Горбачев запоздало признал опасность того, что он называл "националистическими тенденциями", и проблема была обсуждена в ЦК. Но к тому времени джинн уже вырвался из бутылки. В городе Сумгаит, расположенном недалеко от Баку, азербайджанскими бандитами были убиты десятки армян, возможно, до 200 человек. В конце весны того же года в прибалтийских республиках развернулось националистическое движение. Горбачев выступил с идеей перехода к конфедеративному устройству с передачей больших полномочий союзным республикам. В таких странах, как Венгрия и Польша, где стремление сбросить советское иго никогда не было далеко под поверхностью, это было воспринято как "зеленый свет" для продвижения к большей независимости.
Неспособность Горбачева остановить рост национализма была не единственным признаком того, что советская система начала расшатываться.
Взрыв атомной электростанции на Чернобыльской АЭС в апреле 1986 года стал серьезным ударом по советской гордости. Как и подвиг Матиаса Руста, молодого западного немца, который 28 мая 1987 года, за несколько дней до своего девятнадцатилетия, на легком самолете перелетел из Хельсинки в Москву, насмехаясь над советской противовоздушной обороной, и приземлился в районе Красной площади.
Для реформаторов в советском руководстве оба события имели положительную сторону. Первое послужило основанием для прекращения чрезмерной секретности и развития гласности. Второе дало Горбачеву повод для чистки жестких военных, выступавших против перестройки. В июне 1988 г. на XIX партконференции и последующем Пленуме ЦК он пошел дальше, добившись одобрения масштабной программы политических реформ, включающей разделение государственных и партийных органов, проведение конкурентных выборов с участием нескольких кандидатов как на местном уровне, так и на вновь созданном Съезде народных депутатов, который должен был стать высшим органом государственной власти.
Восточногерманским руководителям казалось, что сбываются их худшие опасения. Они еще больше укрепились в своем намерении оказать сопротивление.
Идеологический конфликт между Восточным Берлином и Москвой вскоре почувствовали и в Дрездене. Хорст Бём, молодой генерал, возглавлявший окружной штаб Штази, был жестким сталинистом. Путин, как и другие сотрудники КГБ, имел пропуск, дававший ему неограниченный доступ в штаб-квартиру Штази. Бём постановил, что в будущем все контакты, кроме официальных торжеств по случаю "советско-германской дружбы", должны организовываться через специально назначенного офицера связи Штази. Группа полковника Матвеева оказалась вынуждена организовывать тайные встречи со своей родственной службой, как будто они действовали на враждебной территории, чтобы получить информацию, которая должна была быть общей.
Действия Бёма были вызваны не только идеологическими разногласиями. В 1970-х годах КГБ запустил программу "Луч" (Luch, "Световой луч") для мониторинга общественного мнения и определения степени проникновения западного влияния в восточногерманское общество. Первоначально она была очень маломасштабной. Но по мере ухудшения отношений при Горбачеве она приобрела новое значение. В дрезденском офисе Сергей Чемезов обнаружил, что вынужден регулярно представлять отчеты о настроениях среди членов партии, сотрудников "Штази" и населения в целом, которые сводились воедино с информацией из других окружных офисов специальным подразделением в Карлсхорсте и отправлялись в Москву. Решение о свертывании контактов стало ответом Восточной Германии.
Никто в России в тот момент не ожидал серьезных потрясений. Было очевидно, что между руководством Восточной Германии и народом растет пропасть, но Советский Союз располагал там военными базами, и режим, казалось, был под надежным контролем. Однако вскоре появились признаки фундаментальных перемен, которые, оглядываясь назад, должны были заставить Кремль задуматься.
В ноябре 1988 г. Эстония опубликовала декларацию о суверенитете, в которой утверждалось верховенство эстонских законов над законами Советского Союза и право собственности на землю и природные ресурсы территории. Спустя три недели Горбачев выступил на Генеральной Ассамблее ООН с речью, в которой между строк дал понять, что Москва не будет применять силу для сохранения контроля над своими восточноевропейскими сателлитами. В апреле 1989 г. польское правительство договорилось с главным оппозиционным движением "Солидарность" о проведении свободных выборов, в результате которых было сформировано первое в Польше и Восточной Европе некоммунистическое правительство. В том же месяце появились признаки того, что ситуация в самом Советском Союзе может стать нестабильной. Демонстрация националистов в столице Грузии Тбилиси была жестоко разогнана солдатами, которые избивали собравшихся саперными лопатами, в результате чего сотни человек получили ранения и 19 погибли, большинство из них - женщины.