Его назначение произошло слишком поздно, чтобы как-то повлиять на конфликт с Грузией, но, по крайней мере, теперь реформы начались всерьез. За девять месяцев Сердюков уволил главкомов ВВС и ВМФ, а также нескольких их заместителей. Российский военный обозреватель писал о "конвульсиях, которых в Министерстве обороны не было уже несколько десятилетий". В июне 2008 года был уволен начальник Генерального штаба Юрий Балуевский. Но это было лишь предвестием того, что произойдет после фиаско в Южной Осетии. Осенью того же года Путин утвердил план сокращения более чем в десять раз численности сухопутных войск и вдвое - военно-воздушных и военно-морских сил. Офицерский корпус был сокращен с 355 тыс. до 150 тыс. человек: 220 генералов, 16 тыс. полковников, 74 тыс. майоров и 50 тыс. капитанов, впервые вводилась система подготовки профессиональных сержантов.
В своей обычной манере "хороший царь - плохие бояре" Путин пообещал вмешаться, если "появятся случаи превышения полномочий или всплывет то, что не было запланировано". Но если по политическим причинам он был готов проявить сочувствие к бедам военных, то на практике он и Медведев оказали Сердюкову безоговорочную поддержку. Генералов заставили пройти аттестацию, а офицеров низшего звена - проверку на профпригодность, которую многие из них провалили. Начальник ГРУ, управления военной разведки, и другие высшие генералы в знак протеста подали в отставку.
Сердюков и преемник Балуевского на посту начальника Генерального штаба генерал Николай Макаров, который помогал ему проводить реформы, вызывали всеобщую ненависть.
Кризис наступил в 2010 году, когда на фоне мировой рецессии Сердюкову не удалось убедить Минфин продолжить выделение средств на выплату выходных пособий и других выплат, положенных увольняемым офицерам по закону. 70 тыс. человек, чьи должности должны были быть ликвидированы, получили отсрочку в последний момент.
При этом офицерский состав был сокращен почти на треть. Была упорядочена система закупок. Огромные средства, потраченные на оборону, наконец-то стали приносить современную, функциональную технику, сравнимую с той, что стояла на вооружении западных армий. Сердюков боролся с издевательствами простым, но жестоким способом - увольнением всего командного состава, от генерала до командира, в любом подразделении, где было допущено существенное нарушение. Это был язык, понятный армии. Издевательства не прекратились, но значительно сократились.
К 2011 году командование армии было вынуждено признать, что, что бы оно ни делало, по демографическим соображениям призывная армия невозможна. В любом случае высокотехнологичное оружие требует квалифицированных специалистов, а не пушечного мяса. Генштаб объявил, что переход к полностью профессиональной армии будет продолжаться и что призыв может быть полностью прекращен в 2017 году. Этого не произошло, но с 2012 г. численность вооруженных сил стабилизировалась на уровне 450 тыс. контрактников и 250 тыс. призывников, что с учетом офицерского состава и вспомогательного персонала составило около 1 млн человек. Отчасти это объясняется финансовыми трудностями: контрактники стоят гораздо дороже призывников. Но Путин и другие представители политической элиты также считали, что призыв способствует развитию патриотизма и поддержанию связи между армией и гражданским населением. В западных странах, где призыв был отменен, готовность гражданских лиц сражаться за родину заметно снизилась.
Реакция на грузинскую войну на Западе была вялой. Америка, сидевшая сложа руки во время боевых действий, попыталась компенсировать свое бездействие, предложив Грузии программу гуманитарной и экономической помощи на сумму в один миллиард долларов. Европейский Союз сгладил ситуацию, назвав ее Ангелой Меркель «прекрасным компромиссом. Не бизнес как обычно [с Россией], но давая понять, что мы хотим поддерживать контакты». Самая сильная реакция последовала со стороны поляков, которые, после 18 месяцев колебаний по поводу предоставления передовой базы для американской системы Национальной противоракетной обороны (NMD), теперь с готовностью подписали соглашение.