Тем временем партия приора вернула себе контроль над Собором и Синьорией. Эмиссары флорентийского правительства в Риме просили Папу снять интердикт на проповеди монаха, убеждая, что Флоренция нуждается в его моральном стимулировании в Великий пост. Александр, по-видимому, дал устное согласие, и 17 февраля 1496 года Савонарола возобновил свои проповеди в соборе. Примерно в это время Александр поручил ученому епископу-доминиканцу изучить опубликованные проповеди Савонаролы на предмет ереси. Епископ доложил: "Святейший отец, этот монах не говорит ничего, что не было бы мудрым и честным; он выступает против симонии и развращения священства, которое, по правде говоря, очень велико; он уважает догматы и авторитет Церкви; поэтому я скорее постараюсь сделать его своим другом - если потребуется, предложив ему кардинальский пурпур".22 Александр любезно послал во Флоренцию доминиканца, чтобы тот предложил Савонароле красную шапку. Монах почувствовал себя не комплиментом, а потрясенным; для него это был еще один случай симонии. Его ответ посланцу Александра гласил: "Приходите на мою следующую проповедь, и вы получите мой ответ Риму".23
Его первая проповедь в этом году возобновила его конфликт с Папой. Это было событие в истории Флоренции. Послушать его пожелала половина взволнованного города, и даже огромный дуомо не смог вместить всех желающих, хотя внутри было так тесно, что никто не мог пошевелиться. Группа вооруженных друзей сопроводила настоятеля в собор. Он начал с того, что объяснил свое долгое отсутствие на кафедре и подтвердил свою полную верность учению Церкви. Но затем он бросил дерзкий вызов Папе:
Настоятель не может давать мне никаких распоряжений, противоречащих правилам моего ордена; Папа не может давать никаких распоряжений, противоречащих милосердию или Евангелию. Я не верю, что Папа когда-либо попытается это сделать; но если бы он это сделал, я бы сказал ему: "Теперь ты не пастор, ты не Римская Церковь, ты заблуждаешься"... Если ясно видно, что повеления начальства противоречат Божьим заповедям, и особенно если они противоречат заповедям милосердия, никто в таком случае не обязан повиноваться..... Если бы я ясно видел, что мой уход из города повлечет за собой духовную и временную гибель народа, я бы не послушался ни одного живого человека, который приказал бы мне уйти... ибо, повинуясь ему, я нарушил бы повеления Господа.24
В проповеди на второе воскресенье Великого поста он в резких выражениях осудил нравы столицы христианства: "Тысяча, десять тысяч, четырнадцать тысяч блудниц - мало для Рима, ибо там и мужчины, и женщины делаются блудницами".25 Эти проповеди распространились по всей Европе благодаря новому чуду - печатному станку - и были прочитаны повсюду, даже султаном Турции. Они вызвали войну памфлетов во Флоренции и за ее пределами, одни из которых обвиняли монаха в ереси и недисциплинированности, другие защищали его как пророка и святого.
Александр искал косвенный выход из открытой войны. В ноябре 1496 года он приказал объединить все тосканские доминиканские монастыри в новую тоскано-римскую конгрегацию, которая должна была находиться под непосредственным управлением падре Джакомо да Сицилия. Падре Джакомо был благосклонен к Савонароле, но предположительно принял бы папское предложение о переводе монаха в другую среду. Савонарола отказался подчиниться приказу о союзе и вынес свое дело на суд широкой общественности в памфлете под названием "Апология братьев Сан-Марко". "Этот союз, - утверждал он, - невозможен, неразумен и вреден, и братья Сан-Марко не могут быть обязаны согласиться на него, поскольку начальство не имеет права издавать приказы, противоречащие правилам ордена, а также закону милосердия и благополучия наших душ".26 Формально все монашеские конгрегации подчинялись непосредственно папе; папа мог принудить к слиянию конгрегаций против их воли; сам Савонарола в 1493 году одобрил приказ Александра об объединении доминиканской конгрегации Святой Екатерины в Пизе, против ее воли, с конгрегацией Святого Марка Савонаролы.27 Александр, однако, не предпринял никаких немедленных действий. Савонарола продолжал проповедовать и опубликовал серию писем, в которых защищал свое неповиновение папе.