Такая постановка вопроса не могла не понравиться царю. Пётр I, узнав образ мыслей Феофана и убедившись в его выдающихся способностях, в 1716 году вызвал его в Петербург для осуществления реформы церкви.
А вопрос сей «завис в воздусех» с 1700 года, когда преставился московский патриарх Адриан и преемника его так и не избирали. Местоблюстителем патриаршего престола был рязанский митрополит Стефан Яворский, выходец из Галиции, также побывавший своё время в униатстве. Власть местоблюстителя сравнительно с патриаршей была ограничена Петром. В духовных делах в большинстве случаев Стефан должен был совещаться с собором епископов.
С течением времени стало очевидно, что Пётр не думает назначать патриарха, а наоборот, думает уничтожить патриаршество как таковое. Сознавая свою неспособность к открытой борьбе, Стефан не раз просил об отставке, но тщетно: государь держал его при себе до самой смерти, проводя под его иногда вынужденным благословением все неприятные для Стефана реформы.
Отношения Стефана и Феофана сразу стали неприязненными, они стали строчить друг на друга доносы. Одной из главных заслуг Стефана являлась анафема Мазепе, и на этом фоне посвящение Феофаном своего опуса гетману выглядело соответствующим образом. Феофан же напоминал об особых отношениях митрополита с опальным царевичем Алексеем.
Кроме того, у двух малороссийских иерархов были и идейные разногласия.
Сравнивая богословские системы Стефана Яворского и Феофана Прокоповича, славянофил Юрий Самарин отмечал:
«Первая из них заимствована у католиков, вторая – у протестантов. Первая была односторонним противодействием влиянию реформации; вторая таким же односторонним противодействием иезуитской школе. Церковь терпит ту и другую, признавая в них эту отрицательную сторону. Но ни той, ни другой церковь не возвела на степень своей системы, и ни той, ни другой не осудила; след., лежащее в основании обеих понятие о церковной системе церковь исключила из своей сферы, признала себе чуждым. Мы вправе сказать, что православная церковь не имеет системы и не должна иметь её».
Из католической системы местоблюститель Стефан заимствовал принцип главенства церкви. Феофан же предложил противоположную концепцию. Он считал, что император является понтификом (римский император был верховным понтификом, т. е. жрецом), то есть епископом над всеми епископами и главой не только над мирским чином, но и над духовенством, то есть продвигал принцип, именуемый цезаре-папизмом.
Идея Феофана о том, что император является не только главой государства, но и главой поместной церкви, стала идеологией Церкви вплоть до 1917 года. В «Присяге для членов Святейшего Синода», которая была написана Феофаном, говорилось: «Я, нижеименованный, обещаю и клянусь Всемогущим Богом, пред святым Его Евангелием… Исповедую же с клятвою крайнего Судию Духовного Синода, Самого Всероссийского Монарха, Государя нашего Всемилостивейшего».
По учреждению новой формы церковного управления в 1721 году Феофан стал первым вице-президентом Святейшего правительствующего синода.
После основания Петербург оставался без собственного епископа. В 1718 году Феофан был рукоположен во епископа Псковского и Нарвского, фактически пребывая в Петербурге, и с того времени становится главным помощником Петра Великого в делах духовного управления. И не только духовного.
По поручению Петра он пишет предисловия и толкования к переводам иностранных книг, учебники, богословские и политические трактаты и проч. Им составлен «Духовный регламент» (1721), «Слово похвальное о флоте российском», «Слово о власти и чести царской» (1718), написаны предисловие к Морскому уставу (1719), краткое руководство для проповедников, «Объявление» о монашестве (1724), подробный комментарий к «Уставу о престолонаследии» под заглавием: «Правда воли монаршей во определении наследника державы своей» (1722) и многое другое.
В 1725 году государь скончался. На его погребении Феофан Прокопович произнес знаменитую проповедь. «Что это? Россияне, что мы видим, что мы делаем? Петра Великого погребаем!» – вещал он. Вскоре владыка получает новое назначение – становится архиепископом Новгородским. Пять лет он жил в обстановке интриг и ненависти, ожидая своего часа.
И он настал в 1730 году, со вступлением на престол Анны Иоанновны. Верховный Тайный Совет заставил императрицу подписать «кондиции», ограничивающие ее права. Испугавшись всевластия нескольких знатнейших родов, Феофан стал во главе партии «среднего чина людей», которая подала государыне известную челобитную о восстановлении самодержавия.