Постановлением № 648сс от 9 сентября в районе г. Торжок к 12 сентября формировалась Северо-Западная оперативная группа минометных частей М-8 и М-13 (начальник — подполковник П.Н. Кулешов). В распоряжения начальника группы выделялись 3-й гмп и первый дивизион (2-х батарейного состава) 5-го гмп. Утверждался штат группы. Формирование производилось так же при Штабе формирований 1 МКАУ.
10-12 сентября 1941 года на Софринском артполигоне НКБ проводились испытания с целью установления возможности применения танка Т-60, трактора СТЗ-5 и вездехода ЗИС-42 для монтажа установки М-13. Основной вывод испытаний — все шасси одинаково приемлемы для монтажа. Выбор ГМЧ пал на трактор СТЗ-5.
Постановлением ГОКО № 658сс от 11 сентября все пять полков М-13, сформированные по временному штату, переводились на штат № 08/61, а освободившиеся после организационных мероприятий четвертые дивизионы обращались на формирование к 20 сентября 1941 года при Штабе формирований 1 МКАУ двух новых гвардейских минометных полков М-13 №№ 10, 11.
Другим постановлением ГОКО № 659сс от 11 сентября по штату Северо-Западной оперативной группы в районе г. Курск к 12 сентября формировалась Оперативная группа минометных частей М-8 и М-13 Брянского фронта (начальник — полковник Ф.Н. Скугаревский). В распоряжения начальника группы выделялись 7-й гмп. Начальнику группы подчинялись 1-й и 2-й дивизионы 1-го гмп. Для полного укомплектования 1-го гмп в распоряжение начальника группы выделялись штаб и 3-й дивизион 1-го гмп. Формирование оперативной группы производилось при Штабе формирований 1 МКАУ с дальнейшей переброской в назначенный район.
Постановлением ГОКО № 672сс от 14 сентября по штату Северо-Западной оперативной группы в районе г. Харьков к 16 сентября формировалась Юго-Западная оперативная группа минометных частей М-8 и М-13 (начальник — бывший командир 8-го гмп полковник А.Д. Зубанов). В распоряжения начальника группы выделялись 4-й гмп. Формирование оперативной группы так же производилось при Штабе формирований 1 МКАУ.
Постановлением ГОКО № ГКО-693сс от 20 сентября в г. Череповец по штату Северо-Западной оперативной группы была образована Ленинградская оперативная группа минометных частей М-8 и М-13 СВГК (начальник — полковник Дегтярев М.Ф., член Военного Совета — бригадный комиссар Шумилин Е.Ф., начальник штаба — подполковник Юсупов Б.А.). В распоряжение начальника группы был выделен 9-й гмп, один дивизион М-8 и один дивизион М-13 из 54 армии, две батареи М-13, действующие в Ленинграде. Группа формировалась к 22 сентября там же, где и все ранее упомянутые группы.
Постановлением № ГКО 694сс от 20 сентября для хранения выстрелов были сформированы Центральная, Вологодская и Сталинградская полевые базы минометных частей М-8 и М-13 СВГК. Формирование баз проводилось при Штабе формирований 1 МКАУ. На базах к 1–5 октября должно было быть сосредоточено: на Центральной — 20000 выстрелов М-13 и 40000 — М-8, на каждой из периферийных баз — по 10000 выстрелов М-13 и по 20000 — М-8.
Базы имели следующую структуру: Центральная — командование, операционное отделение, отделы хранения, мастерская сборки выстрела, автобатальон (три роты и автомастерские), рота охраны, подразделения обслуживания, санитарная часть, транспортное отделение, мастерская литер «Б», хозяйственное отделение. По штату имелось: 651 чел., 10 спаренных и 15 ручных пулеметов, автомашин: легковых — 2, «Пикап» — 6, грузовых — 140, специальных — 8, автоцистерн -6, тракторов — 5.
Вологодская и Сталинградская полевые базы отличались уменьшенным составом. В каждой из них имелось по: 261 чел., 2 спаренных и 9 ручных пулеметов, автомашин: легковых — 1, «Пикап» — 2, грузовых — 49, специальных — 6, автоцистерн — 3, тракторов — 2.
25 сентября 1941 года военинженер 1 ранга В.В. Аборенков докладывает И.В. Сталину о том, что действующие на фронте боевые машины М-13, смонтированные на шасси трехосного автомобиля ЗИС-6, в осенних условиях резко снизили свою проходимость. С целью повышения подвижности минометных частей М-8 и М-13 была разработана машина М-13 на шасси трактора СТЗ-5. Проведенные Софринским артполигоном НКБ дали положительные результаты как по проходимости по любому виду грунта, так и по прочности и баллистическим свойствам. Особо отмечалось, что новая установка могла вести огонь на близких дистанциях. Установки М-13 на шасси ЗИС-6 такой возможности не имели.
Они могли вести огонь только начиная с дистанции 3,5 километра. Новую установку предлагалось принять на вооружение. 28 сентября Аборенков сообщает Сталину, что 27 сентября на Софринском полигоне были успешно испытаны боевые машины М-8 на танке Т-60 (Т-40), спроектированные НИИ № 3 НКБ и заводом «Компрессор» Наркомобщемаша.
Постановлением ГОКО № ГКО-726сс от 30 сентября 1941 года на вооружение Красной Армии принимались новые образцы пусковых установок — боевая машина М-8 на танке Т-60 и боевая машина М-13 на тракторе СТЗ-5. Кроме того, командующему минометными частями СВГК предписывалось к 30 октября 1941 года сформировать при Штабе формирований 1 МКАУ шесть полков М-8 и М-13: 12-й М-8 на шасси ЗИС-6, 13-й М-13 на шасси ЗИС-6, 14-й и 16-й М-8 на танке Т-60, 15-й и 17-й М-13 на тракторе СТЗ-5.
Первые бои гвардейских минометных полков выявили следующую особенность их применения. Прибывшие на фронт полки немедленно по-дивизионно расчленялись, дивизионы придавались армиям или дивизиям, а управление полка занималось функциями обеспечения боеприпасами и вопросами контроля. Стремление командующих армиями придавать дивизионы гвардейских минометных полков стрелковым дивизиям, действующим на важнейших направлениях, привело к тому, что управления полков оказались полностью исключенными из процесса управления подчиненными подразделениями. Дивизионы, формально оставаясь в составе полков, действовали на значительном расстоянии от управлений полков, становились все более и более отдельными в полном смысле этого слова. Внешне эффектные залпы этих подразделений оказались хорошим способом поддержания боевой устойчивости обороняющихся советских войск. В результате отдельный дивизион оказался более жизненно необходимым для стрелковых войск в данное время, чем полк. Получилось, что на нынешнем этапе наиболее рациональной формой организации минометных частей М-8 и М-13 стал отдельный гвардейский минометный дивизион. Поэтому с сентября 1941 года на фронтах происходило формирование дивизионов из отдельных батарей.
3 октября 1941 года Наркомом обороны были утверждены штаты фронтовых оперативных групп ГМЧ. По штату № 02/164 содержались оперативные группы Северо-Западного, Брянского, Юго-Западного и Ленинградского фронтов (схема 2).
В составе оперативной группы было: командно-начальствующего состава — 65, младшего начсостава — 43, рядового состава — 264, пулеметов: ручных ДП — 6, комплексных «М-4» — 6, автомашин: легковых — 5, грузовых -74, специальных — 5. По штату № 02/165 содержалась оперативная группа ГМЧ Южного фронта (схема 3).
Всего в оперативной группе имелось: командно-начальствующего состава — 67, младшего начсостава — 43, рядового состава — 270, пулеметов: ручных ДП — 6, зенитных комплексных «М-4» — 6, автомашин: легковых — 5, грузовых — 74, специальных — 5.
В октябре 1941 года, когда фронт приблизился к Москве, было принято решение о переводе штаба формирования в г. Арск Татарской АССР. Но уже во второй половине октября 1941 года в целях ускорения процесса формирования частей и подразделений ГМЧ, в первую очередь для Московской зоны обороны, принято решение о создании второго штаба формирования ГМЧ непосредственно в Москве (в Лефортово). Этот штаб был организован 23 октября 1941 г. по временному штату, утвержденному Военным Советом МВО, и далее формированием ГМЧ одновременно занимались два штаба формирования — в Москве и Арске. Первым начальником штаба формирования ГМЧ СВГК в Москве был назначен бывший командир 1-го гмп подполковник В.А. Шмаков, военным комиссаром штаба стал батальонный комиссар В.П. Порошин. Штаб разместился в бывшей средней школе № 443 на шоссе Энтузиастов. Для размещения формируемых частей Моссовет выделил несколько школьных зданий и других пустующих помещений. В них (а также на территории 1 ГМКАУ) прошло формирование практически всех частей ГМЧ в 1942–1943 годах.