Сам Филарет, ставший «душою переводного комитета», взялся за перевод Евангелия от Иоанна, самого сложного и богословски значимого. Он составил правила для переводчиков, требуя пословного перевода Евангелия с греческого оригинала с сохранением по возможности порядка слов, а славянскую лексику употреблять лишь при отсутствии русского эквивалента или явной вульгарности выражений. Работа была завершена в конце 1817 года, Четвероевангелие на русском языке вышло в свет, а в 1823 году и весь Новый Завет на русском.
Этому предшествовала хиротония Филарета в сан епископа, совершенная 5 августа 1817 года в Троицком соборе Александро-Невской Лавры. В августе
1818 года за новые труды, за заслуги перед Церковью и Отечеством епископ Ревельский Филарет был награжден орденом святой Анны 1-й степени.
В те первые петербургские годы будущему святителю довелось узнать не только зависть и вражду в своем окружении, но и недоброжелательство венценосцев. 26 декабря 1814 года в Большой церкви Зимнего дворца он произносит слово на праздник
Рождества Христова, в котором говорит: «Бедственное ослепление людей, прельщенных миром, увеличивается тем, что слепые слепых же избирают вождями себе или дают влещи себя множеству, на которое опираясь десницею и шуйцею, мнят быть безопасны от падения… Итак, вотще стараются некоторые утончать любовь к миру, вместо того чтобы отсекать ее, и, вместо того чтобы побеждать оную любовию к Богу, надеются примирить одну с другою…» (179, т. 1, с. 84, 87). Проповедь вызвала неудовольствие вдовствующей императрицы Марии Федоровны, и с тех пор Филарета никогда не приглашали проповедовать в дворцовой церкви.
Но в те же годы ректор Духовной Академии входит в круг петербургской аристократии. У него завязываются дружеские связи с графом С. Б. Потемкиным, дочерью М. И. Кутузова Е. М. Хитрово и другими. Он выступает в роли посредника между Г. Р. Державиным и духовной цензурой, запретившей публикацию стихотворения «Христос». Он открыт для контактов, встречается с американскими квакерами, разъясняет Стефану Грелье де Мобилье значение святой Евхаристии для христианина (135, с. 142). Однако активность и открытость епископа Филарета вдруг оборачиваются против него.
Духовная увлеченность императора и обер-прокурора христианскими идеями, не подкрепленная богословским образованием и церковной традицией, обернулась пришедшей на Россию тучей «духовного мистицизма». Беседы Александра I в европейских странах с квакерами Алленом и Грие, известным мистиком Юнгом-Штилингом, долгие разговоры с баронессой Ю.Крюденер, с Р. А. Кошелевым и А. Ф. Лабзиным на темы вечных истин, понимания глубин Апокалипсиса привели его к идее мистической «внутренней церкви», в которой он увидел залог людского счастья на земле и прообраз Церкви Небесной. Этим настроением Александра I было порождено создание 26 сентября 1815 года Священного союза трех, а затем и всех остальных европейских монархов. В основу Союза был положен принцип охранительства, незыблемости государственных принципов в Европе исходя из высоких идеалов христианства. Такого же рода мистическая настроенность, хотя и с национальной окраской, ощутима и в закладке в Москве 12 сентября 1817 года храма Христа Спасителя по своеобразному проекту А. Л. Витберга, далекому от канонов русской церковной архитектуры. Те же принципы «безбрежного мистицизма» положены в основу учрежденного 24 октября 1817 года нового министерства духовных дел и народного просвещения во главе с князем А. Н. Голицыным, причем Святейший Синод оказался подчиненным уже одному из четырех отделений Департамента духовных дел. Даже государственный историограф Н. М. Карамзин отнесся к этому критически, назвав новое учреждение «министерством затмения», а А. С. Пушкин в июле 1824 года с удовлетворением отозвался на уничтожение «двойного министерства».
Молодой епископ сознавал вредность сектантских и еретических увлечений иных дворянских мистиков, но видел в этом неизбежные искания Истины в условиях, когда в ходе петровской секуляризации была разорвана преемственность с отечественной православной традицией, а противоядие от западного вольнодумства и неверия стали искать также на Западе. Именно в ответ на жажду религиозного наставления и просвещения и намеревался епископ Филарет предложить просвещенным россиянам Слово Божие. Но дело Русской Библии, главный жизненный подвиг святителя Филарета, оказалось с самого начала отягченным для него великими испытаниями и скорбью. В то время перевод Библии на русский язык виделся актом почти революционным, едва ли не новой Реформацией, ранее потрясшей Европу. Между тем «либеральные стремления императора», как справедливо заметил С. В. Мироненко, «никоим образом не затрагивали основ…» (92, с. 208), а его личные благие намерения легко забывались, едва только он усматривал угрозу (реальную или мнимую) для существующего строя.