В 1555 году он опубликовал «Диалектику», первую работу по логике на французском языке. Теперь он рассуждал не только о разуме, но и за разум. По своему темпераменту он был противником традиционализма и авторитетов; разум казался ему единственным авторитетом; и он с ренессансным пылом верил, что если оставить разум свободным, то он в течение столетия доведет все науки до совершенства.105 «Моим постоянным занятием, — писал он, — было устранить с пути свободных искусств… все интеллектуальные препятствия и замедления, сделать путь ровным и прямым, чтобы легче было прийти не только к интеллекту, но и к практике и использованию свободных искусств».106
Его характер и философия склоняли его к сочувствию протестантскому восстанию. Когда гугеноты на некоторое время добились от правительства веротерпимости и даже участия в нем, Рамус заявил о своей приверженности реформатской вере (1561). В начале 1562 года некоторые из его учеников разрушили религиозные изображения в часовне Коллеж де Пресль. Правительство продолжало выплачивать ему жалованье, но его положение становилось все более шатким. Когда началась гражданская война (1562), он покинул Париж, взяв с собой конспирацию от Екатерины де Медичи; он вернулся через год после подписания мира. Он вежливо отказался от приглашения занять кафедру в Болонском университете, заявив, что слишком обязан Франции, чтобы покинуть ее.
Ссора, приведшая к его смерти, стала явной, когда его главный враг, Жак Шарпантье, откровенно признавшись в своем невежестве в математике, купил себе дорогу107 на должность профессора математики в Королевском колледже (1565). Рамус осудил это назначение; Шарпантье угрожал ему; Рамус обратился в суд за защитой; Шарпантье был заключен в тюрьму, но вскоре освобожден. На жизнь Рамуса было совершено два покушения, а когда возобновилась гражданская война между католиками и протестантами (1567), он снова покинул Париж. Теперь правительство постановило, что только католик может преподавать в университете или Королевском колледже. Рамус, вернувшись, ушел в частную жизнь, но Екатерина продолжила и удвоила его жалованье, и он смог посвятить себя учебе и писательству.
В июле 1572 года Монлюк, епископ Валансьенский, пригласил его присоединиться к посольству в Польшу; возможно, епископ предвидел резню святого Варфоломея и решил защитить стареющего философа. Рамус отказался, не желая участвовать в предприятии по возведению принца Генриха Анжуйского на польский трон. Монлюк уехал 17 августа; двадцать четвертого началась резня. Двадцать шестого числа двое вооруженных людей ворвались в Коллеж де Пресль и поднялись на пятый этаж, где находился кабинет Рамуса. Они застали его за молитвой. Один выстрелил ему в голову, другой ударил ножом; вместе они выбросили его в окно. Студенты или оборванцы оттащили еще живое тело к Сене и бросили его в воду; другие нашли его и разорвали на куски.108 Мы не знаем, кто нанял убийц; очевидно, не правительство, поскольку и Карл IX, и Екатерина, похоже, до конца сохраняли благосклонность к Рамусу.109 Шарпантье радовался резне и убийству: «Это яркое солнце, которое в течение августа освещало Францию….. Вместе с его автором исчезла всякая ерунда и чепуха. Все добрые люди полны радости».110 Два года спустя умер и сам Шарпантье, по некоторым данным, от угрызений совести; но, возможно, это слишком большая заслуга.
Рамус казался побежденным в жизни и влиянии. Его враги торжествовали; и хотя в следующем поколении во Франции, Голландии и Германии можно было услышать несколько «рамистов», схоластика, с которой он боролся, вернула себе господство, и французская философия висела на волоске до Декарта. Но если философия в этот период мало чего добилась, то достижения науки были эпохальными; современная наука началась с Коперника и Везалия. Площадь Земли увеличилась вдвое; мировоззрение изменилось так, как никогда ранее в истории. Знания стремительно расширялись и распространялись; использование жаргона в науке и философии, как это делали Паре и Парацельс в медицине, Рамус в философии, распространяло на средние классы знания и идеи, которые раньше были доступны только ученым и священникам. Пирог обычаев, плесень верований, власть авторитетов были разрушены. Вера была освобождена от своих оков и с новой свободой обрела сотни форм.