Основными источниками по процессу 399 г. являются речи Андокида "О мистериях" и Псевдо-Лисия "Против Андокида" — свидетельства, как уже отмечалось, в высшей степени тенденциозные. Поэтому история процесса может быть восстановлена лишь в самых общих чертах.
По-видимому, активные выступления на политической арене сочетались у Андокида с не менее решительными действиями на поприще финансовом и экономическом. Как всякий богатый человек, он, естественно, был заинтересован в дальнейшем увеличении своего состояния. Привычный ко всякого рода спекуляциям, он обратился теперь к занятию откупами. На очередном аукционе ему удалось, в компании с какими-то дельцами, взять на откуп сбор двухпроцентной торговой пошлины. Этим успехом он нажил себе врагов среди других откупщиков, таких же, как и он, финансовых воротил, стремившихся нажиться на государственных доходах. Эти люди решили во что бы то ни стало убрать с дороги опасного конкурента. Руководителем всех интриг и заговоров, направленных против Андокида, стал Каллий, сын Гиппоника, богатый и знатный афинянин, не брезговавший никакими делами, если только они сулили ему выгоду.
У Каллия были и личные счеты с Андокидом. Незадолго перед тем в Сицилии умер дядя Андокида Эпилик. С притязаниями на руку его дочери выступили Андокид и Каллий, действовавший в данном случае от имени своего сына, которого он хотел женить на этой эпиклере. Начался судебный процесс, который грозил сильно затянуться. Наступила осень и приближалось время, когда в Афинах справляли великие мистерии — большой праздник в честь богини Деметры и дочери ее Коры. И вот тут Каллий решил одним ударом раз и навсегда покончить с Андокидом. В то время как Андокид вместе с другими посвященными в мистерии находился в Элевсине, Каллий через подставных лиц подал на него жалобу афинскому архонту-царю. Андоида обвинили в том, что он принял участие в элевсинских мистериях и таким образом нарушил старое постановление Исотимида, запрещавшее святотатцам входить в храмы и показываться на площадях. Затем, когда он уже вернулся из Элевсина в Афины, ему было предъявлено — теперь уже лично Каллием — новое обвинение в том, что он положил в знак мольбы о пощаде масличную ветвь в Элевсинском храме в Афинах и таким образом нарушил закон, который запрещал класть масличную ветвь на алтарь храма во время элевсинских мистерий. Главным обвинителем на процессе выступал некий Кефисий, соавторами обвинения были Мелет и Эпихар. В речи "О мистериях", произнесенной на этом процессе, Андокид доказал формальную неосновательность предъявленных ему обвинений и, опираясь на солидную поддержку вождей демократической партии Анита и Кефала, с успехом выиграл дело.
В последующие годы политическая активность Андокида несомненно должна была возрасти: выиграв такое трудное дело, он теперь должен был чувствовать себя более чем когда-либо уверенно. К сожалению, вплоть до 392/1 г. мы не располагаем никакими сведениями о его жизни. Лишь в этом году он снова на короткое время выступает перед нами из мрака неизвестности с тем, однако, чтобы сразу же снова исчезнуть — теперь уже навсегда.
К этому времени Афины оказались втянутыми в так называемую Коринфскую войну (395-387 гг.), в которой против Спарты, тогдашнего гегемона Греции, выступила при поддержке Персии целая коалиция — Беотия, Афины, Коринф, Аргос, Мегары и ряд других государств. В первые годы войны Афины добились определенных успехов: были восстановлены разрушенные в 404 г. Длинные стены, заново отстроен большой флот и воссоединены с Афинами острова Лемнос, Имброс и Скирос. Не желая дальше рисковать сделанными приобретениями, афинское правительство все больше начинало подумывать о мире, тем более, что беотийцы и аргивяне еще ранее завязали сепаратные переговоры со Спартой.
В 391 г. в Спарту были отправлены послы с неограниченными полномочиями для ведения переговоров о мире; в числе этих послов был и Андокид. По возвращении из Спарты Андокид выступил в народном собрании с речью "О мире с лакедемонянами", в которой убеждал афинян заключить со Спартой мир на условиях status quo. Речь Андокида не имела успеха: радикальная демократия с подозрением отнеслась к идее соглашения со Спартой и требовала отвоевания всех владений, которыми афиняне владели до поражения в Пелопоннесской войне. Рекомендации Андокида были отклонены народным собранием; более того, по предложению оратора Каллистрата, послов отдали под суд, обвинив в нарушении данных им предписаний. Настроение народа было таково, что послы, не дожидаясь решения суда, добровольно удалились в изгнание. Для Андокида это означало крушение всего, что он с таким упорством создавал в течение десятилетия. Его политической карьере был нанесен жестокий, быть может даже непоправимый удар. Удалось ли ему вернуться на родину, или же он так и умер в изгнании — источники не дают на это ответа. Не знаем мы также ничего и о его потомстве. По-видимому, он так и не обзавелся семьей и с его смертью род его прекратился. В аттических надписях имена Андокида и Леогора более не встречаются...