Та же преданность, которую иезуиты проявляли в зарубежных миссиях, проявлялась и в их работе в Европе. Они оставались на своих постах и ухаживали за больными во время чумы.50 Они проповедовали для всех классов и приспосабливали свой язык к любой ситуации. Превосходное образование и хорошие манеры сделали их любимыми исповедниками женщин, знати, наконец, королей. Они активно участвовали в мирских делах, но с благоразумием и тактом; Игнатий советовал им, что лучше больше благоразумия и меньше благочестия, чем больше благочестия и меньше благоразумия.51 Обычно это были люди высоких моральных качеств; недостатки, вменяемые им в вину в более поздний период, почти не проявлялись в эту эпоху.52 Хотя в целом они одобряли инквизицию,53 они стояли в стороне от нее, предпочитая работать через образование. Их ограниченное число вынуждало их оставлять обучение детей другим; они сосредоточились на среднем образовании; а когда университеты были захвачены другими орденами, светским или протестантским духовенством, они организовали свои собственные колледжи и стремились обучать избранных молодых людей, которые могли бы стать центрами влияния на следующее поколение. Они стали величайшими педагогами своего времени.
В важных точках Европы они основали studia inferiora — соответствующие немецким гимназиям и французским лицеям — и studia superiora — колледжи. Иногда, как в Коимбре и Лувене, им удавалось захватить существующие университеты. Они шокировали своих конкурентов, предоставляя обучение бесплатно. Учебная программа, вероятно, чем-то обязана школам, созданным в Голландии и Германии Братьями общей жизни, чем-то — гимназии Штурма в Страсбурге, чем-то — гуманистическим академиям Германии и Италии. Обучение основывалось на классике и велось на латыни; использование жаргона было запрещено студентам, кроме как по праздникам.54 В старших классах была восстановлена схоластическая философия. Воспитанию характера — морали и манер — было уделено особое внимание, и оно было заново связано с религиозной верой. Традиционная вера прививалась ежедневно, а режим молитв, медитаций, исповеди, причастия, мессы и богословия настолько пропитал учеников ортодоксальностью, что мало кто из них в XVI веке сходил с проторенного пути. Гуманизм был повернут вспять от язычества к христианству. У этой системы были серьезные недостатки: она слишком полагалась на память и не поощряла оригинальность. Как и другие учебные программы того времени, она была неполноценной в области естественных наук и выхолащивала историю, чтобы контролировать настоящее. И все же такой независимый мыслитель, как Фрэнсис Бэкон, вскоре скажет о школах иезуитов: «Такими, какие они есть, были бы они нашими».55 В последующие два столетия их выпускники преуспели почти во всех сферах жизни, кроме научных исследований.