Кто именно в высших эшелонах власти покровительствовал участникам аферы, так и не было официально установлено, но подозрение пало на самого Путина и его ближайшее окружение. Одним из тех, кто оказался замешанным в этом деле, был заместитель министра внутренних дел Алексей Аничин, курировавший расследование, однокурсник Путина по Ленинградскому юридическому факультету. Впоследствии США ввели против Аничина санкции за его роль. Но в России, выше определенного уровня, безнаказанность была абсолютной. Газета Financial Times написала, что это дело является типичным примером "темной стороны путинизма". Это было преуменьшением.
Именно при Медведеве были выдвинуты новые обвинения - еще более надуманные, чем на первоначальном процессе, - против Михаила Ходорковского и его сокамерника Платона Лебедева, которые должны были выйти на свободу по УДО. Теперь они обвинялись в хищении 350 млн. тонн нефти, что эквивалентно суммарной добыче ЮКОСа в период с 1998 по 2003 год. По окончании рассмотрения дела в декабре 2010 г. оба были приговорены к 14 годам лишения свободы с одновременным отбыванием предыдущих сроков. Один из помощников судьи подтвердил впоследствии, что приговор был вынесен политическими властями.
Ни в том, ни в другом случае Медведев не пытался вмешаться.
Он имел право, как президент, помиловать Ходорковского и Лебедева, чье тюремное заключение было сильным сдерживающим фактором для западных инвестиций в Россию. Но он этого не сделал. Судебный процесс был срежиссирован Сечиным. Путин незадолго до вынесения приговора сказал: «Я считаю, что вор должен сидеть в тюрьме».
Не стал Медведев добиваться и показательного наказания виновных в смерти Магнитского. Дело не в том, что у него не было для этого полномочий. Дело даже не в том, что он находился в плену государственной машины, созданной Путиным. Дело было гораздо глубже. Банкир Михаил Фридман говорил о системе, которая "создавалась сотни лет [и] засела в головах всего общества". Эта система не была полностью заморожена. Но темпы изменений были ледниковыми. Рассчитывать на то, что Медведев сможет внезапно трансформировать ее, как надеялись многие либерально настроенные россияне и администрация Обамы, было просто наивно.
Роль Путина в качестве премьер-министра не означала, что он оставался в тени. Несмотря на то, что большую часть времени он занимался обычными государственными делами, он вносил в них драматизм, который привлекал внимание российской общественности.
На совещании в Нижнем Новгороде в июле 2008 г., через три месяца после вступления в должность главы правительства, он обвинил одну из крупнейших российских горнодобывающих и металлургических компаний "Мечел" в манипулировании ценами на уголь с целью уклонения от уплаты налогов. Генеральный директор компании Игорь Зюзин, упрямый и замкнутый человек, отказался присутствовать на заседании под предлогом недомогания. "Я думаю, ему надо поскорее выздороветь, - грозно сказал Путин, - иначе мы пришлем ему врача". Он попросил Антимонопольную комиссию и прокуратуру найти подходящего врача. На следующий день акции "Мечела" на Нью-Йоркской фондовой бирже потеряли 40% своей стоимости. Компания экспортировала уголь по сильно заниженным ценам в полностью принадлежащее ей швейцарское подразделение, которое затем продавало его в шесть раз дороже на мировом рынке, а полученные доходы переводило в налоговую гавань. Пресечение деятельности "Мечела" ознаменовало начало борьбы с уклонением от уплаты налогов сверхбогатыми российскими компаниями, что в условиях экономического спада было весьма популярным шагом. Это также дало возможность хорошо информированным членам окружения Путина сорвать куш, покупая акции "Мечела" по заниженным ценам. В следующем году настал черед Олега Дерипаски, главы алюминиевого гиганта "Русал", быть униженным перед телекамерами. Дерипаска, женившийся на дочери бывшего главы администрации Ельцина Валентина Юмашева, был на хорошем счету в Кремле. Но в результате экономического спада спрос на цветные металлы резко упал, и он закрыл один из своих заводов в Пикалево, небольшом городке в Ленинградской области. Это был единственный крупный работодатель в регионе, и работники не получали зарплату месяцами. В июне 2009 года несколько сотен уволенных рабочих перекрыли основную трассу, ведущую в Москву, и образовалась пробка длиной более ста километров. По их словам, если правительство не вмешается, они заблокируют и железную дорогу.