По приказу Ольгерда приехавший в Киев митрополит Алексей был схвачен и около двух лет провел в темнице. Поэтому новгородский владыка для своего повышения в церковной иерархии отправился к тверскому епископу Федору, который сделал его дьяконом, а затем попом.
В 1360 г. на Русь возвратился митрополит Алексий, бежавший из литовского плена. Новгородский архиепископ сразу же отправился к нему во Владимир: «Поиха Олексеи на поставление владычества в Володимир, позван послы от митрополита; а с ним бояре новгородчкыи: Олександр посадник, Юрьи Еванов»[568]. В это время великим князем Владимирским стал Дмитрий Константинович Суздальский. При нем «поставлен бысть Алексии, архиепископ Новуграду, июля 12, митрополитом Алексием, и приеха владыка в Новград»[569]. Следом за ним великий князь Дмитрий Константинович прислал в Новгород своих послов и наместников, «и посадиша наместьникы княжии у себе новгородци, и суд им даша, домолвяся с князем»[570]. Новгород принял великого князя Дмитрия Константиновича.
Сразу же после возвращения из Владимира владыка Алексий поехал в Псков: «Бысть мор силен в Плескове, и прислаша послове плесковици к владыце с молбою и челобитьем, чтобы, ехавши, благословил бы еси нас, своих детей, и владыка, ехав, благослови их и город Пьсков с кресты обходи, и литургии три совръши, прииха в Новъград, а плесковицам оттоле нача лучши бывати милость божиа, и преста мор»[571]. Эта поездка укрепила позиции новгородского архиепископа в Пскове. В дальнейшем псковичи присылали к Алексию своих послов для решения церковных дел, а сам владыка в свой очередной подъезд в 1373 г. благополучно ездил в Псков.
В это время в Орде началась «великая замятня» — борьба ханов-чингизидов за власть. Смутой воспользовался митрополит Алексий, который фактически возглавил боярское правительство Московского княжества при малолетнем князе Дмитрии Ивановиче. В 1362 г. митрополит добился ярлыка на великое княжение для Дмитрия Московского. Отношения Новгорода с новым великим князем осложнились в 1366 г., когда новгородские ушкуйники прошлись по Волге до Нижнего Новгорода, грабя купцов. «И за то великий князь Дмитрии Иванович разгневася и разверже мир с Новымгородом»[572]. Новгородцы отправили к великому князю посольство, оправдались и «докончали» мир. Дмитрий Иванович прислал в Новгород своих наместников. Молодому московскому князю была необходима поддержка богатого и могущественного Новгорода в борьбе за великий стол. Однако митрополит Алексий, укреплявший не только власть московского князя, но и свою собственную, не пожелал мириться со льготами новгородской церкви, пожалованными патриархом владыке Моисею.
Новгородский архиепископ Алексий вслед за Моисеем стал носить полиставрий. Митрополит потребовал от новгородского владыки снять кресчатые ризы, но его приказы были проигнорированы. Тогда митрополит пожаловался патриарху, и в 1370 г. патриарх Филофей прислал в Новгород грамоту, в которой подробно объяснял, почему новгородский архиепископ должен сложить кресты с фелони: «Ты знаешь, что бывший прежде тебя епископ Новгородский принял от Божественного, священного и великого Собора честь носить на фелони своей четыре креста; но такое право Божественный Собор предоставил ему одному, с тем, чтобы он один, которому оно даровано, им пользовался, а не всякий епископ Новгородский. Между тем мерность наша узнала, что ты, поступив против положения и канонического обычая, принял то, на что не имел никакого права, и носишь на фелони своей четыре креста»[573].
В своем письме патриарх обвинял архиепископа Новгородского не только в незаконном присвоении кресчатых риз, «но и в том, что не оказываешь надлежащего почтения, повиновения и благопокорения к преосвященному митрополиту Киевскому и всея Руси, ни к сыну моему, благороднейшему князю всея Руси киру Дмитрию, но противишься и противоречишь им»[574].
Патриарх предписывал Алексею «снять с фелони своей кресты без всяких отговорок. Ибо как ты сам по себе дерзнул на такой поступок? Далее приказываю, чтобы ты имел к святейшему митрополиту Киевскому и всея Руси и к благороднейшему великому князю должное почтение, послушание и благопокорность… Если же… ты не исполнишь того, что тебе приказывает наша мерность, то я намерен писать к митрополиту твоему, дабы он удалил тебя и снял с тебя архиерейство. Итак, что для тебя кажется лучшим, то и избирай. Благодать Божия да пребудет с тобою».