Он читал, что Святой Грааль когда-то был спрятан в замке Монтсеррат в провинции Барселона. Там, как говорится в самом известном из всех романов, Амадис совершил ночное бдение перед образом Богородицы, чтобы подготовить себя к рыцарскому служению. Как только Иньиго смог передвигаться, он сел на мула и отправился к далекой святыне. Некоторое время он все еще думал о себе как о воине, снаряженном для физической борьбы. Но у святых, о которых он читал, не было ни оружия, ни доспехов, только самая бедная одежда и твердая вера. Прибыв в Монтсеррат, он очистил свою душу трехдневной исповедью и покаянием, отдал свою дорогую одежду нищему и облачился в одеяние паломника из грубой ткани. Всю ночь с 24 на 25 марта 1522 года он провел в одиночестве в часовне бенедиктинского монастыря, стоя или стоя на коленях перед алтарем Богоматери. Он обязывался к вечному целомудрию и бедности. На следующее утро он принял Евхаристию, отдал своего мула монахам и на хромых ногах отправился в Иерусалим.
Ближайшим портом была Барселона. По дороге он остановился в деревушке Манреса. Старая женщина направила его в пещеру, где он мог укрыться. На несколько дней он сделал ее своим домом; там, стремясь превзойти святых в аскетизме, он совершал аскезы, которые привели его почти к смерти. Раскаиваясь в горделивой заботе о своей внешности, он перестал мыть, стричь и расчесывать волосы, которые вскоре выпали; он не подстригал ногти, не мыл тело, не омывал руки, лицо и ноги;29 Он жил на той пище, которую мог выпросить, но никогда не ел мяса; постился по нескольку дней подряд; бичевал себя трижды в день и каждый день проводил часы в молитве. Одна благочестивая женщина, опасаясь, что его аскезы убьют его, взяла его к себе домой, где выхаживала его до полного выздоровления. Но когда его перевели в келью в доминиканском монастыре в Манресе, он возобновил самобичевание. Воспоминания о прошлых грехах приводили его в ужас; он вел войну со своим телом как с виновником своих грехов; он был полон решимости изгнать из своей плоти все мысли о грехе. Временами борьба казалась безнадежной, и он подумывал о самоубийстве. Затем приходили видения и укрепляли его; во время причастия он верил, что видит не облатку, а живого Христа; в другой раз ему явились Христос и Его Мать; однажды он увидел Троицу и в одно мгновение понял, вне слов и разума, тайну трех лиц в одном Боге; а «в другой раз, — рассказывает он, — Бог позволил ему понять, как Он сотворил мир».30 Эти видения исцелили породивший их духовный конфликт; он оставил позади все переживания по поводу своих юношеских глупостей; он ослабил свой аскетизм; покорив свое тело, он мог теперь очистить его без тщеславия. На основе опыта этой борьбы, длившейся почти год, он разработал Духовные упражнения, с помощью которых языческая плоть могла быть покорена христианской воле. Теперь он мог предстать перед священными святынями Иерусалима.
Он отплыл из Барселоны в феврале 1523 года. По пути он пробыл две недели в Риме, сбежав оттуда прежде, чем языческий дух смог отвратить его от святости. 14 июля он отплыл из Венеции в Яффу. Прежде чем он достиг Палестины, его постигло множество бедствий, но постоянные видения поддерживали его. Иерусалим сам по себе был страшен: турки, контролировавшие его, разрешили посещение христиан, но не прозелитизм; когда Иньиго предложил обратить мусульман в свою веру, францисканский провинциал, которому Папа поручил поддерживать мир, велел святому вернуться в Европу. В марте 1524 года он снова был в Барселоне.
Возможно, теперь он чувствовал, что, хотя и владеет своим телом, но подчиняется своим фантазиям. Он решил усмирить свой разум с помощью образования. Хотя ему уже исполнилось тридцать три, он вместе со школьниками стал изучать латынь. Но зуд учить оказался сильнее желания учиться. Вскоре Игнатий, как его называли схоласты, начал проповедовать в кругу набожных, но очаровательных женщин. Их любовники осуждали его как баловня и жестоко избивали. Он переехал в Алкалу (1526) и занялся философией и теологией. Здесь он также преподавал в небольшой частной группе, состоящей в основном из бедных женщин, некоторые из которых были проститутками, жаждущими искупления. Он пытался изгнать их греховные наклонности с помощью духовных упражнений, но некоторые из его учеников впадали в припадки или трансы, и инквизиция вызвала его. Он был заключен в тюрьму на два месяца,31 Но в конце концов он убедил инквизиторов в своей ортодоксальности и был освобожден; однако ему было запрещено преподавать. Он отправился в Саламанку (1527), где прошел через аналогичную последовательность: преподавание, суд перед инквизицией, тюремное заключение, оправдание и запрет на дальнейшее преподавание. Разочаровавшись в Испании, он отправился в Париж, всегда пешком и в одежде пилигрима, но теперь ведя перед собой осла, нагруженного книгами.