В суде над главными военными преступниками Герингом, Риббентропом и другими нацистскими лидерами Шелленберг выступил только в качестве свидетеля. Суд над ним самим начался лишь в январе 1948 г., когда он предстал перед Американским военным трибуналом по делу «Вильгельмштрассе» (Соединенные Штаты Америки против Эрнста фон Вайцзеккера и др.). Среди двадцати подзащитных, кроме Вайцзеккера и Шелленберга, были Вильгельм Кепплер, Боле, Ламмерс, Дарре, Мейсснер и Шверин фон Крозиг. Все они занимали видные, хотя и не ведущие, должности при нацистском режиме вроде государственных секретарей, второстепенных министров или глав правительственных департаментов. Обвинения против них были обширные, и судебный процесс тянулся долго. Обвинительное заключение состояло из восьми пунктов от планирования агрессивной войны и преступлений против человечности до членства в преступных организациях. Слушания длились пятнадцать месяцев, и приговор был вынесен лишь в апреле 1949 г.
Шелленберг был оправдан по всем обвинениям, кроме двух. Он был членом СС и СД, которые Международный военный трибунал объявил преступными организациями в ходе суда над главными военными преступниками, а департамент, который он возглавлял (AMT VI), был признан виновным в соучастии в казнях без суда и следствия ряда русских военнопленных, набранных для операции «Цеппелин». Суд счел, что вину Шелленберга смягчают его усилия помочь пленным в концентрационных лагерях на последних этапах войны, какие бы мотивы его к этому ни побуждали. Он был приговорен к шести годам тюремного заключения (которое должно было отсчитываться с июня 1945 г.), и это был один из самых легких приговоров, вынесенных судом.
Шелленберг недолго находился в тюрьме после суда, так как ему необходима была серьезная операция, и в начале июня 1951 г. вышел на свободу по акту о помиловании. Он нашел себе прибежище в Швейцарии и там начал работу над своими мемуарами по контракту с известным в Берне издательским домом «Шерц ферлаг». Однако вскоре швейцарская полиция нашла Шелленберга и попросила покинуть страну. Через границу он перебрался в Италию и поселился в маленьком городке под названием Палланца на берегу Лаго-Маджоре.
Летом 1971 г. Альфред Шерц пригласил молодого немецкого журналиста Харпрехта помочь редактировать мемуары. Харпрехт (с тех пор Харпрехт опубликовал под псевдонимом Штефан Брант полный отчет о восстании 17–18 июня 1953 г., который был переведен на английский язык как «Восстание в Восточной Германии», 1955) принял это предложение и приехал в Палланцу в конце августа 1951 г. Он увидел Шелленберга, больного и несчастного человека. Стоит привести описание Харпрехта:
«Худой, среднего роста, правильно одетый — ничего особенного; его можно было бы принять за обходительного адвоката или бизнесмена средней руки. Его вежливость была слишком натянутой, чтобы быть безукоризненной, несмотря на природное обаяние. Его голос был мягким, но небрежность, с которой он формулировал фразы, не всегда была убедительной.
Казалось, что Шелленберг стремится завоевать симпатию собеседника с самых первых минут. Возникало ощущение, что его большие яркие глаза вопрошают: как вам нравится этот Вальтер Шелленберг, бывший шеф разведки Германии, и может ли он все еще производить впечатление на окружающих, как раньше. Если он сталкивался с возражениями в споре, демонстрировал, что способен внезапно уступать. С обезоруживающей улыбкой он начинал поддаваться точке зрения своего оппонента, капитулируя на условиях, о которых он пытался вести переговоры честно и мягко.
Эта выраженная степень восприимчивости объясняет его необычный дар интеллектуальной адаптивности, который, без сомнения, был одним из секретов его карьеры. Его исключительный талант ассимиляции, в конце концов, производил впечатление ненадежности, в то время как его почти женская чувствительность делала его таким же переменчивым в настроении, какой бывает кинозвезда, уже не уверенная в успехе».
И хотя Шелленберга беспокоили постоянные боли и он был сильно озабочен тем, чтобы раздобыть денег на покрытие своих расходов, Харпрехт полагает, что его самым горьким унижением был тот факт, что никто больше не проявлял к нему интерес, а итальянская полиция даже не позаботилась установить за ним наблюдение. Его особенное негодование вызывало то, что не он, а генерал Гелен (бывший начальник отдела Генштаба «Иностранные армии на Востоке») был приглашен американцами заниматься организацией разведслужбы, работавшей против русских. В качестве компенсации Шелленберг создал свой собственный выдуманный мир, намекая на сообщения от глав государств в изгнании, финансовую помощь от большого бизнеса и постоянное наблюдение со стороны английских и французских агентов, которые следили за каждым его шагом. Даже простая поездка в Милан была окружена аурой таинственности.