Духовному образованию святитель Филарет уделял внимание постоянно. По его благословению, данному ректору МДА архимандриту Филарету (Гумилевскому) после продолжительного обдумывания, в 1841 году в Московской Духовной Академии было начато издание непрерывной серии «Творения святых отцов в русском переводе»; немалая часть переводов не устарела до настоящего времени. За счет средств Московской епархии митрополит Филарет повысил жалованье преподавателям и профессорам МДА, что побудило к аналогичной мере и другие церковные власти. Но все же духовные школы были лишь одной из многих сфер интересов и деятельности святителя Филарета.
В те же первые свои годы в Петербурге он проявил себя не только как ученый универсальных интересов, но и как духовный деятель, открытый духовным запросам времени и готовый дать на них ответ. Конечно же, способности и таланты молодого инока были велики, но очевидно, что их раскрытию сильно способствовала сама атмосфера тогдашнего Петербурга, где еще не полностью выветрился дух «дней Александровых прекрасного начала». Инок Филарет не успел узнать деспотизма Павловского царствования, напротив, господствовал дух либерализма и терпимости, и все большее значение в столичном обществе приобретали ученость, образование и способности.
Обер-прокурор Святейшего Синода князь А. Н. Голицын, влиятельный благодаря дружбе с императором Александром I, 25 марта 1810 года услышал проповедь молодого монаха в Троицком соборе Александро-Невской Лавры и поразился. Князь постепенно отходил от легкого вольнодумства екатерининской эпохи, глубины православной веры все больше притягивали его. В филаретовской проповеди на праздник Благовещения Пресвятой Богородицы он оценил не только блеск и красоту церковного красноречия, но также глубину раскрытия темы и искреннее чувство. Проповедник строго осудил «лукавствующий мир сей», который «не царствует, но рабствует. Если исключить из него тех, которые всем его званиям предпочитают звание христианина, то в нем останутся одни рабы – рабы честолюбия, рабы злата, рабы чрева, рабы сладострастия, и все вместе – рабы самолюбия… Отврати, верующая душа, очи твои, еже не видети суеты, обратися в покой твой и в тайне ищи тихого, безмятежного Царствия Божия в себе самой…» (179, т. 1, с. 138).
Благоволение царедворца скоро проявилось открыто. Весной 1812 года архимандрит Филарет был впервые приглашен в Зимний дворец, произнес проповедь в Большой церкви в присутствии всей царской семьи (179, т. 1, с. 169). 1 октября он освятил домовую церковь в доме князя А. Н. Голицына и также произнес проповедь (179, т. 1, с. 175). Известно, что 30 ноября в домовой церкви князя А. Н. Голицына состоялась встреча Филарета и императора. Учитывая потерянность Александра I в дни тяжелейших поражений русской армии в войне с Наполеоном, а также внезапный поворот императора от легкомысленного религиозного равнодушия к вере в Бога, можно предположить, что венценосец не только просил советов, но и исповедовался.
На новую высоту славы архимандрит Филарет поднялся благодаря произнесению 13 июня 1813 года в Казанском соборе слова на погребение тела фельдмаршала М. И. Кутузова: «…Се ум, в котором и высокие звания и приятные искусства, не стесняя друг друга, находили свое место; ум, способный в одно время составлять чертеж брани, соображать к единой цели разнообразные отношения союзных и враждебных держав и легкою ногою измерять зыблющиеся стези Дворов… Сия твердость, непоколебимая ни страхом, ни скорбию, и благодушная покорность своей участи были предуготовлены для таких подвигов, среди которых поколебались бы тысячи тысяч… Сия глубокая проницательность и неутомимая осторожность… против возрастающего исполина, который на развалинах престола, превращенных в лобное место, созидая новый престол, желал утвердить и украсить его разрушением древних…». Однако то был не только привычный образец церковного красноречия с архаичными уже тогда оборотами: «…тлетворное дыхание Запада отовсюду воздувает на нас бурю». Проповедник отозвался на важные явления российской жизни, сказав, что «избранный сын отечества предохранен от суеверного уничижения пред идолом иноземного просвещения и образованности» (179, т. 1, с. 46–47, 50). Отношение к Западу и западной культуре в то время пересматривалось в русском обществе, которое отказывалось от крайностей слепой вестернизации ради заимствования реальных достижений западноевропейской культуры. И ректор Духовной Академии указывал на необходимость отличать идолов от идеалов. «Слово пред погребением тела светлейшего князя М. И. Голенищева-Кутузова-Смоленского» было признано классическим и вышло несколькими отдельными изданиями, сделав имя Филарета известным всей России. 23 декабря Святейший Синод утвердил составленный архимандритом Филаретом особый чин молебствия «за избавление Церкви и державы Российской от нашествия галлов и с ними двунадесяти язык».