Это подчинение ознаменовало конец целой эпохи. Более четырех веков герцоги неаполитанские прокладывали свой курс среди опасных проливов и мелей южноитальянской политики. Много раз они рисковали пойти ко дну; иногда пизанцы или другие временные союзники брали их на буксир. Хотя формально они шли под византийскими цветами, им случалось в недавние годы поднимать на мачту другие флаги – например, Западной империи или тех же нормандцев. И все же их корабль как-то умудрялся держаться на плаву. Но далее это было невозможно. Неаполь претерпел за девять лет три осады и опустошительный голод в придачу. Последний герцог умер, квазиреспубликанское правительство, которое наследовало ему, потерпело неудачу. Величие и слава ушли. Когда через несколько дней юный герцог Рожер вошел в город, чтобы официально принять его во владение от имени отца, он принял его не как отдельный фьеф, но как часть Сицилийского королевства. Корабль в конце концов потонул.
Оставались два очага сопротивления, которые следовало погасить: окрестности Трои, где все еще сеял смуту арьергард немецкой армии, оставленной Лотарем, и Бари, где обосновались последние мятежные бароны. В первую неделю августа король появился над Троей. Город сдался сразу; после капитуляции папы не имело смысла продолжать борьбу, и горожане, ободренные слухами о милосердии, которое Рожер проявил по отношению к жителям прибрежных городов Апулии, пригласили его войти с миром. Но теперь король впервые обнаружил, насколько глубоко он переживал предательство своего зятя. Он отправил послов назад, заявив, что не примет сдачу Трои, пока тело Райнульфа погребено в ее стенах. Его слова ужаснули горожан, но дух Трои был сломлен. У людей не было другого выхода, кроме как подчиниться. Четырем рыцарям, руководимым одним из старых соратников Райнульфа, поручили вскрыть его могилу. Тело выкопали, затем его по приказу короля пронесли в саване по улицам к цитадели и в итоге бросили в зловонную канаву за воротами. Вскоре Рожер, кажется, раскаялся в этом бесчеловечном поступке и по настоянию сына разрешил перезахоронить, как подобает, своего старого врага; но, хотя он не предпринял более никаких действий против Трои, он отказался туда войти. В оставшиеся пятнадцать лет жизни он там не бывал.
Все еще горя жаждой мести, король грозно проследовал через Трани – которому его сын предоставил великодушные условия сдачи за несколько месяцев до того – к Бари. Ни один город в Апулии не обманывал его так часто, а его упорное нежелание подчиняться, невзирая на капитуляцию всех его соседей, проявленное по отношению к нему милосердие, привело к тому, что Рожер потерял терпение. После двух месяцев осады под угрозой голода защитники запросили мира. Рожер, стремившийся любым способом покончить с мятежом и вернуться на Сицилию, принял их условия: город не отдадут на разграбление, а пленники с обеих сторон будут отпущены невредимыми. Но когда он оказался в стенах города, желание мстить вновь вспыхнуло в нем с неодолимой силой. Один из его рыцарей, только что выпущенный из плена, сообщил, что ему в тюрьме выбили глаз. Это был предлог, который Рожер искал. Не являлось ли это нарушением заключенного соглашения? Судьи, призванные из Трои и Трани, вместе с судьями из Бари объявили договор недействительным. Мятежного князя Джаквинта вместе с его главными советниками доставили к королю. Все были повешены. Еще десятерых важных горожан ослепили, других бросили в темницу, отняв у них всю их собственность. «И такой ужас воцарился в городе, – пишет Фалько, – что ни один мужчина и ни одна женщина не дерзали выйти на улицу или на площадь».
Даже по возвращении в Салерно гнев короля не утих. Некоторые из кампанских вассалов, которые уже поздравляли себя с тем, что легко отделались, неожиданно обнаружили, что их земли и имущество конфискованы. Некоторые оказались в темнице, а большинство отправились в изгнание «за горы». Когда 5 ноября Рожер отплыл на Сицилию, его провожали запуганные и покорные бароны.
1139 г. был самым победоносным годом царствования Рожера. В этом году умер его главный враг Райнульф, прекратили свое существование мелкие династии Неаполя и Бари; был сокрушен Роберт Капуанский, который, хотя и провел остаток жизни интригуя против короля, никогда более не представлял серьезной опасности для Сицилийского королевства. В тот же год Рожер одержал самую знаменательную за целое столетие победу на материке, смыв позор Риньяно. В королевстве южной Италии воцарился мир, бароны и города полностью подчинились королевской воле, и последние германские имперские захватчики погибли или покинули эти земли. Наконец состоялось примирение между королевством и папством, и законный, неоспоримый папа признал сицилийскую монархию. Сам Рожер проявил мужество, дипломатичность, государственную мудрость и – если не считать самого конца – милосердие; хотя в проявлении этой последней добродетели Рожер отошел от прежних высоких идеалов, он по-прежнему превосходил большинство своих современников.