Удержание контроля над Чечней было гораздо важнее, чем убийство журналистского слепня в Москве.
Не то чтобы Кремль отдавал приказы об убийствах политических оппонентов - по крайней мере, не в первые два срока правления Путина. Ликвидация тех, кого считали предателями, и кто бежал за границу, как Литвиненко и Яндарбиев, - это другое дело. Но дома ответственность Путина была пассивной. Не наказав заказчиков убийства таких людей, как Анна Политковская и Юрий Щекочихин, он позволил сформироваться атмосфере, в которой влиятельные и хорошо связанные люди знали, что им, в буквальном смысле, может сойти с рук убийство, если они того пожелают. С моральной точки зрения он был виновен в этом не меньше, чем если бы сам санкционировал убийства. Вопреки широко распространенному на Западе мнению, это не так. Но результат был тот же.
Та же циничная, прагматичная аргументация защищала высокопоставленных чиновников, замешанных в крупных коррупционных делах.
В ноябре 2005 г. финансист Билл Браудер был объявлен "угрозой национальной безопасности России" и депортирован в Великобританию. Его преступление заключалось в разоблачении коррупции в Газпроме и других государственных предприятиях. Спустя 18 месяцев фонд Браудера Hermitage стал объектом сложной аферы с участием высокопоставленных чиновников МВД и налоговой инспекции, коррумпированных судей и организованной преступной группы, в результате которой было получено 230 млн. долларов США в виде фиктивных налоговых вычетов. Деньги так и не были возвращены, и никто из участников не понес наказания.
Не менее показателен и другой крупный коррупционный скандал второго срока Путина - так называемое дело "Трех китов". Он начался в 2000 году, когда Таможенное управление обвинило одноименную московскую компанию в уклонении от уплаты пошлин на сумму 5 млн. долларов США путем занижения стоимости ввозимой ею итальянской мебели. МВД начало расследование. Но уже через два месяца выяснилось, что одним из спонсоров компании был Евгений Заостровцев, генерал-майор в отставке, который в начале своей карьеры был наставником начальника ФСБ Николая Патрушева. Сын Заостровцева, Юрий, стал первым заместителем Патрушева. Дело было немедленно закрыто, и в течение последующих пяти лет Генеральный прокурор Владимир Устинов и ФСБ прилагали все усилия, чтобы оно не было возобновлено. Первоначальные следователи были уволены и обвинены в злоупотреблении служебным положением. Судье, вынесшему оправдательный приговор, угрожали расправой. Другой судья, рассматривавший то же дело, был отстранен от должности Верховным судом. Был убит ключевой свидетель и еще двое получили огнестрельные ранения. Смерть Юрия Щекочихина, депутата Госдумы, отравленного в 2003 году, также оказалась связана с этим делом. После того как он начал парламентское расследование этого дела, друзья в ФСБ предупредили его, что его жизнь находится в опасности.
В июне 2006 года Устинов был уволен. Его преемник Юрий Чайка возобновил расследование и приказал арестовать главу компании "Три кита" Сергея Зуева и четырех его помощников. Стали ходить слухи, что речь идет не только о неоплаченных пошлинах на мебель, но и об отмывании денег и крупной контрабанде из Китая, которая приносила доход в десятки и сотни раз больший.
Сначала предполагалось, что Путин решил, что дело "Трех китов" стало позорным и не может быть продолжено. На самом деле все оказалось сложнее. Проблема заключалась не столько в коррупции, сколько в расколе, который она вызвала среди ближайших союзников президента в силовых структурах. То, что начиналось как борьба между таможней и МВД, с одной стороны, и прокуратурой и ФСБ - с другой, втянуло в себя и другие фигуры. Расследование Чайки поддержали глава Наркоконтроля Виктор Черкесов, главный телохранитель Путина Виктор Золотов, влиятельный глава ФСО - Федеральной службы охраны численностью 50 тыс. человек - генерал Евгений Муров. Против них выступали Устинов, опала которого оказалась недолгой: через пять недель после увольнения он был назначен министром юстиции; Игорь Сечин, дочь которого Инга была замужем за сыном Устинова, и Николай Патрушев.
Чтобы распутать эти противоречия, Путин настоял на привлечении стороннего прокурора, якобы для того, чтобы, по его словам, "следователи не были связаны с московскими правоохранительными органами", но на самом деле потому, что ему нужно было политическое, а не юридическое решение. Для этого он выбрал бывшего однокурсника по Ленинградскому юридическому факультету Владимира Лоскутова.
Через три месяца было объявлено, что за участие в этом деле уволены 19 высокопоставленных сотрудников ФСБ, в том числе два генерал-полковника и один генерал-лейтенант. Однако, как это часто бывает в России, все оказалось не так, как представлялось. Многие из тех, кого якобы уволили, так и не ушли. В одних случаях Патрушеву удалось их отстоять, в других - их увольнение было фикцией. После этого шеф ФСБ отомстил. Золотова и Мурова, находившихся под личной охраной Путина, он тронуть не смог, а вот Черкесов - другое дело. Сначала Патрушев приказал задержать заместителя Черкесова по Наркомату под предлогом осуществления незаконной прослушки. Затем он начал расследование в отношении нескольких помощников Черкесова. Наконец, в 2008 году сам Черкесов был переведен на менее значимую должность, а через два года и вовсе покинул администрацию.