По его словам, когда он высказал свои опасения Путину, заместитель мэра «ничего не сказал. Но он посмотрел на меня знающим взглядом. Конечно, посмотрел... Эти вещи были вокруг него все время».
Ни один из заместителей Собчака не мог бы выполнять свою работу без каналов связи с организованной преступностью. Путин был особенно тесно вовлечен в этот процесс, поскольку отвечал за безопасность в городе. По словам Дмитрия Запольского, который в то время был депутатом Законодательного собрания, политика мэрии заключалась в том, чтобы сохранить баланс между ведущими группировками и не допустить доминирования ни одной из них. С этой целью Путин добился оправдания Владимира Малышева, главаря второй по величине банды Санкт-Петербурга, судимого за организацию преступного сообщества. По замыслу, Малышев должен был стать сдерживающим фактором для конкурирующей тамбовской группировки, возглавляемой Владимиром Кумариным, прозванным Ночным губернатором за то, что он управлял городом с наступлением темноты. Судья выполнил просьбу, освободив Малышева на том оригинальном и технически неоспоримом основании, что по российскому законодательству того времени организация преступного сообщества не являлась преступлением.
В итоге это ничего не изменило: тамбовская банда осталась неоспоримой, а поскольку управлять Петербургом без договоренности хотя бы с одной из основных преступных группировок было невозможно, то вскоре мэрия установила привилегированные отношения с Кумариным. Тамбовские считались меньшим злом, чем Казанские, особо жестокая банда из Поволжья. Группировка Малышева находилась в упадке, а чеченцы были сами себе законом.
Если у иностранного бизнесмена возникали трудности с российскими преступниками, консульства обращались за помощью к Путину.
Джон Эванс, генеральный консул США, сменивший на этом посту Джека Госнелла, вспоминал, как в 1995 г. он просил вмешаться в ситуацию, когда российский партнер по совместному предприятию с американской компанией Subway, производящей сэндвичи, вытеснил американского менеджера, присвоил себе прибыль и переименовал франшизу в "Минутку".
Путин сказал ему, что сначала проверит условия контракта, что навело Эванса на мысль о том, что он попытается разрешить конфликт в судебном порядке. На самом деле он поступил совсем иначе. Российский партнер Subway Вадим Бордюг, как утверждалось в то время, был связан с тамбовской бандой, которая обеспечивала надежную защиту многих предприятий города. Начальник отдела совместных предприятий ФРЦ Альберт Степанов, имевший хорошие контакты с тамбовской группировкой, был направлен на встречу с ним и попытался разобраться в сложившейся ситуации. Бордюг отказался отступать. Когда стало ясно, что мэрия не имеет возможности или не хочет тратить политический капитал, чтобы заставить его сделать это, спор был передан в арбитраж в Стокгольме. В 1997 году шведский суд присудил Subway 1,2 млн. долларов США в качестве компенсации ущерба и убытков. Бордюг отказался платить. Через пять лет, после длительной судебной тяжбы, в ходе которой "Минутка" еще пять раз меняла свое название, Комитету по управлению городским имуществом удалось добиться расторжения договора аренды ресторана. Наконец, в апреле 2003 г. Верховный суд РФ вынес решение в пользу Subway, и "Бордюг" был выселен.
Он так и не вернул деньги и не возместил ущерб, присужденный арбитражным судом. Но Subway была удовлетворена. Они вернули себе свою собственность - первоклассный участок на Невском проспекте, а их франшиза была распространена на всю Россию.
Подобные случаи в России 1990-х годов стоили две копейки. Необычным в данном случае было лишь то, что Subway в итоге одержала верх.
Махинации работали в обе стороны. В 1994 году мэрия перечислила 4,5 млн. долл. в качестве аванса финской строительной компании "Хака". Через два дня после получения денег компания объявила о своем банкротстве. 'Неужели они не знали? воскликнул Путин. В другом случае швейцарско-израильский предприниматель Барух Раппапорт, чье имя было связано с различными махинациями - от "иранско-контрасского дела" до сделок с оружием для Медельинского картеля, - выманил у мэрии миллионы долларов, отказавшись от контракта на оборудование контейнерного порта в Санкт-Петербурге. Позже выяснилось, что Раппапорт совершил аналогичные аферы в Одессе и Владивостоке.