11 ноября 1939 г. Сталин подписал решение заседания Политбюро ЦК (протокол № 98 заседания от 11.11.1939), где, в частности, указывалось: «1) Признать нецелесообразной впредь практику органов НКВД СССР в части арестов служителей Русской православной церкви, преследования верующих. 2) Указание товарища Ульянова (Ленина) от 1 мая 1919 года за № 13666 – 2 “О борьбе с попами и религией” и все соответствующие инструкции ВЧК – ОГПУ – НКВД, касающиеся преследований служителей Русской православной церкви и православноверующих – отменить. 3) НКВД СССР провести ревизию осужденных и арестованных граждан по делам, связанным с богослужительной деятельностью. Освободить из-под стражи и заменить наказание на не связанное с лишением свободы осужденным по указанным мотивам, если деятельность этих граждан не нанесла вреда советской власти». В декабре 1939 г. Сталин потребовал от НКВД СССР отчета о результатах реализации в жизнь этого решения ВКП(б).
В годы Великой Отечественной войны (1941–1945) И.В. Сталин сполна осознал позитивную значимость Церкви для страны. В 1943 г. в Кремле состоялась встреча Сталина с митрополитами Сергием (И.Н. Страгородским), Алексием (С.В. Симанским), Николаем (Б.Д. Ярушевичем), в результате которой в нашей стране возродилось Патриаршество. Русской православной церкви разрешили открывать храмы и духовные учебные заведения, издавать журнал.
В 1970 – 1980-е гг. отношения советского государства и религиозных организаций стали более лояльными, а с конца 1980-х гг. начался ощутимый процесс улучшения взаимоотношений государства и религиозных конфессий. В 1988 г. в церковном и государственном масштабах праздновали 1000-летие Крещения Руси (принятие Православия), в 1989 г. отмечали 400-летие учреждения Патриаршества на Руси, а также 1100-летие официального принятия ислама и 200-летие образования Духовного управления мусульман России. Особенно активизировался процесс нормализации отношений государства и религиозных конфессий с 1990-х годов.
Митрополиты Сергий (Страгородский), Алексий (Симанский), Николай (Ярушевич) в окружении архиереев, прибывших для участия в Архиерейском соборе РПЦ. 1943 г.
Пришло запоздалое осознание того, что поддержка государства со стороны религиозных структур является своего рода гарантом стабильности в стране в целом. Были сняты неразумные ограничения на регистрацию религиозных обществ, которым разрешили заниматься делами благотворительности и милосердия. В 1990 г. был принят закон – «О свободе совести и религиозных объединениях», а в 1997 г. – более совершенный закон «О свободе совести и религиозных объединениях». В 1993 г. первый Президент России Б.Н. Ельцин (1931–2007) подписал распоряжение о начале передачи религиозным организациям культовых зданий и иного ранее принадлежавшего им имущества.
Была проведена большая работа по возвращению Православной церкви и другим религиозным конфессиям, общинам верующих исторической собственности, возродились многие закрытые в советский период храмы и монастыри, построены новые церкви, мечети, синагоги, костёлы, молитвенные дома и другие религиозные центры, разрешено проводить крестные ходы и должным образом отмечать религиозные праздники. Рождество Христово и Светлое Христово Воскресение (Пасха) стали нерабочими днями. Руководители страны и ее регионов почтительно относятся к религиозным традициям России. Большинство администраторов и общественных деятелей теперь открыто подтверждают свою приверженность идеям Православия. Разнообразные социологические обследования показывают, что в наши дни Русская православная церковь – это самая авторитетная организация в России, ей доверяет подавляющее большинство россиян (хотя не все из них регулярно посещают храмы, далеко не все точно и постоянно выполняют православные правила, не сполна еще следуют православным традициям). Православие надежно упрочивает свои позиции в России, помогает подавляющему числу россиян жить. Для православного человека уже только надежда на защиту и помощь Господа Бога делает его сильнее, жизнеспособнее. Сознание того, что все события происходят по воле Божией и по большому счету во благо человека (людей), помогает человеку перенести многое, примиряет верующего с жизненными обстоятельствами, потерями. Православные люди, оценивая события, говорят, «значит, такова воля Божия». В наши дни прежде всего под эгидой Православия собираются и объединяются прогрессивные силы России во имя ее достойного будущего. Православие выступает как мощная созидательная сила, подающая пример другим традиционным для нашей страны религиозным конфессиям к объединению для совместных действий в деле нравственно-духовного оздоровления и развития общества. Многое предстоит еще сделать, чтобы упрочить позиции Православия и других традиционных для России религиозных конфессий в нашей стране.