После того как Иерусалим был освобожден от персов и Крест Господень был возвращен в храм Воскресения Христова, свят. Софроний вернулся в святой град. В конце 633 года местный Собор епископов избрал его на Иерусалимскую кафедру.
Став патриархом, свят. Софроний, по обычаю, направил послание Константинопольскому патриарху и папе Римскому, в котором изложил свое верование. Он воспользовался случаем и облек свое послание в форму трактата против монофелитства. Это Синодальное послание свят. Софрония патриарх Сергий не принял, а папа Гонорий, хотя и принял, ответил уклончиво, прося свят. Софрония не нарушать мира и спокойствия в Церкви.
Император Ираклий, желая оставаться православным и видя, что цель религиозного единения всех подданных империи не достигнута, высказал свое неудовольствие патриарху Сергию. Тогда тот начал работать над новым императорским декретом о вере.
Основные идеи готовящегося декрета были представлены в 634 году в послании патриарха Сергия папе Гонорию. Папа Гонорий склонился на сторону монофелитства и в официальном послании к патр. Сергию согласился, что во Христе только одна благая, согласная с Божеством воля. Догматическое заблуждение папы Гонория, за которое он вместе с прочими патриархами-монофелитами был осужден Шестым Вселенским Собором, лишний раз свидетельствует против догмата о непогрешимости папских суждений «ex cathedra».
Другие восточные епископы также склонялись на сторону готовящегося ново-монофелитского декрета. Только один патриарх Иерусалимский Софроний продолжал отстаивать истину. Он составил сочинение, где привел 600 выдержек из творений святых отцов, свидетельствующих о том, что у Богочеловека – две воли, две энергии и два хотения. Это сочинение до нас не дошло.
Предвидя свою близкую кончину, свят. Софроний завещал своему преемнику по кафедре продолжать борьбу против монофелитства и умолял не пренебрегать опасностью, в которой находится Православие. Однако, по попущению Божию, Иерусалимская кафедра впоследствии также склонилась к унии с монофелитами.
На рубеже 637–638 годов Иерусалим был взят сарацынами. Вопреки обещанию калифа Омара, данному свят. Софронию, арабы притесняли христиан и разграбляли православные святыни. Свят. Софроний молил Бога взять его из этой жизни, чтобы не видеть такой скорби. Он скончался в 638 году (по крайней мере, не позднее 644 года) и, по словам жития: «прейде от земнаго слезнаго Иерусалима к горнему радостному, идеже всех веселящихся обитель, о Христе Иисусе Господе нашем».2
В 638 году начался второй этап распространения монофелитской ереси и борьбы с ней. В этом году был издан «Экфесис» – ново-монофелитский декрет императора Ираклия, подготовленный патр. Сергием. Формула о единой энергии объявлялась в декрете необязательной, и споры о ней запрещались; но при этом вводилось учение согласно которому при двух естествах во Христе имеется только одна воля и хотение.
Все восточные епископы подписали новый императорский декрет 638 года. Папа Гонорий заранее, в упоминавшемся послании, одобрил богословское содержание декрета. Сам он скончался в год выхода нового императорского декрета. В 638 году скончался и один из главных вождей монофелитства на первом этапе, патриарх Сергий Константинопольский. Вероятно, в этом же году преставился и свят. Софроний Иерусалимский. Вскоре скончался и Александрийский патриарх-униат Кир.
Главными защитниками монофелитства на втором этапе стали преемники патриарха Сергия Константинопольского, патриархи Пирр и затем Павел, а борьбу за Святое Православие продолжили св. папа римский Мартин и преп. Максим Исповедник.
В заключение отметим, что формально свят. Софроний скончался вне общения с официальной государственной Церковью того времени и его имя было вычеркнуто из диптихов других Поместных Церквей. Однако, в деяниях Шестого Вселенского Собора читаем, что на 13-м заседании отцами Собора было вынесено следующее решение: «Мы также исследовали Синодальное послание блаженной памяти Софрония, некогда бывшего патриарха святого града Христа нашего Бога, Иерусалима, и нашли его в согласии с истинной верой и Апостольским учением, а также со святыми отцами. Посему мы приняли это послание как православное и здравое для Святой Кафолической и Апостольской Церкви и постановили, что справедливо, чтобы имя его автора было внесено в помянники Святых Церквей».
2
Переводчик и комментатор сочинений свят. Софрония, архим. Амвросий (Погодин), утверждает, что мнение, что свят. Софроний управлял Иерусалимской Церковью около десяти лет и, следовательно, скончался, как часто указывают, в 641–644 годах, или что он бежал из Иерусалима и скончался в Александрии или Риме. – чуждо преданию и древним житиям. В действительности, свят. Софроний был на патриаршем престоле не более четырех лет и скончался в Иерусалиме в 638 году, не оставляя своей паствы.