Как пишет В. Прибыловский («Кооператив „Озеро“»), 10 января 1992 г. по решению 13-й сессии Петросовета была создана специальная депутатская Рабочая группа по расследованию деятельности КВС во главе с Мариной Салье (председателем комитета Петросовета по продовольствию) и Юрием Гладковым.
М. Салье вспоминает, что сырье, в т. ч. содержащее редкоземельные элементы, продавалось с разрешения КВС за границу «по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных».
Рабочая группа М. Салье рекомендовала мэру отстранить В. Путина от занимаемой должности и передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное управление Администрации президента.
Прокуратура криминала в деятельности В. Путина не усмотрела, хотя прокурор города Владимир Еременко и направил А. Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС П. Авен также не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Тем не менее заместитель В. Путина А. Аникин был вынужден оставить свой пост, а часть заключенных под эгидой В. Путина сделок была расторгнута.
В качестве председателя КВС В. Путин лично курировал создание в 1992 году Петербургской валютной биржи, подписание в 1992 году договора о консультировании мэрии крупной международной аудиторской фирмой KPMG, инвестиционного проекта по организацию производства в Санкт-Петербурге «Кока-колы».
Способствовал приходу в город ряда немецких компаний – в частности, при его содействии был открыт BNP-Drezdner Bank (Rossija) – один из первых иностранных банков на территории России.
В 1992 году во главе городской делегации В. Путин посетил Франкфурт-на-Майне, где он и другой член делегации, Владимир Смирнов (коммерческий партнер «авторитетного» петербургского бизнесмена Владимира Кумарина-Барсукова), убедили группу франкфуртских инвесторов создать немецкую компанию «S. Peterburg Immobilien und Beteilgungen Aktiengesellshaft» (известную также как SPAG), которая через посредство дочерних российско-немецких компаний занялась бы инвестированием в петербургскую недвижимость. Четыре чиновника петербургской мэрии, в том числе В. Путин, вошли в состав наблюдательного совета SPAG; Путин был заместителем председателя наблюдательного совета.
Фирму SPAG возглавил гражданин Лихтенштейна Рудольф Риттер, рассказывает В. Прибыловский, а петербургское АО «Знаменская», гендиректором которого был В. Смирнов (а членом правления – В. Кумарин-Барсуков), стало петербургским филиалом SPAG’a. 200 акций SPAG’a получила в собственность мэрия, от имени которой В. Путин передал их в управление В. Смирнову (Newsweek. 2001. 3 сент.). В 1999 году фирма SPAG именно в связи с причастностью к ней нового российского премьера В. Путина подверглась проверке со стороны германской Федеральной разведывательной службы BND. По результатам проверки BND обвинила Р. Риттера в том, что он занимался отмыванием денег как для российских криминальных группировок, так и для колумбийских наркоторговцев – кокаинового картеля Кали. В мае 2000 г. Риттер был арестован в столице Лихтенштейна Вадуце, а летом 2001 г. ему были официально предъявлены эти обвинения (La Repubblica. 2001. 13июля; Newsweek. 2001. 3 сент.).
Внештатным советником фирмы SPAG В. Путин формально оставался до марта 2000 года (Le Monde. 2000. 25 июня, со ссылкой на директора фирмы Маркуса Резе).
В начале 1992 года В. Путин был назначен заместителем мэра Санкт-Петербурга с сохранением за ним поста председателя КВС.
Во время событий в сентябре – начале октября 1993 г. по поручению А. Собчака организовывал переброску в Москву полка спецназа, который участвовал в блокировании Белого дома, зачистке от сторонников парламента мэрии и гостиницы «Мир» (ЛГ. 2000. 23–29 фев. № 8 (5778)).
Начиная со второй половины 1993 года во время частых отъездов за границу А. Собчак стал оставлять вместо себя «на хозяйстве» именно В. Путина. Кроме Комитета по внешним связям, ему была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам.
В марте 1994 г. А. Собчак создал в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга – председателем КВС был назначен В. Путин (позже в том же году название должности было изменено: первый заместитель мэра г. Санкт-Петербурга – председатель КВС).
В марте-апреле 1994 года курировал от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам Городского (Законодательного) собрания и создание подконтрольного мэрии блока «Весь Петербург» («блок Сергея Беляева»). Расставив своих кандидатов почти по всем округам, блок «Весь Петербург» получил только 4 мандата из 24 (2-е место после оппозиционного мэрии «прояблочного» блока «Любимый город», получившего 5 мандатов); из-за низкой явки избирателей еще в 26 округах выборы были признаны недействительными.