Детство Г. Е. Маркова прошло в противоречивой атмосфере 30-х годов XX века; он рос и формировался в семье потомственных русских интеллигентов. Дед Геннадия Евгеньевича со стороны матери Н. Н. Чернецов был известным архитектором, одним из разработчиков плана ГОЭЛРО; дед по отцовской линии – художником и инженером, а отец участвовал в сооружении танкового цеха Сталинградского тракторного завода Влияние дяди, известного этнолога и археолога Валерия Николаевича Чернецова, рано сформировало круг интересов Г. Е. Маркова, который еще подростком всерьез заинтересовался историей, археологией и этнографией Азии.
Юношеские планы и замыслы могли остаться нереализованными: грянула Великая Отечественная война, и с первых же ее дней 18-летний Геннадий Марков оказался на передовой, где с перерывами на лечение в госпиталях, воевал до победного мая 1945. За участие в боевых действиях Марков был награжден четырьмя орденами и многими медалями. Однако с окончанием войны служба в рядах армии не закончилась. Блестящее знание немецкого языка и значительный боевой опыт способствовали тому, что молодой офицер продолжил службу в Австрии.
Примечательно, что Марков очень скупо делился воспоминаниями о Великой Отечественной и личном боевом опыте, не смакуя подробностей, не романтизируя и не демонизируя постфактум те, одновременно, героические и трагические годы. Важным, переломным фактом собственной биографии он считал отказ от блестящей перспективы, которая открывалась перед ним на службе в силовых ведомствах и сознательный выбор в пользу науки и академической карьеры. Вот, что об этом говорил сам Геннадий Евгеньевич: «Меня моя военная специальность как-то не увлекала; меня, правда, собирались посылать в Москву, в соответствующую академию, а я не хотел. Я хотел учиться, заниматься этнографией, и я начал писать заявления, написал в общей сложности 15 заявлений. В конечном счете, меня отпустили и дали бумажку. Когда потом в Москве разные начальники смотрели на эту бумажку, они глазам своим не верили – там было написано “уволен по личной просьбе”» (Интервью с Г. Е. Марковым // Проблемно-тематическое пространство и теоретические границы современной этнологии. М., 2013. С. 24). Так проявилась конституирующая черта личности Маркова – склонность следовать собственным путем в жизни и в науке, а также независимость выводов и оценок.
Профессиональное становление, творческий и педагогический рост, вся жизнь Г. Е. Маркова оказались связаны с Московским университетом, традиционно занимавшим ключевую позицию в системе профессионального этнологического образования и важное место в этнологических исследованиях. В этом смысле университет выступал и выступает в качестве одного из структурообразующих факторов отечественной этнологической науки. Отличительная черта университетов – неразрывная связь преподавания с исследовательской работой – наложила отпечаток на научную биографию профессора Маркова, в деятельности которого благоприятно сочетались талант лектора и педагога, а также незаурядный потенциал яркого и оригинального исследователя. Проявились и организаторские способности: он внес значительный вклад в формирование системы подготовки профессиональных этнологов, способствовал становлению и творческому росту нескольких поколений ученых.
В 1946 г. Г. Е. Марков поступил на заочное отделение исторического факультета МГУ, а после увольнения из армии перевелся на второй курс очного отделения. После третьего курса студент выбрал для специализации кафедру этнографии. Этот шаг был вполне осознанным: еще до увольнения из армии фронтовик Марков твердо решил изучать этнологию народов Азии.
Востоковедные исследования в раннюю и среднюю советские эпохи составляли интеллектуальную моду. Здесь не обошлось без политико-идеологической подпитки. Императив модернизации Советского Союза, в том числе модернизации («вовлечения в социалистическое строительство») ранее «отсталых народов» стимулировал интерес к зарубежной и отечественной Азии. Но дело не только в социально-экономических и геополитических императивах. Восток представлял собой блестящее и практически неисчерпаемое профессиональное этнографическое и археологическое «поле». Страсть к «полю», глубинное понимание и прочтение «поля» были и остаются базовым элементом профессионального становления и профессиональной самоидентификации этнолога.
Геннадий Евгеньевич учился основам профессии у таких корифеев отечественной этнографии, как С. А. Токарев, С. П. Толстов, Н. Н. Чебоксаров. Ключевую роль Марков отводил влиянию С. П. Толстова: «Я считаю своим учителем Сергея Павловича Толстова, ну а вторым был Николай Николаевич Чебоксаров, хотя он, в общем-то, меня не учил. Толстов же был блестящим лектором, человеком с большими научными фантазиями, которые во многом так фантазиями и остались. Но он меня, конечно, увлек Средней Азией. Поэтому я с его легкой руки, но против его желания, занялся этим регионом. А он не терпел конкуренции» (Интервью… С. 25).