Но если вера так важна, достаточно ли ее самой по себе, чтобы заслужить спасение, как утверждал Лютер? На пятой сессии (июнь 1546 года) по этому поводу велись бурные дебаты; один епископ схватил другого за бороду и вырвал горсть белых волос; услышав это, император послал Собору весточку, что если он не успокоится, то пусть бросит нескольких прелатов в Адидже, чтобы остудить их.40 Реджинальд Поул отстаивал взгляды, столь опасно близкие к взглядам Лютера, что кардинал Караффа (будущий Павел IV) заклеймил его как еретика; Поул удалился с битвы в Падую и под предлогом болезни отстранился от дальнейшего участия в Соборе.41 Кардинал Серипандо отстаивал компромиссную формулу, которую Контарини, ныне покойный, предложил в Ратисбоне; но Лейнес убедил Собор подчеркнуть, в полную противоположность Лютеру, важность добрых дел и свободы воли.
Меры по церковной реформе продвигались менее активно, чем определения догматов. Епископ Святого Марка открыл заседание 6 января 1546 года, нарисовав мрачную картину царящей в мире коррупции, которую, по его мнению, потомки никогда не превзойдут, и приписал это вырождение «исключительно нечестию пасторов»; лютеранская ересь, по его словам, была вызвана в основном грехами духовенства, и реформа духовенства — лучший способ подавить мятеж.42 Но единственной существенной реформой, проведенной на этих первых сессиях, был запрет епископам проживать вдали от своих кафедр или занимать более одной. Собор предложил папе, чтобы реформа Датария перешла от теоретических рекомендаций к реальным директивам. Павел, однако, пожелал, чтобы вопросы реформы остались в ведении папства; и когда император настоял на большей скорости обсуждения реформы на конференции, папа приказал своим легатам предложить перенести Собор в Болонью, которая, будучи в папских государствах, позволила бы более оперативно контролировать концилиарные действия со стороны Рима. Итальянские епископы согласились; испанские и императорские прелаты выразили протест; в Тренте, как нельзя кстати, появилась чума и убила одного епископа; итальянское большинство переехало в Болонью (март 1547 года); остальные остались в Тренте. Карл отказался признать болонские заседания и пригрозил созвать отдельный собор в Германии. После двух лет споров и маневров Павел уступил и приостановил работу Болонской ассамблеи (сентябрь 1549 года).
Ситуация разрядилась после смерти Павла. Юлий III пришел к соглашению с императором: в обмен на обещание Карла не поддерживать любые меры, которые могли бы уменьшить папскую власть, он созвал Собор в Тренте в мае 1551 года и согласился, чтобы лютеране были выслушаны. Генрих II Французский, возмущенный этим сближением между папой и императором, отказался признать Собор. Когда Собор собрался, на нем присутствовало так мало людей, что он был вынужден прерваться. Он собрался вновь 1 сентября в составе восьми архиепископов, тридцати шести епископов, трех аббатов, пяти генералов, сорока восьми богословов, курфюрста Иоахима II Бранденбургского и послов от Карла и Фердинанда.
Тринадцатая сессия Собора (октябрь 1551 года) подтвердила католическую доктрину транссубстанциации: священник, освящая хлеб и вино Евхаристии, фактически превращает каждый из них в тело и кровь Христа. После этого выслушивать протестантов казалось бесполезным, но Карл настоял на своем. Герцог Вюртембергский, курфюрст Саксонии Маурис и некоторые южногерманские города выбрали членов протестантской делегации, а Меланхтон составил изложение лютеранской доктрины для представления на Соборе. Карл предоставил делегатам безопасность, но те, помня о Констанце и Гусе, потребовали также безопасности от самого Собора. После долгих обсуждений она была дана. Однако один доминиканский монах, читая притчу о плевелах в том самом соборе, где проходили заседания, указал, что еретические плевелы можно терпеть какое-то время, но в конце концов их придется сжечь.43
24 января 1552 года протестантские депутаты обратились к собранию. Они предложили подтвердить постановления Констанцского и Базельского соборов о верховной власти соборов над папами, освободить членов нынешнего органа от клятв верности Юлию III, отменить все решения, принятые до сих пор собором, и провести новое обсуждение вопросов на расширенном синоде, в котором протестанты будут представлены должным образом.44 Юлий III запретил рассматривать эти предложения. Собор проголосовал за то, чтобы отложить их рассмотрение до 19 марта, когда ожидалось прибытие дополнительных протестантских делегатов.