Большое значение для понимания природы строматолитов и роли бактерий в постройках последних имеет изучение сообществ организмов в современных газогидротермах. Эти сообщества рассматриваются как персистентные, хоть и с существенными ограничениями. Заслуживает внимания сравнительное исследование древнейших ископаемых микрофоссилий и микроорганизмов из водорослево-бактериальных пленок термальных источников, в том числе таких явлений, как посмертные изменения цианобактерий и окремнение современных организмов.
Едва ли не самой перспективной группой для изучения древнего органического мира и для биостратиграфии протерозоя в целом являются акритархи. Это собирательное название применяется для разных групп микрофоссилий недостаточно ясной природы. Им охватываются в первую очередь целостные одноклеточные и агрегатные микроорганизмы, обладающие необычайно стойкой неминерализованной наружной оболочкой, и дисперсные остатки спор и грибов, имеющие покровные образования того же типа. Несомненно, в состав акритарх входят и цианобактерий - вероятно, одна из наиболее древних групп.
Одним из труднейших палеоальгологических вопросов в изучении древнейших микрофоссилий является вопрос об их систематической принадлежности. В палеонтологии пока не удается использовать такой признак высшего таксономического значения, как состав пигментов, поэтому приходится опираться на косвенные суждения, вытекающие из некоторых морфологических признаков, которые далеко не всегда надежны. Обычно более определенны заключения о синезеленых водорослях в целом, хотя общеизвестна их поразительная морфологическая изменчивость на протяжении жизненного цикла и в зависимости от условий среды и характера симбиоза. Что же касается пиррофитовых, красных, зеленых и некоторых других отделов водорослей, то хотя их существование в докембрии не вызывает сомнений, конкретные определения, особенно фитопланктона, практически всегда затруднены. Поэтому чаще всего приходится говорить о морфологических группах - различных сфероморфных, филаментарных, и пр.
Сложность биологической интерпретации докембрийских микрофоссилий состоит и в том, что палеоальгологи, если они вообще ищут аналогов среди представителей современного фитопланктона, обращаются прежде всего к атласам или к изучению микроорганизмов, в то время как микрофоссилий следовало бы сравнивать не с живыми, а с погибшими организмами. Изменения, которые претерпевают многие микроорганизмы после гибели, в большинстве случаев существенно влияют на их облик, причем настолько, что идентифицировать их часто бывает невозможно. Отсюда вытекают крайне необходимые для палеоальгологов работы актуопалеонтологического характера, в частности изучение (в том числе экспериментальное) постмортальных изменений представителей разных групп микромира в различных условиях.
Наиболее древней группой акритарх являются сфероморфиды, Они встречаются в осадочных толщах с возрастом 3,3 млн. лет, а возможно, и более древних. Диаметр их обычно не превышает 30 мкм, хотя для современных прокариот верхний предел не превышает 20 - 23 мкм. На протяжении нижнего протерозоя наблюдается постепенное увеличение численности и морфологического разнообразия сфероморфид. Расцвет этой группы приходится на средний и поздний рифей. В рифее отмечается массовое развитие одноклеточных колониальных водорослей, скопления которых извлекаются из пород в больших количествах. С верхнего рифея появляются многие морфологические группы акритарх. Однако наибольшего обилия и разнообразия они достигают в нижнем кембрии. Так, к настоящему времени на территории Восточно-Европейской платформы установлено более 100 видов кембрийских акритарх, которые служат надежной основой детального расчленения и корреляции вмещающих отложений.