Во время этой задержки военные события наложились на теологические. В январе 1552 года король Франции подписал союз с немецкими протестантами; в марте Морис Саксонский двинулся на Инсбрук; Карл бежал, и никакие силы не могли помешать Морису, если бы он захотел, захватить Трент и проглотить Собор. Епископы один за другим исчезали, и 28 апреля Собор был формально приостановлен. По договору в Пассау (2 августа) Фердинанд уступил религиозную свободу воинственно настроенным протестантам, одержавшим победу. Они больше не проявляли интереса к Собору.
Павел IV счел благоразумным оставить Собор в спячке на время своего понтификата. Пий IV, добродушный старик, играл с мыслью, что предоставление причастия в обоих видах может умиротворить протестантов, как это было сделано с богемцами. Он созвал Собор в Тренте 6 апреля 1561 года и пригласил на него всех христианских князей, католиков и протестантов. На новую сессию французские делегаты привезли внушительный список реформ, которых они желали: Месса на жаргоне, причастие в хлебе и вине, брак священников, подчинение папства Генеральным советам и прекращение системы папских диспенсаций и исключений;45 Очевидно, французское правительство в данный момент находилось в полугугенотском настроении. Фердинанд I, теперь уже император, поддержал эти предложения и добавил, что «папа…. должен смириться и подчиниться реформе своей персоны, своего государства и курии»; легенды о святых должны быть очищены от абсурда, а монастыри должны быть реформированы, «чтобы их огромные богатства больше не расходовались столь расточительно». 46 Положение Пия было опасным, и его легаты с некоторым трепетом ожидали открытия сессии,
После неспешных или стратегических задержек семнадцатая сессия Собора собралась 18 января 1562 года, на ней присутствовали пять кардиналов, три патриарха, одиннадцать архиепископов, девяносто епископов, четыре генерала, четыре аббата и множество светских представителей католических князей. По просьбе Фердинанда любому протестантскому делегату, который пожелает присутствовать, была предложена конспирация; никто из них не пришел. Архиепископ Гранады и Карл, кардинал Лотарингии, возглавили движение за сокращение прерогатив папы, утверждая, что епископы получают свою власть не через него, а по прямому «божественному праву»; а епископ Сеговии повторил одну из ересей Лютера, отрицая, что папа был верховным над другими епископами в ранней Церкви.47 Это епископское восстание было подавлено благодаря парламентскому мастерству папских легатов, лояльности итальянских и польских епископов по отношению к папе и некоторым своевременным папским любезностям по отношению к кардиналу Лотарингии. В итоге папская власть была не ослаблена, а усилена, и каждый епископ должен был принести клятву о полном повиновении папе. Фердинанда успокоили обещанием, что по окончании Собора Папа разрешит совершать Евхаристию в обоих видах.
Покончив с этой основной ссорой, Совет быстро разошелся по своим оставшимся делам. Браки священнослужителей были запрещены, а в отношении священнического наложничества были приняты суровые меры наказания. Было принято множество мелких реформ, направленных на улучшение нравов и дисциплины духовенства. Должны были быть созданы семинарии, где кандидаты в священники могли бы обучаться привычкам аскетизма и благочестия. Полномочия курии были ограничены. Были установлены правила реформирования церковной музыки и искусства; обнаженные фигуры должны были быть достаточно прикрыты, чтобы не возбуждать чувственное воображение. Было проведено различие между поклонением изображениям и поклонением личностям, изображенным на них; в последнем смысле использование религиозных изображений поддерживалось. Чистилище, индульгенции и обращение к святым были отстояны и переосмыслены. Здесь Собор откровенно признал злоупотребления, вызвавшие восстание Лютера; один из декретов гласил:
Предоставляя индульгенции, Собор…. постановляет, что всякая преступная выгода, связанная с этим, должна быть полностью устранена, как источник тяжких злоупотреблений среди христианского народа; А что касается других расстройств, возникающих из-за суеверия, невежества, непочтительности или любых других причин, поскольку они, ввиду широкого распространения коррупции, не могут быть устранены специальными запретами, Собор возлагает на каждого епископа обязанность выявлять такие злоупотребления, которые существуют в его собственной епархии, доводить их до сведения следующего провинциального синода и сообщать о них, с согласия других епископов, Римскому Понтифику.48