Славянофильство имело определенное влияние на формирование русской апологетической мысли, поскольку в духовных семинариях и академиях многие апологетические вопросы первоначально рассматривались в курсах Философии. Кафедры введения в богословие и основного богословия появляются позднее. Главной их задачей было оправдание веры отцов. Когда согласно Уставу духовных академий 1869 г. была упразднена кафедра физики и математики, то проф. Д. Ф. Голубинский вместо нее основал в МДА и кафедру Естественнонаучной апологетики. Основные вопросы, над которыми трудились русские апологеты-богословы в это время, были связаны с анализом и критикой идей, идущих с Запада. Это, прежде всего, «вольтерьянство», рационализм, новые «откровения» германских философов (Канта, Гегеля, Шлейермахера и др.).
Первым из профессоров Московской духовной академии по кафедре философии, чьи лекции включали в себя вопросы философской апологетики, был прот. Ф. А. Голубинский (с 1818 по 1854 гг.). В лекциях по «Умозрительному богословию» подробно разбирались доказательства бытия Божия, анализировались воззрения деистов, пантеистов, материалистов.
Преемником прот. Ф. А. Голубинского по кафедре метафизики и истории философии был проф. Кудрявцев-Платонов В. Д. († 1891), вся ученая деятельность которого была посвящена апологетической проблематике. Трудно найти проблему, волновавшую умы его современников, которая не была бы тщательно рассмотрена и проанализирована им с христианских позиций. Его магистерская диссертация «О единстве рода человеческого», докторская — «Религия, ее сущность и происхождение»; исследования и статьи по философии, особенно гносеологии, по обоснованию бытия Бога, бессмертия души, по космологии и рациональной психологии, по естественному богословию, собранные в трех томах его сочинений [30], — говорят об огромном размахе его творческой деятельности. Большой популярностью пользовалась его сравнительно небольшая, но удачно сочетавшая философские и апологетические вопросы и многократно переиздававшаяся работа «Начальные основания философии» (9-е изд. Сергиев Пос. 1915). Проф. А. Введенский пишет, что основная проблематика, занимавшая проф. Кудрявцева, может быть выражена следующими тремя вопросами: 1. Что человек может знать и во что он должен верить? 2. Что такое мир, как он произошел и к какой цели направляется? 3. Как человек должен жить и на что он может надеяться после смерти? [31] Апологетические труды Кудрявцева являются одним большим вкладом в русскую апологетику. В них органично сочетается серьезный философский подход с глубоким религиозным благочестием, что придавало им особую убедительность.
Дальнейшее развитие русская апологетика получила в трудах проф. МДА по кафедре философии Ал. Ив. Введенского († 1913). В магистерской диссертации «Вера в Бога, ее происхождение и основания» Введенским был сделан анализ различных философских воззрений по вопросу происхождения религии. Докторская диссертация «Религиозное сознание язычества: Опыт философской истории естественных религий» (М., 1902), хотя, в основном, касается индийских религий, тем не менее, дает принципиальную оценку язычества в целом. Другие сочинения Введенского свидетельствуют о масштабности и разносторонности его апологетического творчества.
Одним из самых разносторонних и плодовитых богословов-апологетов конца XIX-XX вв. был проф. МДА по кафедре «Введения в круг богословских наук» С. С. Глаголев († 1937). Его имя по преимуществу связано с естественнонаучной апологетикой. Его магистерская диссертация «О происхождении и первобытном состоянии рода человеческого» (М., 1894) была первым в русской апологетике опытом научной критики теории Дарвина и сопровождалась обстоятельным изложением и анализом различных теорий эволюционистов. В докторской диссертации «Сверхъестественное Откровение и естественное богопознание вне истинной Церкви» (Харьков, 1900) им развивается идея о возможности и для язычников вхождения своим путем в ветхозаветную церковь спасающихся. В работе «Из чтений о религии» (Св.-Тр. Серг. Л., 1905) предлагается исторический обзор религий культурных и неразвитых народов, а также разбор воззрений на религию разных мыслителей (Галилея, Декарта, Паскаля, Чербери, Гоббса, Лейбница, Вольтера, Канта, Шлейермахера, Гегеля, Баадера, Ф. А. Голубинского, Гартмана, Соловьева). Последняя часть этой работы посвящена разбору общих вопросов соотношения религии и естествознания. Глаголевым были написаны и другие труды: по истории религий («Очерки по Истории религии», М., 1902; «Ислам», М., 1904) и другим вопросам (напр., «Материя и дух» (СПб., 1906), «Прошлое человека» (Сергиев П. 1917), многочисленные статьи апологетического содержания в «Православной Богословской энциклопедии» и разных журналах. Он подготовил и «Пособие к изучению основного богословия» (М. 1912) для женских богословских курсов в Москве.
Значительный вклад — и последний в дореволюционный период жизни Русской Церкви — в развитие русской, преимущественно философской, апологетической мысли был сделан свящ. Павлом Флоренским († 1937), который с 1914 г. был профессором МДА по кафедре истории философии. Особенно ценна его уникальная по богатству содержания, глубине и оригинальности идей, многообразию фактического материала теодицея «Столп и утверждение истины. Опыт православной теодицеи в 12-ти письмах» (М. 1914). Богословско-философское и апологетическое наследие о. П. Флоренского велико и разносторонне, оно содержит в себе богатейшие материалы. Но многие его идеи воспринимаются неоднозначно.
Появление Апологетики как самостоятельной дисциплины в русской богословской школе традиционно связывается с именем проф. Санкт-Петербургской духовной академии (открыта в 1809 г.) прот. Н. П. Рождественского († 1882), который одним из первых составил самостоятельный и полноценный курс христианской апологетики. После блестящего окончания Петербургской Академии, в 1865 г. он был назначен на вакантную кафедру основного богословия в Казанскую Академию, где результатом его научных изысканий стала защита в 1867 г. магистерской диссертации «О древности человеческого рода» (ХЧ. 1866. Ч. 2. С. 134-466). Когда в 1869 г. в СПб-й академии была открыта кафедра основного богословия, Н. П. Рождественский вернулся в нее и продолжил свои труды по апологетике. С 1883 г. он был назначен профессором Петербургской Академии по кафедре основного богословия. Главный труд, изданный уже после его смерти — это «Христианская апологетика. Курс основного богословия» (1-2 т. СПб., 1884.). Апологетику Рождественский считал «фундаментом для всего здания богословской науки со всеми ее частными подразделениями» (Там же, с.12). Метод в изложении ее системы, предложенный Рождественским, остается до настоящего времени главенствующим. Он состоит в разделении всей апологетической проблематики на две основные части: вопросы, имеющие общерелигиозное значение и вопросы специфически христианские.