Напуганный царь немедленно специальным указом запретил плавание по Северному морскому пути. Поморы, конечно, понимали, что опасения царя напрасны, что иностранные суда пройти сквозь льды на восток не смогут. Торговые и промышленные люди всех северных городов подали челобитную мангазейским воеводам, в которой просили, чтобы «им из Мангазеи к Руси и в Мангазею с Руси ходить позволить большим морем по–прежнему, чтоб им вперед без промыслов не быть, а государевой соболиной казне в их бесторжишке и беспромыслу убытку не было».
Челобитная была направлена царю. Доводы о том, что закрытие морского пути в Сибирь отразится на казенных доходах, показались убедительными. Географические познания у царя и его советников были смутными, им нелегко было разобраться, кто прав в возникшем споре. Главное, чтобы «убытку не было».
В начале 1618 года указ был отменен. В новом указе говорилось:
«Из Мангазеи торговых и промышленных людей всех городов отпускать на Русь большим морем и чрез Камень (через Урал), а с Руси в Мангазею велеть ходить со всякими товарами тоже большим морем и чрез Камень, как наперед того ходили».
Рассказчика про немецких людей Еремку Савина, который при вторичном допросе отрекся от прежних показаний, царь приказал «бита нещадно, чтоб на то смотря иным было неповадно воровством смуту затевать». Направляя князю Куракину новый указ, Михаил Федорович, первый царь из династии Романовых, писал. однако, в сопроводительном письме:
«А во всем мы в том морском мангазейском ходу положили то дело на тебя, боярина нашего… И ты бы всякие наши дела делал в Сибири смотря по тамошнему делу, как бы нашему делу было прибыльнее и порухи никакой в нашем деле не было.
Воспользовавшись этим указанием, тобольский воевода в 1619 году своей влстью запретил поморам ходить в Мангазею морем и обратно. В очередной «отписке» от убеждал царя, что поморы, «только поедут большим морем и учнут торговать с немцы или с русскими людьми, утаясь на Угорском шару, на Колгуеве на Канином носу и твоей государевой казне в пошлинах потеря будет».
Этого государь допустить не мог. В том же году появился строжайший указ, вновь запрещающий морской ход в Сибирь. Нарушителей ожидала суровая кара. Сколько лютости и скрежета зубовного в словах указа: «И тем людям за то их воровство и за измену быти казненными злыми смертями и домы их велим разорите до основания».
Одно за другим из Москвы поступали распоряжения о сооружении застав и острогов на волоках, в устьях рек, об уничтожении всех навигационных знаков. Эти указания выполнялись не полностью из–за «великого расстояния и свирепости моря».
Товары в Мангазею стали поступать только через Тобольск и Березов, но в Сибири не было ни опытных мореходов, ни судостроителей, караваны систематически гибли в коварной Обской губе и даже в сравнительно безопасной Тазовской.
Шли на дно кочи, перевозившие государеву соболиную казну. В Мангазею, «беспашенный город», живший на привозном хлебе, иногда в течение нескольких лет не могло пройти ни одно судно.
В 1630 году прежним морским путем заинтересовался мангазейский воевода Григорий Кокорев и отправился на разведку к реке Зеленой. Этим воспользовался второй воевода Андрей Палицын (они старались сжить со света друг друга), настрочил челобитную с «изветом» на своего напарника: «Царю, государю и великому князю Михаилу Федоровичу всея Руси и великому государю святейшему патриарху Филарету Никитичу Московскому и всея Руси бьет челом беспомощный холоп ваш Андрюшка Палицын…». Дальше в челобитной сообщалось, что Кокорев «перебежал на другую сторону Мангазейского моря, ниже Зеленые реки был, и не пропустили его мели… И то, государи, знатно, что он, Григорий, по своему воровскому умыслу пробивался к Нарземскому морю и к Карской губе, к большой окианской проливе, да не пропустили его мели большие, и не пропустило ваше государьское крестное целование, послепило его… что в такой безмерной широкой пучине не узнал своей воровской дороги, и то, государи, не явная ли к вам, государям, измена? И нечто, государи, он, Григорий, умысля воровски, хотел, тое заповедную дорогу проискав, и привести тем путем немецких людей и вашей государьскою златокипящею далекою заморскою Мангазейскою землею и иными землями завладеть».
С 1667 года перевозки грузов из Тобольска в Мангазею и обратно через Обскую и Тазовскую губы были полностью прекращены. Мангазейский воевода Данила Наумов в 1672 году перенес свою резиденцию на Енисей, в Туруханское зимовье, которое с 1678 года стало именоваться Новой Мангазеей. Город над рекой Таз опустел. В памяти ненцев он сохранился под названием Тагаревыхард — Разломанный город.