«SIS» была реорганизована в Направление безопасности связи «SSB» (англ. Signal Security Branch). В её состав вошли батальон радиоразведки, школа радиоразведки и криптологии и 4 секции, имевшие литерные обозначения: «А» — административная, «В» — радиоразведки и криптоанализа, «С» — безопасности связи и криптографии, «D» — тайнописи. С целью координации деятельности полевых постов радиоперехвата в составе «SSB» была сформирована секция «Е», а в декабре 1942 году — секция «F», основным назначением которой стала организация работ по созданию новой шифровальной аппаратуры для Армии США.
Основными «поставщиками» материалов радиоперехвата для криптоаналитиков Арлингтон-Холла были подразделения Второго батальона радиоразведки, созданного 2 апреля 1942 года в результате увеличения численности и изменения структуры Второй роты. При участии личного состава батальона в сентябре того же года был создан новый стационарный пост радиоперехвата в Винт Хилл Фармс (штат Вирджиния), а немного позже — еще 2 поста, в штате Калифорния и на Аляске. В период Второй Мировой войны численность батальона существенно возросла и одно время достигала около 5 тысяч человек.
В 1942 году военно-морская радиоразведка «Op-20-G» была реорганизована, на базе которой была создана Организация разведки коммуникаций ВМФ «CIO» (англ. Communications Intelligence Organization) под руководством капитана 3-го ранга Саффорда, ставшая центром спецслужб ВМФ.
Она должна была разрабатывать военно-морские шифры, перехватывать проводные и радиосообщения, пеленговать радиостанции и осуществлять криптоанализ шифров противника. Часть отмеченных функций предусматривалось выполнять только в случае ведения армией боевых действий.
Деятельность «CIO» распределялась между подразделениями в Вашингтоне, на Гавайях и Филиппинах. Филиппинское подразделение размещалось в тоннеле крепости Корехидор и было оснащено 26 радиоприёмниками, аппаратурой для перехвата передачи данных и автоматического производства схем и таблиц. Из 700 офицеров и рядовых военно-морских учреждений радиоразведки 2 трети были заняты перехватом сообщений и только одна треть — криптоанализом и переводами.
Саффорд распределил свой персонал таким образом: в Пёрл-Харборе служили наилучшие офицеры, большинство из которых имели по четыре-пять лет опыта радиоразведки; команда в Корехидоре имела всего 3 или 4 года опыта; в Вашингтоне отвечали за общее наблюдение и учёбу — здесь служили самые опытные со стажем более 10 лет. Но до 90 % сотрудников не имели и годового опыта.
Саффорд разделил «CIO» на 3 секции. Руководитель 1-й, капитан второго ранга Джордж Уэлкер занимался радиоперехватом и пеленгацией, 2-й — Ли Парк — криптоанализом, 3-й — Крамер — переводом и рассылкой материалов. Самой первой задачей подразделений было добывание материалов для обработки его криптоаналитиками.
К середине Второй Мировой войны подразделения батальона находились на территории США, Аляски, Алеутских и Гавайских островов, а также в Австралии, Индии и Африке. Посты радиоразведки, находившиеся за рубежом, входили в состав войск связи соответствующих армейских командований. Отдельные подразделения батальона, например посты, расположенные в Беллмори (остров Лонг-Айленд) и Тарзани (штат Калифорния), использовались только для радиоконтроля за работой армейских радиостанций на территории США и в ведение радиоразведки не входили.
В марте 1943 года «SSB» стала называться Службой безопасности связи «SSS» (англ. Signal Security Service). В июле того же года после соответствующего увеличения численности личного состава все секции были переименованы в отделы, а Служба преобразована в Агентство безопасности связи «SSA» (англ. Signal Security Agency) Армии США.
В течение всей войны наиболее численным среди подразделений Агентства был отдел «В» (радиоразведки и криптоанализа). Разведданные, подготовленные специалистами отдела на основании анализа перехваченных открытых и зашифрованных радиосообщений противника, направлялись в Управление военной разведки для их последующей оценки и использования. Высокая ценность докладываемых данных была обусловлена тем, что за годы войны американским криптоаналитикам удалось раскрыть много кодов и шифров противника: в 1942 году ими был разгадан шифр ВМФ Японии, а в 1943 — армейские японские шифры.