина. Спустя пять десятилетий обе традиции преподобного Паисия Величковского – строгая монашеская жизнь и распространение святоотеческих творений – возродились в Оптиной пустыне.
В Оптину пригласили братьев Тимофея и Александра Путиловых. Они были пострижены в монашество с именами Моисей (1782–1862) и Антоний (1795–1865) и основали скит на границе монастырских владений, близ пасеки, где жил в уединенной келье старец Иоанникий (96, с. 71). Скит находился в полукилометре от обители, в сосновом бору, и был обнесен деревянным забором. Справа от ворот позднее был поставлен небольшой домик, в котором старцы принимали народ. В скит редко приглашали гостей, женщинам вход туда был запрещен.
Вскоре, в 1825 году, игумен Моисей был поставлен настоятелем Оптиной пустыни, которой управлял 37 лет. При нем обитель совершенно преобразилась. Увеличилось число братии, почти вдвое выросла площадь монастырских угодий, были заложены фруктовые сады, начато разведение хороших пород рогатого скота, продолжалось церковное строительство, устроены корпуса монашеских келий, гостиницы, большая библиотека, заводы и мельница.
Но более важным стало то, что при новом настоятеле церковные службы стали совершаться более благолепно, возвысился нравственный строй обители. Игумен Моисей пригласил еще нескольких пустынножителей, принадлежавших к школе старца Паисия. Богослужебный устав соблюдался с особой строгостью, братия была обязана присутствовать на богослужениях. Благодаря этому в период настоятельства преподобного Моисея сформировался особый дух Оптиной, особый строй ее внутренней жизни.
Пустынь жила по строгому общежительному уставу. У каждого инока была своя келья. Послушники и монахи, число которых в те годы составляло около 300 человек, получали послушания от настоятеля или келаря: это были работы в гостинице, на скотном дворе, в пекарне, в храме, в саду, в библиотеке и т. д. И настоятель, и монахи ничего не имели в личной собственности, все вместе с настоятелем вкушали пищу в трапезной; даже такую мелочь, как чай или сахар, монахи получали от пустыни, не говоря об одежде и обуви. Лишь для старцев в скиту пища готовилась отдельно и приносилась им в келью (159, с. 345). Внутренний дух пустыни, по воспоминаниям современников, был настолько единым, так глубоко проникал в сознание и души ее насельников, что настоятелю или старцам не было надобности принуждать к чему-либо иноков или делать им выговоры. Этот строгий и возвышенный дух обители влиял и на богомольцев.