Немалый вклад в развитие Такаги-рю внес и сын Уманосукэ, Такаги Гэнносин. Гэнносин стал ямабуси и удалился на священную гору Кумано, где познакомился с другим сюгэн-дзя — Окуни Кихэем, основателем Куки синдэн-рю. Когда 2 мастера сравнили свои школы, выяснилось, что Такаги-рю была сильнее в дзю-дзюцу, а Кукисин-рю — в фехтовании 66. В итоге мастера решили объединить свои знания, после чего к Такаги-рю были добавлены приемы боя шестом, копьем и алебардой Кукисин-рю, а Кукисин-рю у Такаги-рю почерпнула немало техники дзю-дзюцу. После памятной встречи Гэнносина с Окуни Кихэем техника борьбы без оружия в Такаги-рю стала называться «дакэнтай-дзюцу» — буквально «искусство нанесения ударов кулаком по телу».
Со временем Такаги-рю разделилась на 3 ветви. Одна из них, созданная Иситани Такэои Масадзи, получила название Иситани Такаги Ёсин-рю.
Среди учеников Иситани были Такамацу Ёсиёси (отец Такамацу Тосицугу) и сын — Иситани Мацутаро. Мацутаро в детстве убежал из дома, поскольку не вынес тягот тех тренировок, которые заставлял выполнять его отец, изучил школу Кукисин-рю у Акиямы Ётаро и позже соединил Такаги Ёсин-рю и Кукисин-рю в единую систему, которую и преподал Такамацу Тосицугу. Последний овладел также традицией Фудзита Такаги-рю.
Как видим, также, как и в случае с Куки синдэн-рю, связь Такаги-рю с ниндзя никак не прослеживается. Разве что поверить ничем не подкрепленному утверждению Хацуми, что семья Иситани была семьей тюнинов из Ига. Однако и к ним Такаги-рю попала из рук «самураев» не ранее 2-й половины XIX в. А между тем почти вся бросковая техника Будзинкана позаимствована именно из Такаги Ёсин-рю.
Если 2 вышеописанные школы благополучно дошли до наших дней и ныне преподаются в десятках додзё по всей Японии мастерами, не имеющими никаких связей с линией Такамацу — Хацуми, то остальные 7 школ являются исключительным достоянием этих двух «ниндзя». И ввиду полного отсутствия иных письменных источников, в их анализе нам прийдется опираться только на сведения, сообщаемые Хацуми Масааки.
Самой древней из этих школ считается Гёкко-рю — «Школа яшмового тигра», в которой преподается косей-дзюцу — «искусство костяных пальцев», или методы поражения уязвимых точек при помощи пальцев.
По утверждению Такамацу Тосицугу, корни этой школы уходят в Китай династии Тан. Считается, что основу этой системы заложил либо императорский телохранитель, не отличавшийся внушительными размерами и большой физической силой, либо какая-то принцесса, либо придворная дама. После падения Танской империи в 907 г. многие аристократы бежали в Японию. В их числе был и военачальник Те Гёкко, который, якобы, и передал японцам учение косси-дзюцу (методы поражения уязвимых точек пальцами).
Это учение на протяжении ряда веков передавалось в семье Судзуки, а в XVI в. перешло в клан Сакагами, член которого Сакагами Таро Кунисигэ и стал официальным основателем школы Гёкко-рю сито-дзюцу — «искусства кончика пальца». Затем патриархом Гёкко-рю стал монах Законник Гёккан — Созерцание яшмы. Он обучил этой технике четырех мастеров: 1) Сасаки Гэндаю Садаясу, сын которого, Са-саки Гороэмон Акиёри позже основал школу Гёкусин-рю, также входящую в Будзинкан; 2) Судзуки Дайдзэн Таро Ти-камасу, последователь которого в 4-м поколении Фукао Цу-ноума Сигэёси основал ныне утраченную школу коппо-дзюцу («искусство учения о костях», использует мощные удары руками и ногами для повреждения костей противника) Идзумо-рю; 3) Акимото Кавати-но Ками Ёси, ученик которого Урю ханган (судья) Гиканбо основал школу коппо-дзюцу Гикан-рю, также входящую в Будзинкан; 4) Тоду Сакё Иссинсая, ставшего создателем школы коппо-дзюцу Кото-рю и, якобы, передавшего Гёкко-рю и Кото-рю знаменитому дзёнину Момоти Сандаю.
Таким образом 4 школы, входящие в Будзинкан, — Гёкко-рю, Гёкусин-рю, Гикан-рю и, с некоторыми оговорками, Кото-рю (по утверждению Хацуми, Кото-рю основывается также на технике, переданной военачальником Те Бусё, бежавшим из одного из корейских царств) являются не отдельными школами, а лишь мастерскими вариациями на тему одной и той же техники.
Все эти школы сохранились только в Будзинкане, а единственным источником по их истории являются «устные предания» Тоды Синрюкэна Масамицу. Безусловно, что «устные предания» человека, жившего на рубеже XIX–XX вв. по надежности не идут ни в какое сравнение с аутентичными письменными источниками XVI в., хотя бы потому, что человеческая память — плохой хранитель знания. К тому же в генеалогиях, сообщенных Тодой содержатся десятки, если не сотни, имен, не зафиксированных ни в каких письменных источниках!