В мае 2003 года Крейг получил и то, и другое. Его средства были частично получены от Celera и более ранней компании, соучредителем которой он был, Human Genome Sciences. Акции и наличные деньги этих двух компаний были переданы Институту геномных исследований (TIGR), его первому институту в Роквилле, который вместе с другими институтами, основанными Крейгом, в конечном итоге был преобразован в Институт Дж. Крейга Вентера (JCVI). Доходы от продажи акций также пошли на оплату Sorcerer II.
Пока Хоффман и остальные были заняты на корме, Крейг стоял рядом с Чарли Говардом на верхней палубе Sorcerer II и наблюдал, как капитан маневрирует большим судном. Позже Говард вспоминал, как они с Крейгом действовали на борту судна: "Я бы описал это так: Крейг был адмиралом, а я - шкипером. У Крейга было широкое видение того, куда он хочет идти и что делать, а я реализовывал его на повседневном уровне, планируя, готовя и выполняя". Он вспоминал, что "мы хорошо ладили, потому что мы наблюдали друг за другом, и мы дополняли друг друга. Крейг любил находиться на яхте и заниматься парусным спортом, но у него были и другие обязанности, которые он должен был выполнять дома, и поэтому ему приходилось приходить и уходить".
Безбородый, подтянутый и загорелый, в свободной рубашке без рукавов, Крейг наблюдал за всеми событиями на своем судне, его льдисто-голубые глаза были такими же пронзительными, как всегда. С Крейгом все было "давай, давай, все время", - говорит Джефф Хоффман, вспоминая начало 2000-х. "Он был очень напряженным, что, конечно, заставляло меня стремиться к отличной работе". Чарли Ховард согласился: "Каким был Крейг тогда? Гораздо менее спокойным, с множеством мячей в воздухе и происходящих событий, которые он любил".
Многие, кто знал Крейга в этот период, также описывают его как непоколебимого, особенно перед лицом критики. Год спустя научный писатель Джеймс Шрив, автор книги "Война геномов", напишет в журнале Wired статью о Крейге, в которой изобразит его одновременно целеустремленным и спокойным. Отправившись в гости к Крейгу и "Колдуну II" в южную часть Тихого океана во время глобального кругосветного путешествия 2004-2006 годов, Шрив описал Крейга как "лысого, бородатого и голого". Борода была в новинку после того, как он украсил обложки Time и BusinessWeek в эпоху Celera. "Так он выглядит моложе и спокойнее - я никогда не видел его напряженным, даже когда гонка за геном стала ужасной и его враги приближались". Хизер Ковальски, которая была публицистом Крейга в Celera, а позже стала его женой, вспоминала об этом иначе. По ее словам, во время работы в Celera Крейг сохранял внешне спокойное поведение, но часто находился в состоянии сильного стресса.
Конечно, к тому времени, когда "Колдун II" забирал свой первый образец в Саргассовом море, Крейг пережил драматический год взлетов и падений. Помимо недавней публикации подробного описания генома человека в журнале Science, он все еще восстанавливался после увольнения советом директоров Celera в начале 2002 года. Крейг не ладил с Тони Уайтом, генеральным директором Applera, материнской компании Celera, потому что Уайт хотел превратить Celera в фармацевтическую компанию, чтобы оправдать высокую оценку ее акций. Крейг же хотел предоставить фармацевтическим и другим компаниям проанализированную и аннотированную геномную информацию, чтобы стать "Bloomberg of biology", как выразился Ковальски. В итоге ни тот, ни другой подход не спасли Celera от биржевого краха 2001 года и осознания генетиками и промышленниками того, что секвенирование генома человека - это лишь первый шаг на длинном пути к разработке и продаже новых терапевтических препаратов. Предстояло еще многое выяснить о том, что делают все эти гены.
С момента основания в 1998 году Celera под руководством Крейга пережила необычайный бум. Благодаря ажиотажу вокруг геномного проекта и перегретым рынкам доткомов конца 1990-х годов компания взлетела до оценки в 24 миллиарда долларов, но к 2002 году, когда Крейг покинул компанию, ее стоимость упала до менее чем миллиарда долларов.
"Увольнение из Celera стало настоящим шоком", - вспоминал Крейг много лет спустя, несмотря на то что он сказал одному из членов совета директоров, что хочет вернуться в свой исследовательский институт. "По уровню интенсивности это, наверное, было равносильно ведению президентской кампании или чему-то подобному. Люди заработали на Celera миллиарды. Но столько же людей потеряли миллиарды. Я был первым биотехнологическим миллиардером на бумаге. И я шутил: "Я заработал миллион долларов тяжелым путем. Я быстро заработал миллиард и так же быстро его потерял".