С прибытием Макарова в Порт-Артур воспряли все духом: в гавани принялись за постройку кессонов, а на судах готовились к бою, так как Макаров решил при первой возможности дать сражение японскому флоту. Спустя две недели он это сделал, вступив в бой с флотом адмирала Того, заманивая его под выстрелы крепости. Но японский флот уклонился от боя и скрылся из вида Порт-Артура.
31 марта японский флот опять подошел к Артуру. Макаров быстро снялся с якоря и со всей эскадрой двинулся за ним, но спустя несколько минут головной корабль «Петропавловск» попал на японскую мину и после ужасного взрыва опрокинулся днищем кверху (работая винтами). Погибли адмиралы Макаров, Молас, художник В.В. Верещагин, 30 офицеров и 652 матроса. Со всех судов эскадры были спущены шлюпки, которые спасали плавающих людей. Спасены были 7 офицеров, в том числе командир Н. Яковлев и Вел. Кн. Кирилл Владимирович. Через 17 минут опрокинутый корабль погрузился на дно. Тела адмиралов Макарова, Моласа и Верещагина не всплыли и не были найдены. После взрыва «Петропавловска» флот адмирала Того удалился из вида, а наша эскадра вернулась на якорь. Порт-Артур теперь был в полном унынии, а вся Россия погрузилась в траур. В морских кругах все предчувствовали, что теперь война проиграна.
В Артуре вместо Макарова был временно назначен контр-адмирал Витгефт, а младшим флагманом контр-адмирал А.П. Ухтомский. Наш флот до конца июля прятался в гавани; подбитые суда исправлялись в Макаровских кессонах. В море выходили лишь отдельные суда, заградители «Амур» и «Енисей» в различных местах ставили мины; «Амур» удачно набросал мин в районе крейсерства японской эскадры, следствием чего два лучших корабля адмирала Того были взорваны. Но «Енисей», наоборот, наскочил на собственную мину и взорвался. Командир его в отчаянии убил себя выстрелом из револьвера, бросаясь в воду. В это время, с ранней весны до поздней осени, в Петербурге и Кронштадте шли спешные работы по достройке новых судов (броненосцы — 4 больших, 2 крейсера, и 2 истребителя, и 8 эскадренных миноносцев) и перевооружению старых для скорейшей отправки их на Восток в помощь ослабленной там эскадре. День и ночь по кронштадским гаваням разносился беспрерывный стук молотов.
Командир крейсера «Герцог Эдинбургский» капитан 1 ранга Г.Ф. Цывинский
Командовать этой эскадрой был назначен адмирал Рожественский с младшими флагманами: Фелькерзамом, Небогатовым, Энквистом и Добротворским. Порт-Артурские потери, и в особенности катастрофа с Макаровым, вызвали в петербургском обществе тревогу и страх за исход морской войны с Японией. Два морских писателя Кладо и «Брут»(полковник морской артиллерии Алексеев, уволенный из флота за строптивость в печати и какие-то неблаговидные дела) возбудили в газетных статьях вопрос о том, что для успеха морской экспедиции готовящихся судов (14 больших и 8 миноносцев) недостаточно и что к ним надо прибавить все старые суда и даже броненосцы береговой обороны «Адмирал Апраксин», «Ушаков», «Сенявин» и крейсера «Донской» и «Мономах».
Газеты, не имея понятия о типе и боевых качествах этих судов, а равно и не знакомые вовсе с основами морской тактики и стратегии, подхватили проект морских писателей и пошли травить Морское ведомство, обвиняя его в косности и рутинерстве. Напрасно Морской Генеральный Штаб возражал, что старые тихоходы будут только тормозить и стеснять эскадру. Поднялась жестокая полемика; общество приняло сторону горячих борзописцев, и Морское ведомство уступило и стало готовить и эти суда. Кладо был уволен в отставку за строптивость, но общество, возмущенное этим, собрало подписку и поднесло ему почетный золотой кортик, а «Брут» был принят постоянным сотрудником в редакцию «Новое Время».