Не были забыты и коммерческие рейдеры: предполагалось их широкое использование в случае начала боевых действий. В 1934 г. командование Кригсмарине определило порядок строительства вспомогательных крейсеров, условно именовавшихся «транспортными судами „О“». Списки своих и иностранных торговых судов новейшей постройки, пригодных для этой цели, начали составлять тремя годами раньше. В том же году тайно выделились деньги на постройку четырех таких рейдеров. Из-за трений с вермахтом и люфтваффе, они так и не были построены, но при этом вспомогательные крейсера продолжали фигурировать в германских оперативных планах ведения войны на море. Причем складывалась парадоксальная ситуация: в случае начала войны Германия имела слишком мало кораблей для воздействия на морскую торговлю союзников, а те в свою очередь практически не имели кораблей для защиты своих торговых коммуникаций. Командование немецкого флота, желая увеличить список предназначенных к переоборудованию судов, договорилось с судостроительными фирмами, что те при постройке новых грузовых судов, которые по своим параметрам будут являться потенциальными кандидатами во вспомогательные крейсера, заранее будут усиливать корпуса в местах предполагаемой установки орудий главного калибра. В 1938 г. Кригсмарине еще до начала войны планировало переоборудовать пять таких торговых судов в рейдеры. При этом были отобраны некоторые кандидатуры командиров и офицеров для будущего назначения на вспомогательные крейсера. Правда, не все высшие флотские чины верили в то, что коммерческим рейдерам удастся повторить успехи прошлой войны. Это обстоятельство, а также желание избежать возникновения подозрений у противника, и некоторые другие политические мотивы, привели к тому, что ничего сделано не было, хотя планировалось ввести в строй 26 кораблей из числа наиболее быстроходных торговых судов. В итоге, когда 1 сентября 1939 г. грянули первые залпы войны, в составе германского флота не оказалось ни одного вспомогательного крейсера.
Однако «Руководство войной на море» (РВМ) отреагировало моментально, и уже в начале сентября отобрало шесть транспортов, которым предстояло стать рейдерами — «Гольденфельс», «Курмарк», «Ноймарк», «Санта-Круз», «Кандельфельс» и «Иллер», но затем последний заменили однотипным «Эмс». В истории Второй мировой войны на море они стали известны как «Атлантис», «Орион», «Виддер», «Тор», «Пингвин» и «Комет». Эти вспомогательные крейсера, вышедшие в плавание в период с 31 марта по 9 июля 1940 г., получили в военно-исторической литературе наименование «первой волны». За ними на переоборудование направились «Штайермарк», «Бонн», «Каир», «Того», ставшие «Кормораном», «Михелем», «Штиром» и «Коронелем». Вместе с вышедшими во второй поход «Кометом» и «Тором» они составили «вторую волну» немецких рейдеров, которая растянулась во времени с 3 декабря 1940 г. («Корморан») по февраль 1943 г. («Коронель»). «Шифф 5» (бывший «Гленгарри», затем «Меерсбург») был переоборудован, но в поход так и не отправился, став впоследствии учебным кораблем «Ганза». Кроме этого предполагались превратить во вспомогательные крейсера «Найденфельс», «Мольткефельс», «Амерскерк» («Шифф-49»), «Минден» (бывший «Лодзь»), «Кобург» и «Марбург» (два последних — новой постройки). Однако затем от этих планов командование Кригсмарине отказалось. Всего же к 27 ноября 1939 г. РВМ заключило контракты с верфями о начале работ на двенадцати судах, с таким условием, чтобы первые из них отправились в поход той же зимой — на переоборудование давалась 60 дней. Во вторую группу планировались исключительно одни теплоходы, способные к длительным операциям, с дальностью плавания 12-узловым ходом не менее 40 ООО миль. Эти корабли должны были выйти в море в первой половине 1940 г.