В музее Валлетты туристов удивляют толстые, безголовые, с крошечными руками и ногами статуэтки, которые были найдены с амфорами и лампами в могилах и подземельях города Паола. Местные изделия из слоновой кости, которые и сегодня предлагают туристам, несут на себе отпечаток какой-то загадочной цивилизации. В ледниковый период африканский слон населял не только хорошо обводненную территорию Сахары, но и некоторые острова Средиземного моря, в том числе и Мальту. Слоновая кость с самых ранних времен считалась ценным и дорогим товаром. Не только в Древнем Египте, но и в знаменитой Трое, датируемой примерно 3000 годом до нашей эры, а также на Крите были широко распространены украшения и мелкие изделия из слоновой кости. В поэмах Гомера встречаются свидетельства того, как популярен был этот материал, ценившийся наравне с золотом.
Ни один местный гид не может перевести слов, которыми отзывается эхо в храме времен неолита в Хаджар-Им на острове Мальта, или рассказать, какие гиганты возвели каменные стены Гджантии на острове Гоцо. Сохранились развалины этих сооружений, которые подтверждают, что в IV тысячелетии до нашей эры на Мальту пришел с материка неизвестный народ с высокой культурой, создавший на острове строения, следы которых сохранились до наших дней.
На северном побережье Мальты есть бухта Св. Павла, который в 58 году вступил на каменистую землю острова. По библейскому преданию (Деяния Святых Апостолов, гл. 27–28), корабль, на котором везли в Рим к кесарю апостола Павла, разбился о скалы у берегов острова Мелит, или Мелита (Мальта). Все люди, бывшие на корабле, «спаслись на землю». Жители острова оказали потерпевшим «не малое человеколюбие: ибо они по причине бывшего дождя и холода разложили огонь и приняли всех» спасшихся. Павел собрал много хвороста и кинул его в огонь. «…Тогда ехидна, вышедши от жара, повисла на руке его… Но он, стряхнув змею в огонь, не потерпел никакого вреда». Три месяца апостол Павел жил в гроте на острове, проповедуя христианство и исцеляя больных, после чего он отправился в Рим. По представлению христиан, этот грот считается священным, так как его камни якобы помогают исцелению от всех болезней.
Арабы захватили Мальту в 870 году, переправившись сюда с острова Сицилия, лежащего всего в 100 километрах от архипелага. Население Мальты оказало неприятелю вооруженное сопротивление: на острове обнаружены разрушенные здания и захоронения, относящиеся к периоду арабского наступления. Такая реакция мальтийцев, исповедовавших христианство, вполне объяснима. Но вскоре местное население, по-видимому, смирилось с арабским господством и восприняло язык завоевателей, причем настолько глубоко, что мальтийский язык сегодня представляет собой смесь арабского, итальянского и английского, причем арабский компонент является доминирующим. Такое развитие языка нельзя считать случайным. Большая часть местного населения в этническом отношении была потомками финикийцев и говорила на пуническом диалекте финикийского языка, распространенном на территории Карфагена. Мальтийские пунийцы были довольно активными в рамках этого государства и основали в 40 километрах к северу от современного тунисского города Сфакс свое поселение с форумом, портом, амфитеатром и жилыми домами, украшенными богатой мозаикой. Это место именовалось Ахолла, а ныне называется Рас-Бутрия.
Арабы принесли с собой не только ислам, который не был принят населением Мальты, и арабский язык, отношение к которому было более благосклонным, но и ряд новых культурных растений и технических новшеств. Советский востоковед Ю. Н. Завадовский считает, что арабы познакомили Европу через Сицилию и Испанию с культурой многих фруктовых деревьев и цветов, которые были завезены или выведены арабами. К их числу он относит финиковую пальму, абрикосовое, лимонное и апельсиновое деревья, артишок, баклажан, шпинат, эстрагон, арбуз, а также жасмин и розу. На Мальту арабы завезли водоподъемное сооружение, приводимое в движение животным. Здесь можно добавить, что одной из географических особенностей островов являются часто довольно глубокие долины, на склонах которых размещались все населенные пункты. На Мальте эти долины называются «вайед» (араб., «вади»), и именно в них чаще всего сооружаются такие водоподъемные колеса.
Под мусульманским владычеством Мальта находилась до 1090 года, когда норманнский завоеватель Сицилии граф Рожер высадился на архипелаге. С первой попытки норманнам не удалось подавить сопротивление мусульман, и в 1127 году на Мальту вновь прибывают норманнские войска под предводительством унаследовавшего у отца в 1101 году сицилийский престол Рожера II, который усмиряет восставших и налагает на них тяжелую контрибуцию. Но искоренить ислам так быстро не удалось, и архиепископ Страсбурга, посетивший Мальту в 1175 году, с раздражением писал, что все острова населены мусульманами. Присоединенные норманнами к Сицилии, мальтийцы начинают учиться говорить по-итальянски, не ведая еще о тех событиях, которые перевернут историю их архипелага.
После первого крестового похода, в 1113 году, по указанию папы Паскаля II в христианских владениях в Палестине был создан духовно-рыцарский орден св. Иоанна. Организованный для оказания медицинской помощи паломникам, прибывшим в Иерусалим, орден постепенно становится мощной военной организацией, а среди его активных членов — рыцарей-иоаннитов (или госпитальеров) оказывается немало представителей самых родовитых дворянских фамилий Франции, Германии, Италии, Англии и других стран Европы. В 1291 году крестоносцы потерпели поражение от мусульман и потеряли все свои владения в Палестине. После почти 20-летних скитаний (какое-то время они провели на Кипре) иоанниты в 1307 году подступили к острову Родос в Эгейском море и через два года захватили его у византийцев. Обосновавшись на острове, они стали называться родосскими братьями. Однако турки-османы, покорившие Византию, вытеснили их и с этого острова, который родосские братья окончательно оставили 1 января 1523 года.
Иоанниты вновь оказались без земли, но тут император Священной Римской империи Карл V с подсказки римского папы Климента VIII дарит им Мальту. Этот дар — иссушенный солнцем, безводный, населенный в основном бедными рыбаками и крестьянами остров — был похож скорее на милостыню, чем на роскошное, достойное императора подношение. Оно вызвало неприкрытое раздражение у высокородных рыцарей, а также у местных жителей, которых, разумеется, тоже никто не спрашивал. Мальтийцы с большим недоверием отнеслись к появлению рыцарей, которые основали свою штаб-квартиру в Биргу, на берегу Большой гавани, напротив нынешней Валлетты, куда в 1571 году была перенесена столица острова. Особенно недовольна была мальтийская аристократия, опасавшаяся за свои привилегии. Она вела свое происхождение от финикийцев и проживала в основном в Мдине — древней столице Мальты, расположенной в глубине острова. Обиженная невниманием римского папы, мальтийская аристократия отказалась от сотрудничества с непрошеными гостями-рыцарями.
Раздражение рыцарей тоже было вполне объяснимо. Высокородные иоанниты (чтобы стать членом ордена, французу, например, требовалось иметь 8 поколений дворянства, а немцу —16 поколений, причем в члены ордена не принимались внебрачные дети даже королевской крови) рассматривали Мальту как временное пристанище и открыто требовали передачи им города Сиракузы на острове Сицилия. Поэтому окончательно вопрос о передаче Мальты ордену Св. Иоанна был решен лишь в конце 1529 года, и в 1530 году здесь появились первые рыцари.
Орден иоаннитов был самостоятельной военно-политической организацией, глава которой — Великий магистр (гроссмейстер) — избирался пожизненно на общем собрании рыцарей. Великий магистр и Совет рыцарей при нем вырабатывали политику ордена и способы ее реализации. Иоанниты были выходцами из различных стран Европы, говорили на разных языках и се пились в отдельных обителях. 26 октября 1530 года, когда рыцари высадились на Мальте, среди них были представители Испании (Арагона и Кастилии), Франции (Оверни и Прованса), Англии, Германии и Италии. На первых порах члены ордена «делились по нациям или языкам». Английская обитель иоаннитов вскоре после приезда рыцарей на остров перестала существовать: английский король Генрих VIII, порвав с Римом, отказал обители в финансовой помощи, что привело к ее роспуску. Однако на Мальте появились рыцари из Баварии, и первоначальное число обителей продолжало существовать еще очень долгое время.