Вскоре после завершения Турнира Трех Волшебников в Хогварте (новости которого Слизнорт узнавал из прессы), волшебный мир взорвался свежими слухами. Гарри Поттер выиграл турнир при странных обстоятельствах: вернулся в Хогвартс, держа в руках тело своего соперника, которого, как он утверждает, убил возродившийся Волан-де-Морт.
В то время как Министерство магии и волшебная пресса яростно отрицали историю Гарри, Слизнорт наоборот поверил в нее. Он убедился в этом спустя три ночи после смерти Седрика Диггори, когда Пожиратель смерти Корбан Яксли явился к нему под покровом ночи, явно намереваясь завербовать или отвести его силой к Волан-де-Морту.
Слизнорт отреагировал невероятно быстро, что могло бы удивить тех, кто видел, как Слизнорт начал потихоньку утрачивать свою расторопность и накапливать жир за время своего отдыха. Трансфигурировавшись в кресло ему удалось укрыться от Яксли. Как только Пожиратель смерти ушел, Слизнорт собрал сумку, закрыл дом и ушел в бега.
Более года Слизнорт переезжал с места на место, иногда оставаясь в магловских домах, пока хозяева были в отпуске, потому что он не мог оставаться у друзей, которые могли бы предать его будь то по желанию или под давлением. Его жалкое существование сделалось еще более несчастным, ведь он не мог понять, что Волан-де-Морту нужно от него. Он думал, что, скорее всего, его бывший ученик хочет завербовать его, ведь его армия была довольно мала, чем на прежнем пике своей власти. В моменты отчаянья он подозревал, что Волан-де-Морт захочет убить его, дабы уничтожить единственный источник информации о своей бессмертности.
Хоть благодаря чарам и заклинаниям Слизнорт был на несколько шагов впереди Пожирателей, они не спасли его от профессора Дамблдора, который настиг Горация в деревеньке Бадли-Бэббертон, где тот жил в домике маглов. Маскировка, что помогла при появлении Яксли, профессора не одурачила, и он попросил Слизнорта вернуться к работе в школе, прихватив в качестве дополнительного стимула Гарри, которого Слизнорт встретил впервые. Он был самым известным учеником за всю историю Хогвартса, и кроме того он был сыном его любимой ученицы — Лили Эванс.
Хоть Слизнорт сначала и упрямился, он все же не смог устоять перед соблазном принять безопасное укрытие в стенах школы и стать учителем Гарри, который теперь стал даже более знаменит, чем Том Реддл. Слизнорт подозревал, что у Дамблдора был скрытый мотив, но Гораций был уверен в том, что сможет противостоять попыткам Дамблдора узнать, какую помощь он оказал Тому. Он вооружился тем, что создал поддельную память того вечера, когда Реддл обратился к нему за помощью с крестражами.
Слизнорт с удовольствием вернулся к своим полномочиям в качестве профессора зельеварения и пытался воссоздать Клуб Слизней, вновь набирая в него самых талантливых или самых влиятельных учеников того времени. Как и ожидал Дамблдор, Слизнорт был очарован Гарри, которого он посчитал одаренным (ошибочно) в своем предмете. И все же Гарри удалось получить от Слизнорта его истинные воспоминания о том разговоре с Реддлом. Зелье, сваренное Слизнортом, подействовало против него. Феликс Фелицис сделал Гарри невероятно удачливым.
Когда лорд Волан-де-Морт захватил школу — директором стал Северус Снегг, а Пожирателям смерти Кэрроу было отведено терроризировать преподавателей и учеников — Слизнорт понял, что Волан-де-Морт намерен оставить его на текущем месте и обучать полукровных и чистокровных волшебников. Так он и поступил, стараясь вести себя тише воды, ниже травы, хотя никогда не исполнял насильственные правила Кэрроу. Он старался по возможности защищать своих учеников.
Действия Слизнорта в самую опасную ночь его жизни показали, на что он способен. Сначала он избежал боя, выводя слизеринцев из замка в безопасное место. Однако, оказавшись в Хогсмиде, он организовал и мобилизовал местных жителей: вместе с Чарли Уизли они вернулись в замок в решающий момент битвы, ведя за собой подкрепление. Более того, он был среди последних трех человек (еще Кингсли и МакГонагалл), кто сражался в дуэли с Волан-де-Мортом перед его финальным столкновением с Гарри. Слизнорт пытался искупить грехи своими самоотверженными актами мужества, рискуя жизнью в сражении со своим бывшим учеником.