В качестве малокалиберной артиллерии на шести первых рейдерах устанавливались один спаренный 37-мм зенитный полуавтомат С/30 и четыре одинарных 20-мм зенитных автомата С/30 (оба типа имели боекомплект по 2000 выстрелов на ствол). В дальнейшем ее состав менялся.
Так, на «Корморане» из-за нехватки 37-мм зениток установили два противотанковых орудия того же калибра (боезапас 1500 снарядов на ствол), на «Михеле» и «Шифф-5» имелось дополнительное 105-мм зенитное орудие (боезапас 400 снарядов) а на «Коронеле» 37-мм полуавтоматы заменили на 40-мм «бофорсы» (2000 снарядов).
Кроме артиллерии на борту вспомогательных крейсеров имелись 533-мм торпедные аппараты — как надводные, так и подводные. Количество труб у них было разным — от одной до трех. Рейдеры использовали только парогазовые торпеды типа G7a (заряд 280 кг, режимы хода: 6000 м на 44 узлах, 8000 м на 40 уз. или 14000 м на 30 уз.). Они могли снабжаться контактным или магнитным взрывателем, однако в начале войны оба работали крайне ненадежно. Кроме того, в начале войны торпеды страдали от дефектов рулей глубины.
О составе СУАО имеется очень мало сведений. Известно, что на всех крейсерах стандартным было наличие одного 3-м дальномера, обычно находившегося на надстройке. На чертежах «Пингвина» видно, что у него имелось два таких дальномера. «Корморан», кроме 3-метрового, располагал еще двумя 1,25-метровыми.
На начальном периоде боевых действий тактика действий вспомогательных крейсеров сводилась к максимально возможному сближению с жертвой, после чего сбрасывалась маскировка, делался предупредительный выстрел из погонного орудия и прожектором передавался приказ остановиться и не пользоваться радио. Очень скоро выяснилось, что от сигнальных орудий совсем мало толку и в будущем предупредительные выстрелы уже делались из 150-мм орудий. В случае невыполнения приказа, огонь велся на поражение главным калибром. Первыми целями становились радиорубка, орудия и мостик. Однако, например, Г. фон Руктешелль на «Виддере», не желая подвергать опасности корабль и команду, сразу же избрал другую тактику, нападая только ночью с минимальной дистанции без предупредительного выстрела и открывая огонь сразу изо всех стволов. Когда же британское Адмиралтейство обязало капитанов торговых судов использовать радио в случае нападения, даже при наличии смертельного риска для жизни, то и командиры остальных рейдеров перешли на такую тактику. Торпеды немцы тратили неохотно, приберегая их для крайних случаев (как пример — бой «Корморана» с «Сиднеем») или для того, чтобы добить судно, тонувшее очень медленно. Бывали и исключения, когда требовалось добиться как можно большего максимального эффекта при нападении. Рейдерам «первой волны» не повезло — на их борту оказались «угри» (неофициальное название торпед в германском флоте) с дефектами рулей глубины, которые стали причиной пресловутого «торпедного кризиса» 1940 г. во время проведения операции «Везерюбунг». Поэтому зачастую торпедные залпы оказывались безуспешными — так «Орион» выпустил в британское судно «Чосер» восемь (!) торпед, но ни одна из них не взорвалась.
Памятуя об успехах германских рейдеров Первой мировой войны, четыре вспомогательных крейсера («Орион», «Атлантис», «Пингвин» и «Корморан») были приспособлены для постановки якорных контактных мин типа ЕМС (общий вес 1135 кг, заряд 250 кг). Командование также планировало разместить минное оружие на небольшом «Торе», но его командир сумел избежать этого, отговорившись нехваткой места для обустройства минного отсека.
Для проведения воздушной разведки на каждом корабле находились от одного до трех гидросамолетов. При этом один из них находился в трюме собранным, а остальные использовались в качестве источников запасных частей. Применялись машины четырех типов: немецкие «Хейнкель» He-114А-2, «Арадо» Ar-196 серий А-1 и А-2, «Арадо» Ar-231 и закупленные в Японии «Накадзима» E8N1. Имеется информация, что на «Коронеле», если бы он вышел в поход, мог находится один автожир Fa-330 «Бахштельце».
Не-114А-2 представлял собой двухместный цельнометаллический двухпоплавковый полутороплан. Он вооружался одним 7,9-мм пулеметом и мог нести две 50-кг бомбы. Аппарат развивал скорость до 332 км/ч и имел максимальную дальность полета 930 км. Летчики не очень высоко оценивали «Хейнкель» из-за его плохих летных качеств, низкой маневренности, тенденции к вихлянию сразу после касания воды и слабости конструкции. Куда более удачной машиной оказался «Арадо» Ar-196 — двухместный двухпоплавковый гидросамолет, выполненный по нормальной аэродинамической схеме с низкорасположенным крылом. Он развивал скорость 330 км/ч и имел дальность полета 800 км. Вооружение состояло из двух 20-мм пушек, двух 7,9-мм пулеметов и двух 50-кг бомб. По сравнению с «Хейнкелем», «Арадо-196» был меньше, маневреннее на воде и воздухе, а также имел более короткий разбег для взлета. Самой неудачной машиной оказался «Арадо-231», спроектированный для использования с подводных лодок, и представлявший собой одноместный двухпоплавковый моноплан с высокорасположенным крылом (скорость 170 км/ч, дальность 500 км). Он отличался крайней хрупкостью конструкции, в результате чего использовать гидросамолет не было возможности при наличии даже небольшого волнения на море. Вообще «Арадо-231» являлся опытным аппаратом (всего изготовили только шесть штук), и его появление на борту «Штира» была прихотью командира рейдера X. Герлаха, который очень скоро раскаялся о принятом решении. «Накадзимой» немцы остались в целом довольны, посчитав его медлительной, неповоротливой машиной, но при этом весьма надежной и удобной, обладавшей ко всему прочему очень малой посадочной скоростью — 50 км/ч. На всех типах гидросамолетов отсутствовала рация, поэтому сообщения передавались самыми примитивными, заранее оговоренными, способами — сбрасыванием записок на палубу корабли, покачиванием крыльев, запусками разноцветных ракет.