Первая же поездка, предпринятая в 1956 г. с целью сбора этнографического материала в Западной Туркмении и разведки археологических комплексов Прибалхашья, принесла открытие крупного археологического памятника ранненеолитической эпохи – Оюклы (V тыс. до н. э.). Постепенно зона археолого-этнографических изысканий экспедиции Г. Е. Маркова охватила почти всю территорию Туркмении.
Многолетняя плодотворная работа по изучению кочевого и полукочевого населения Средней Азии и других регионов мира имела своим результатом крупный научный прорыв в области исторической этнологии – обоснование особого номадного (кочевого) способа производства. В 1967 г. Г. Е. Марков защитил докторскую диссертацию на тему «Кочевники Азии», а в 1976 г. увидела свет одноименная фундаментальная монография, имевшая широкий резонанс как в СССР, так и за рубежом.
В этой книге на основе детального анализа экономики и социальной структуры наиболее известных кочевых в прошлом народов (арабов, казахов, монголов, туркмен и др.) была подвергнута ревизии точка зрения о существовании у кочевников феодальных или патриархально-феодальных отношений, имевшая статус научной догмы. Марков убедительно доказывал, что кочевники никогда не были феодально-зависимым населением; ему удалось показать, что сама по себе «феодальная концепция» на деле служила целям исторического оправдания и идеологического обеспечения советской политики, проводившейся в отношении кочевых народов Средней Азии.
Новаторским, неординарным и научно смелым для 1970-х годов был взгляд Маркова на проблему включения туркменских племен в состав Российской империи: в монографии «Кочевники Азии» он впервые в отечественной науке выступил с публичным опровержением официозной партийно-советской точки зрения о, якобы, «добровольном присоединении» туркмен к России.
Логическим продолжением изучения экономики традиционных обществ оказался интерес ученого к истории хозяйства и материальной культуры народов мира. На протяжении многих лет профессор Г. Е. Марков читал одноименный лекционный курс; на базе последнего он подготовил и опубликовал учебное пособие «История хозяйства и материальной культуры (в первобытном и раннеклассовом обществе)» (М., 1979).
Со временем ученый значительно расширил сферу научных исследований в связи с давнишним интересом к немецкой науке о народах – этнологии и народоведению. Историографический разворот стал проекцией прежних научных штудий Маркова: «…я много занимался историей первобытного общества, читал общие курсы, смотрел много литературы, в частности немецкой. И я увидел, что русская этнография много заимствовала из немецких подходов, и поэтому я захотел углубиться в немецкую науку, прежде всего этнологию» (Интервью… С. 27). Нельзя сбрасывать со счетов и изменение социополитического и культурного контекста в начале 1990-х годов, расширившего степень интеллектуальной свободы, в результате чего оказалось возможным изучение ранее табуированных тем и сюжетов.
Результатом многолетней работы стала публикация трех монографий: «Очерки истории науки о народах. Немецкая этнология» (М., 1993), «Очерки истории науки о народах. Немецкое народоведение» (М., 1993) и «Немецкая этнология» (М., 2004), а также ряда научных статей. По существу, это был первый не только в отечественной, но и в мировой этнографии квалифицированный очерк становления и развития одной из сильнейших этнологических школ мира – германской.
На протяжении многих лет Г. Е. Марков читал лекционный курс по «Истории первобытного общества». Теоретические наработки и концептуальные подходы в этой сфере профессор обобщил в учебном пособии «Первобытное общество» (М., 2009). Вскоре после этого были переизданы в дополненном и расширенном виде монографии «Кочевники Азии. Структура хозяйства и общественной организации» (М., 2010) и «История хозяйства и материальной культуры» (М., 2010).
Колоссальный научный потенциал профессора Маркова сочетался с талантом организатора науки. С 1973 по 1986 год он возглавлял кафедру этнографии исторического факультета МГУ, профессором которой состоял практически до последних дней жизни. В 70–80-е годы продолжалась работа по дальнейшему совершенствованию подготовки специалистов-этнографов в Московском университете. Этнографическое образование опиралось на принципы, заложенные С. П. Толстовым, Н. Н. Чебоксаровым, С. А. Токаревым и восходящие еще к «анучинской» школе. Марков с присущей ему сдержанностью и скромностью считал своим главным достижением на посту заведующего как раз тот факт, что ему удалось «сохранить учебный план, созданный в свое время С. П. Толстовым и Н. Н. Чебоксаровым», а также «взять на кафедру некоторых ее выпускников» (Интервью… С. 29–30).