По утверждениям предателя Кривицкого, в марте 1937 года генерал Берзин направил военному комиссару К. Ворошилову доклад. Берзин сообщал о возмущении и протестах по поводу репрессивных мер НКВД, высказываемых республиканцами. В докладе отмечалось, что агенты НКВД компрометируют свою власть излишним вмешательством во внутренние дела страны и шпионажем в правительственных кругах. Берзин заключал свой доклад требованием немедленного отзыва Орлова из Испании.
Возможно, именно этот доклад Я. Берзина стал впоследствии одним из факторов недовольства руководства НКВД деятельностью Орлова.
В 1937 году Лев Седов, полностью разделявший политические взгляды своего отца (Л.Д. Троцкого), приступил к работе по организации I съезда IV Интернационала, который должен был открыться летом 1938 года в Париже. После получения этой информации в Москве было принято политическое решение о похищении Седова и доставке его в Советский Союз. Возможно, Сталин планировал использовать Седова как заложника при «торге» с Троцким. Подготовка и проведение этой операции были поручены Я. Серебрянскому, находившемуся в тот момент во Франции.
Однако похищение Седова так и не состоялось. В феврале 1938 года он умер после операции по удалению аппендицита. Правда, некоторые историки считают, что Седов был отравлен сотрудниками группы Серебрянского. Документальных подтверждений этому нет.
С учетом испанского опыта летом 1937 года при CГОHе начала работу спецшкола по подготовке разведчиков-нелегалов диверсионного направления. Руководил школой лично Я. Серебрянский. Многие из выпускников в годы Отечественной войны стали крупными специалистами по диверсиям в тылу врага. Один из них — К.К. Квашнин (1913–2007). Константин Константинович проходил подготовку в 1937–1938 годах. С 1939 года в НКВД. С началом войны помощник начальника инженерной службы ОМСБОН НКВД. В апреле — июне 1944 года был в Югославии у партизан Й.Б. Тито. С 1967 года на научной работе в МЭИС.
«В середине 1937 года, — рассказывал Квашнин, — меня через партком института пригласили в НКВД. В назначенный день и час я прибыл на Лубянку. В кабинете меня встретил высокий, стройный, почти спортивной выправки человек в военной форме с двумя ромбами в петлицах. Он поздоровался со мной и неожиданно спокойно, почти добрым голосом представился — Серебрянский. В ходе беседы сказал, что есть решение партии об укреплении органов госбезопасности и готов ли я выполнить такое решение.
Для меня, коммуниста, ответ был однозначным: конечно, да. С этого момента началась новая веха в моей жизни. Яков Серебрянский для меня был первым человеком среди замечательной плеяды советских разведчиков, о которых говорят, что это люди «широко известны в узком кругу». И это действительно так. Чем меньше известно об их реальных делах — тем они талантливее.
Ко времени вызова меня к нему… Серебрянский — это уже имя, уважение, авторитет. Его лично знал Сталин.
Лучшую характеристику как человеку, мне кажется, он дал себе сам. Однажды его после первого освобождения из заключения в коридоре дома № 2 на Лубянке встретил молодой сотрудник, бывший его воспитанник Павел: и, вероятно от неожиданности поздоровался и сказал: «А вы умный человек, Яков Исаакович». На что Серебрянский ответил: «Паша, мало быть умным, надо быть честным».
Вот так тепло и уважительно отозвался Константин Константинович о Якове Исааковиче Серебрянском.
Серебрянский, вероятно, был одним из тех руководителей разведки НКВД, которые уже в 1937 году начали готовить кадры на случай войны.
В 1937 году А. Орлов начал подготовку коминтерновцев по плану «Новый набор». Планом предусматривались — отбор и обучение диверсантов (50—100 человек, немцы, итальянцы) из числа сотрудников интербригады. После обучения планировалось перебросить их в Германию, Италию и другие страны Европы, где они стали бы частью глубоко законспирированного агентурного резерва. Активное использование их планировалось в случае войны СССР с Германией, Японией, Италией. Однако этот план в 1938 году по ряду причин был свернут.
А вот другой секретный проект А. Орлова был успешно реализован. Отобранные кандидаты обучались на территории Испании в нелегальной разведывательной школе «Строительство». Существование этой разведшколы 7‐го отдела ГУГВ (или школы СГОН Я.И. Серебрянского) тщательно скрывалось от испанских властей, в отличие от лагерей, где велось обучение партизан и диверсантов.