Городской совет выразил протест, заявив, что Щербаков, как выборное должностное лицо, может быть назначен исполняющим обязанности мэра, а Путин - нет, и его назначение незаконно, что и было сделано. Собчак отмахнулся от этого. В ответ Щербаков выступил с серией едких газетных статей, в которых обвинил Собчака в том, что тот пытается микроуправлять работой администрации, присваивая себе ее успехи и обвиняя своих подчиненных в неудачах.
Линии сражения были очерчены. Но для Путина это уже был триумф. Менее чем за 30 месяцев он прошел путь от скромного чиновника в кабинете проректора Ленинградского университета до исполняющего обязанности главы всего города. Двумя годами ранее он разделался с помощниками Собчака - Валерием Павловым и Юрием Шутовым. Теперь три других потенциальных соперника - Анатолий Чубайс, Георгий Хижа и Сергей Беляев - были удалены в Москву, а статус четвертого, вице-адмирала Щербакова, постепенно снижался. Это было отчасти везением, отчасти тем, что он оказался в нужное время в нужном месте, а отчасти умелым маневрированием. Путин умел сделать себя незаменимым, незаметно позиционируя себя так, что в случае возникновения вакансии он был очевидным и даже единственным кандидатом на ее место. Эта схема будет часто повторяться в его карьере.
В начале 1993 года в Москве разразилась политическая буря. Ельцин находился в состоянии войны с Верховным Советом Съезда народных депутатов России, который отказался утвердить Гайдара на посту премьер-министра и с лета прошлого года систематически блокировал его усилия по проведению реформ. Все началось с того, что оппозиция попыталась использовать недовольство населения "шоковой терапией", но быстро переросло в жестокую борьбу за власть. Председатель Совета Руслан Хасбулатов, профессор экономики из Чечни, обладавший талантом политического интригана, был полон решимости вернуть Ельцину полномочия, которыми его наделил съезд в эйфории независимости России в 1991 году. Ельцин был так же решительно настроен не отдавать их.
В марте его вице-президент Александр Руцкой, усатый генерал ВВС и орденоносный ветеран афганской войны, переметнулся на сторону Хасбулатова, и Ельцин едва устоял перед попыткой импичмента. Гайдар считал, что страна движется к гражданской войне.
В Санкт-Петербурге разыгрывался тот же сценарий в меньшем масштабе. Появление напрямую избранного мэра ничего не решило. Петросовет по-прежнему враждовал с мэрией. Каждый хотел иметь последнее слово в вопросах приватизации недвижимости и притока иностранного капитала, поскольку речь шла о больших суммах и возможностях обогащения. Путин, возможно, и получил контроль над внешнеполитическими структурами в мэрии, но Петросовет продолжал делать все, что ему заблагорассудится. Его председатель Александр Беляев заявил новому генеральному консулу Франции Ролану Блатману, что если иностранные инвесторы хотят одобрить свои проекты, то недостаточно получить согласие Путина. Они должны убедиться, что их проекты одобрены и Комиссией по международным делам Петросовета. Блатманн возразил, что иностранным бизнесменам и так приходится тратить много времени на хождение по различным комиссиям в мэрии. Если же им придется делать то же самое в городской думе, то они могут вообще отказаться от этой затеи. Беляева это не беспокоило. По его словам, Петросовет призван контролировать работу мэра, и он намерен это делать.
В Москве после лета, проведенного в препирательствах по поводу предложений о новой конституции, Ельцин нехотя принял решение действовать.
21 сентября он объявил о роспуске Верховного Совета и Съезда народных депутатов и назначил новые выборы на декабрь. Это решение, как он признал позже, было незаконным. Но выбора не было. Альтернативой, по его словам, был "распад российского государства, [и] хаос в стране, обладающей огромным арсеналом ядерного оружия".
В тот же вечер Съезд народных депутатов, собравшийся на экстренное заседание в Белом доме, проголосовал за отставку Ельцина и назначение вместо него президентом Руцкого.
В Санкт-Петербурге Собчак, городская администрация, профсоюзы и командование военного округа заявили о своей поддержке Ельцина. В Петросовете произошел раскол: радикально настроенные депутаты заявили о незаконности роспуска, другие - о равной вине Ельцина и Верховного Совета, третьи поддержали Собчака. Щербаков выступил по телевидению и обвинил Собчака и Ельцина в том, что они ведут себя как диктаторы - следующим шагом, по его словам, будет гражданская война. Собчак запретил ему появляться в Смольном, а его кабинет был опечатан и взят под вооруженную охрану.