Не без участия Яворского малороссийские архиереи предали анафеме Мазепу.
«При тогдашних обстоятельствах церковной и общественной жизни, – писал историк церкви Стефан Рункевич, – роль блюстителя патриаршего трона представлялась двусмысленною, жалкою декорацией, за спиной которой светские власти делали, что хотели… Есть известие, что Стефан будто бы лично делал намёки государю о патриаршестве, а государь, говорят, на это ответил: «Мне этого места не ломать, а Яворскому на нем не сидеть»».
Отношения Петра и Стефана стали портиться после того, как в 1712 году местоблюститель с благоговением высказался о царевиче Алексее. Царский гнев он пытался угомонить тем, что подписывался на своих письмах государю так: «Вашего царского пресветлого Величества верный подданный, недостойный богомолец, раб и подножие Стефан, пастушок рязанский».
«18 мая 1718 г. государь приказывал С[тефану] как можно скорее явиться в Петербург, чтобы принять участие в верховном суде по делу царевича Алексея. Раньше было отмечено, что С[тефан] более или менее сочувствовал царевичу; однако, по нашему мнению, С. М. Соловьев вполне прав, утверждая, что со своей скрытностью и необщительностью С[тефан] не мог быть особенно близок с царевичем, но несомненно и то, что окружающие постоянно твердили царевичу: «Рязанский к тебе добр, твоей стороны и весь он твой».
Во всяком случае, с тяжёлым чувством должен был местоблюститель присутствовать на суде над тем человеком, на которого он возлагал многие свои надежды. Конечно, не без его влияния духовенство, спрошенное Петром о праве его казнить сына, высказалось определённо за помилование. С[тефан] же имел мужество восстать, хотя и безуспешно, против расстрижения епископа Досифея, замешанного в дело царевича и казнённого. Митрополит сам отпевал и хоронил несчастного царевича», – говорится в Русском биографическом словаре Половцова.
Вторым иерархом родом из Малороссии был тобольский епископ, а затем ростовский митрополит, уроженец местечка Макарова на Киевщене Димитрий Туптало (1651–1709). Он славился особой учёностью и из житий святых составил «Четьи Минеи». В своей борьбе со староверами он не имел никаких личных преград и действовал жёстко. «Как малороссиянин, Димитрий не мог быть знаком с расколом до тех пор, пока не стал управлять Ростовскою епархиею; здесь, увидевши всю силу зла, он решился вооружиться против него», – писал о нем профессор Сергей Соловьёв.
«Окаянные последние времена наши! – писал Димитрий. – Святая церковь сильно стеснена, умалена, с одной стороны, от внешних гонителей, с другой – от внутренних раскольников. С трудом можно где найти истинного сына церкви; почти в каждом городе изобретается особая вера; простые мужики и бабы догматизуют и учат о вере».
Сей святитель показал такие примеры учёности и благочестия, что вскоре был канонизирован и в 1750 году в казачьих землях назвали в честь него крепость, ставшую потом Ростовом-на-Дону.
Третьим видным малороссом в церковной иерархии стал Феофан Прокопович.
В 1718 году Пётр I высказал мнение, что «для лучшего впредь управления мнится быть удобно духовной коллегии», и поручил псковскому епископу Феофану составить для будущей коллегии устав, получивший название «Духовный Регламент». Таким образом, именно труд Прокоповича лёг в основу управления православными делами в России на ближайшие два столетия.
«Духовный регламент» и его последствия
К февралю 1720 года проект «Духовного регламента» был подготовлен. Пётр послал указ обер-секретарю Сената Анисиму Щукину, чтобы Сенат и архиереи выслушали проект и высказали своё мнение: «чтоб ремарки поставили и на каждой ремарке экспликацию вины дела».
Сенат же в свою очередь издал Указ от 9 марта 1720 года «О собирании подписей епископов и архимандритов Московской губернии под текстом Регламента Духовной Коллегии». Текст Регламента с посыльными рассылался архиереям и архимандритам монастырей.
Проект был принят 5 февраля 1721 года с несколькими дополнениями. В числе подписавших проект было 6 епископов и 3 архимандрита. Последним, нехотя, поставил подпись экзарх митрополит Стефан (Яворский). Через семь месяцев были собраны подписи ещё 19 епископов, 48 архимандритов, 15 игуменов и 5 иеромонахов. Возражений и поправок к регламенту не наблюдалось.
25 февраля 1721 года Духовная коллегия, получившая название Святейшего Правительствующего Синода, была официально открыта. Её президентом стал митрополит Стефан, преставившийся в следующем году.