Вскоре радиотелескоп ТНА-200 был модернизирован, диаметр зеркала доведен до 32 м, а эффективная поверхность — до 400 м2. Под названием "ТНА-400» радиотелескоп успешно использовался в большом числе космических операций до конца XX века.
Одновременно в Евпатории строился Центр дальней космической связи (ЦДКС или НИП-16). Он должен был обеспечивать управление автоматическими станциями, которые в ближайшем будущем планировалось отправить к Венере и Марсу, а также полетами пилотируемых космических кораблей. ЦДКС был оснащен командно-измерительной (совмещенной) радиотехнической системой «Плутон». Приемный комплекс этой системы и расположенный на удалении около 10 км от нею передающий были оборудованы восьмизеркальными поворотными антеннами АДУ-1000 (две для приема и одна для передачи). Общая эффективная площадь каждой из них — около 1000 м. Такие антенны в сочетании с охлаждением входных приемных устройств жидким азотом и применением передатчика мощностью 120 кВт обеспечили дальность действия до 300 млн км.
В качестве линий связи использовались телефонные и телеграфные линии. В критических случаях это было очень медленно. Старые линии, построенные в конце XIX века Вест-Индийской компанией, оказались совершенно непригодными. КВЦ было предложено закупить импортную радиорелейную линию и смонтировать на главном направлении: Евпатория (НИП-16) — Симферополь (НИП-10) — Москва.
Министр общего машиностроения С. А. Афанасьев обратился с этой просьбой к Председателю Совета министров СССР А. Н. Косыгину. Тот решительно отказал. А. А. Назаров (помощник Д. Ф. Устинова, занимавшего в те годы пост первого заместителя Председателя Совета министров), подсказал верный ход: необходимо добиться, чтобы письмо А Н. Косыгину подписали несколько министров, и первым это должен сделать председатель КГБ. И оказалось, новая линия связи между Крымом и Москвой нужна всем: КГБ в этом случае мог держать под контролем переговоры на главном курортном направлении, так как в Крыму отдыхало все руководство страны, Минсвязи получало дополнительные средства в виде оплаты междугородных разговоров, Минпромсвязи могло наработать полезный опыт эксплуатации новейшей техники. Нашелся интерес у министров обороны, внешней торговли и иностранных дел. А. Н. Косыгин подписал решение о закупке оборудования.
Название «НЕК», под которым была известна эта станция, на самом деле означает NEC — имя японского производителя радиорелейной линии. Сейчас от станции в Школьном сохранилась только вышка — на ней установлены антенны ретранслятора оператора мобильной связи. А сама радиорелейная линия на направлении Москва-Симферополь еще недавно работала. Может, она и по сей день продолжает функционировать как международная телефонная линия.
Полет космического аппарата «Венера-1», стартовавшего 12 февраля 1961 года, стал первой серьезной работой евпаторийского центра и НИП-10. Однако длилась она недолго, так как после 17 февраля связь с первой межпланетной автоматической станцией была потеряна.
Началась эра пилотируемых полетов в космос. В управлении «Восток-1» с Юрием Гагариным на борту 12 апреля 1961 года НИП-10 участие не принимал, однако находился в состоянии готовности на случай непредвиденной ситуации. Но уже 16 августа того же года во время суточного полета Германа Титова на корабле-спутнике «Восток-2» были задействованы все НИПы СССР, поскольку объем информации, получаемой из космоса, вырос в двадцать раз.
С 11 по 15 августа 1962 года проходил первый совместный полет космических кораблей «Восток-3» с Андрианом Николаевым и «Восток-4» с Павлом Поповичем. Совместный полет, по сути, тоже являлся военным экспериментом, в ходе которого проверялась возможность преследования и перехвата одним космическим аппаратом другого. «Восток-3» играл роль цели, а «Восток-4» — перехватчика. Знаменателен этот полет стал еще и тем, что впервые был осуществлен прием на НИПах телевизионного изображения космонавтов и обеспечена его трансляция в телеэфире СССР. На Симферопольском НИПе был организован пункт связи, его посетил первый секретарь ЦК КПСС Н. С. Хрущев. Генсек переговорил с находившимся в полете космонавтом Николаевым, увидел его в условиях невесомости на телевизионном экране и, находясь под сильным впечатлением, сфотографировался на память с группой сотрудников НИПа.